Diversidade e estrutura genética populacional de queixadas (Tayassu pecari) no pantanal, cerrado e mata atlântica

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Maciel, Fernanda de Góes
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFABC
Texto Completo: http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111312
Resumo: Orientadora: Profa. Dra. Cibele Biondo
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spelling Diversidade e estrutura genética populacional de queixadas (Tayassu pecari) no pantanal, cerrado e mata atlânticaFLUXO GÊNICOADAPTAÇÃO LOCALMICROSSATÉLITESGENE FLOWLOCAL ADAPTATIONMICROSATELLITESPROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM EVOLUÇÃO E DIVERSIDADE - UFABCOrientadora: Profa. Dra. Cibele BiondoTese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Evolução e Diversidade, São Bernardo do Campo, 2018.A perda e fragmentação do habitat reduzem o tamanho das populações e alteram o padrão de dispersão das espécies, refletindo na diversidade genética e estrutura populacional. A queixada (Tayassu pecari) é uma espécie vulnerável e sensível à fragmentação, que desempenha importante papel ecológico como engenheira de ecossistema. Porém, pouco se sabe sobre a estrutura e diversidade genética das populações dessa espécie. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade e a estrutura genética neutra e adaptativa de queixadas do Pantanal (P-RN, P-SE, P-REC, P-VM), Cerrado (C-CO, C-PNE) e Floresta Atlântica (AFPP). Para isso, foram utilizados 13 locos de microssatélites e 115,701 SNPs. Os índices de diversidade genética foram similares em todas as populações para ambos os tipos de marcadores. A estrutura genética inferida a partir dos microssatélites, do conjunto total de SNPs e dos SNPs neutros também resultou em padrões semelhantes. Os cenários mais prováveis obtidos por análise Bayesiana foram o agrupamento das populações em dois (K = 2) e três (K = 3) clusters. Para K = 2, todas as localidades do Pantanal e a área de Cerrado adjacente ao Pantanal (C-CO) foram agrupadas em um cluster, e a área de Cerrado restante (C-PNE) e área de Floresta Atlântica (AF-PP), em outro cluster. Para K = 3, C-PNE e AF-PP foram separadas em dois clusters. Estes resultados foram corroborados pelos valores de FST. Foram encontrados 117 locos outliers, possivelmente, sob seleção diversificadora. A estrutura genética adaptativa obtida a partir desses locos diferiu da estrutura neutra. C-PNE e AF-PP foram agrupadas em um cluster, e Pantanal e C-CO, foram separadas em dois grupos: 1) PRN/P-SE/C-CO, 2) P-REC/P-VM, com altos níveis de mistura genética. Os processos neutros e adaptativos estão agindo em conjunto na estruturação genética das populações de queixadas. A proximidade entre as localidades do Pantanal e C-CO pode facilitar o fluxo gênico, reduzindo a diferenciação genética entre essas populações. Entretanto, a heterogeneidade ambiental do Pantanal pode refletir em pressões seletivas diferentes, favorecendo a adaptação local e resultando na estrutura adaptativa observada. Dada a distância geográfica (500 km) e as barreiras antrópicas que separam C-PNE e AF-PP, é pouco provável que o agrupamento dessas localidades seja devido ao fluxo gênico. É possível que estas populações tenham divergido recentemente, e apresentem retenção de polimorfismo ancestral. Além disso, essas localidades foram agrupadas na estrutura adaptativa, o que pode indicar uma fraca ação da seleção em diferenciar essas populações, ou que os outliers identificados estejam sob a mesma pressão de seleção em ambos os biomas. Espera-se que os resultados deste trabalho possam ajudar na realização de ações de conservação mais efetivas para populações de queixadas , frente ao cenário atual de mudanças ambientais devido à fragmentação e alterações climáticas.Habitat loss and fragmentation reduce the population size and lead to changes in the species dispersal pattern, influencing the genetic diversity and population structure. White-lipped peccary is a vulnerable species sensitive to habitat fragmentation, which has an important ecological role as ecosystem engineer. However, little is known about the genetic diversity and population structure of this species. The main goal of this study was to assess the genetic diversity and the neutral and adaptive population genetic structure of white-lipped peccaries from Pantanal (P-RN, P-SE, P-REC, P-VM), Cerrado (C-CO, C-PNE), and Atlantic Forest (AF-PP). For this purpose, we used 13 microsatellite loci and 115,701 SNPs. Genetic diversity indexes were similar in all populations for both marker types. The population genetic structure inferred using microsatellites, genome-wide SNPs and neutral SNPs also resulted in similar patterns. The most probable scenarios obtained based on Bayesian analyses grouped the populations into two (K = 2) and three (K = 3) clusters. Considering K = 2, all Pantanal localities (P-RN, P-SE, P-REC, P-VM) and the Cerrado area (C-CO) adjacent to Pantanal were grouped in a cluster, and the remaining Cerrado area (C-PNE) and the Atlantic Florest area (AF-PP) were grouped in another cluster. For K = 3, C-PNE e AF-PP were separated into two clusters. These results were supported by FST values. We found 117 putative loci under diversifying selection. The adaptive genetic structure based on these loci differed from the neutral structure. C-PNE e AF-PP were clustered together, and Pantanal and C-CO were subdivided into two groups: 1) P-RN/P-SE/C-CO, 2) P-REC/P-VM, with high levels of admixture between them. The neutral and adaptive process are acting in conjunction on the genetic structure of white-lipped peccaries. The proximity between Pantanal localities and C-CO could facilitate the gene flow, reducing the genetic differentiation between these populations. However, the Pantanal environmental heterogeneity could reflect in different selective pressures, favoring local adaptation and resulting in the adaptive structure observed. Given the geographic distance (500 km) and the anthropogenic barriers separating C-PNE and AF-PP, it is unlikely that the clustering of these localities is due to gene flow. It is possible that these populations diverged recently, retaining ancestral polymorphism. In addition, these locations were grouped together in the adaptive genetic structure, which could indicate a weak action of the selection in promoting the genetic differentiation. In addition, there is a possibility that the outliers are under the same selective pressures in both biomes. We expect the results of this work can help more effective actions to conserve white-lipped peccary populations, in face of the current scenario of environmental changes due to habitat fragmentation and climate change.Biondo, CibeleSanches, AlexandraPresti, Flavia TorresMiotto, Renata AlonsoCosta, Nathalia de SettaMaciel, Fernanda de Góes2018info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf95 f. : il.http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111312http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111312&midiaext=76540http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=111312&midiaext=76541Cover: http://biblioteca.ufabc.edu.br/php/capa.php?obra=111312porreponame:Repositório Institucional da UFABCinstname:Universidade Federal do ABC (UFABC)instacron:UFABCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2022-03-18T14:58:05Zoai:BDTD:111312Repositório InstitucionalPUBhttp://www.biblioteca.ufabc.edu.br/oai/oai.phpopendoar:2022-03-18T14:58:05Repositório Institucional da UFABC - Universidade Federal do ABC (UFABC)false
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