Evolução molecular e caracterização estrutural in silico de Aquaporinas de plantas (TIP)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Medeiros, Pedro Henrique Souza de
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFABC
Texto Completo: http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=126744
Resumo: Orientador: Prof. Dr. Antônio Sergio Kimus Braz
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spelling Evolução molecular e caracterização estrutural in silico de Aquaporinas de plantas (TIP)EVOLUÇÃO MOLECULARTIPSAQUAPORINASDUPLICAÇAO GENICAMOLECULAR EVOLUTIONAQUAPORINSDUPLICATIONOrientador: Prof. Dr. Antônio Sergio Kimus BrazDissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC. Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, Santo André, 2021.Neste trabalho _e analisada a história evolutiva de aquaporinas de plantas, notadamente as TIPs (Tonoplastic Intrinsic Proteins), aquaporinas historicamente relacionadas a tonoplastos com uma série de funções atribuídas no que tange a transporte de águas e solutos, especialmente nitrogenados. As análises evolutivas realizadas, baseadas em sequências extraídas do NCBI, por meio de árvores filologenéticas, sugerem a existência de 6 grandes grupos originários a partir de paralogia (TIPs 1(), 2.1(_1), 2.2(_1), 3(_2), 4(_) e 5(_2)), além de duplicações recentes em famílias de interesse econômico, como Brassicaceae, Solanaceae, Poaceae e Fagaceae, sendo sugeridas novas nomenclaturas baseadas no momento evolutivo do surgimento de cada forma. Análises de seleção positiva evidenciaram prováveis eventos ocorridos em Brassicaceae e Fagaceae, em especial na região do chamado Loop C que, por meio de modelagem, mostrou estar intimamente ligada à membrana externa do tonoplasto. Por fim, foram aferidas posições importantes (_ltros NPA, ar/R(arginina arom_atico) e FP (Froger's position)), sugerindo-se que uma treonina na posição P1 das FPs possa ser uma assinatura de TIP ainda não relatada.Tonoplast Intrinsic Proteins (TIPs) are plant aquaporins, proteins that exhibit a series of functions attributed to water and solute transport. The limited information available suggests the presence of 6 paralogous forms. However, this is based on a very small fraction of the currently available data and without details about their evolutionary histories and relationships. In addition, TIP nomenclature is not uniform among studies and does not represent any evolutionary information. To improve our understanding of TIP evolution and develop a nomenclature based on comprehensive data, here we analyze the evolutionary history of plant aquaporins focusing on TIPs. We extracted sequences for more than 70000 aquaporin aminoacids sequences (FAMILY PF00230) from NCBI utilizing phylogenetic trees to con_rm the existence of 6 major groups originating from paralogy events (TIPs 1(), 2.1(_1), 2.2(_1), 3(_2), 4(_) e 5(_2)). We also observed recent duplications in families of economic interest, such as Brassicaceae, Solanaceae, Poaceae and Fagaceae. We also suggest that TIPs 1() group is far more complex than other ones and must be addressed speci_cally in future studies. Our _ndings add to previous results with far fewer sequences by providing detailed evolutionary relationships between the various protein patterns found, creating an evolutionary framework for future work aiming to correlate morphology, activity and molecular structures with the evolutionary history of these proteins.Takeda, Agnes Alessandra SekijimaCenteno, Danilo da CruzSassaki, Flavio TetsuoBraz, Antônio Sérgio KimusMedeiros, Pedro Henrique Souza de2021info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf116 f. : il.http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=126744http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=126744&midiaext=81255Cover: http://biblioteca.ufabc.edu.br/php/capa.php?obra=126744porreponame:Repositório Institucional da UFABCinstname:Universidade Federal do ABC (UFABC)instacron:UFABCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2024-08-02T16:01:46Zoai:BDTD:126744Repositório InstitucionalPUBhttp://www.biblioteca.ufabc.edu.br/oai/oai.phpopendoar:2024-08-02T16:01:46Repositório Institucional da UFABC - Universidade Federal do ABC (UFABC)false
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