Caracterização de genes expressos a partir da geração de ESTs (Expressed Sequence Tags) do genoma do camarão marinho Litopenaeus vannamei

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Chaves, Renata Pinheiro
Data de Publicação: 2011
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)
Texto Completo: http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/33090
Resumo: CHAVES, Renata Pinheiro. Caracterização de genes expressos a partir da geração de ESTs (Expressed Sequence Tags) do genoma do camarão marinho. 2011. 74 f. Monografia (Engenharia de Pesca)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011.
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spelling Caracterização de genes expressos a partir da geração de ESTs (Expressed Sequence Tags) do genoma do camarão marinho Litopenaeus vannameiCarciniculturaLitopenaeus vannameiProjeto genoma ESTCHAVES, Renata Pinheiro. Caracterização de genes expressos a partir da geração de ESTs (Expressed Sequence Tags) do genoma do camarão marinho. 2011. 74 f. Monografia (Engenharia de Pesca)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011.A carcinicultura é um dos cultivos que vêem crescendo após a estabilidade da produtividade pesqueira, devido a sobrepesca. No entanto seu manejo inadequado, principalmente com relação aos reprodutores, em cativeiro e o isolamento das populações cultivadas têm ocasionado uma diminuição na variabilidade genética devido à deriva genética. O projeto genoma EST do camarão Litopenaeus vannamei (ShESn teve por objetivo seqüenciar 300.000 Seqüências de Genes Expressos (ESTs) do L. vannamei, servindo como base para inúmeros estudos. O alinhamento de seqüencias explora o grau de similaridades entre cadeias de DNA, RNA e proteínas. Um alto grau de similaridade indica uma alta probabilidade das funções executadas pelas moléculas comparadas serem semelhantes. O objetivo desse trabalho tem por identificar e caracterizar genes expressos, pelo sequenciamento de clones de bibliotecas de cDNA e geração de ESTs (etiquetas de sequências expressas), a partir da comparação das ESTs produzidas contra o banco de dados NCBI. Clones de E. coli contendo plasmídeos recombinantes foram cultivados e os plasmídeos isolados pelo método de lise alcalina. Sequências parciais dos insertos foram então determinadas em um seqüenciador MegaBACETM1000. A identificação dos genes expressos foi realizada através da análise de similaridade das ESTs com sequências já depositadas no GenBank utilizando o programa BLAST. A eficiência do seqüenciamento foi de 88,25% e foi obtido das 3643 ESTs um total de 245 contigs e 609 singletons. Destas ESTs validadas 52,7% correspondem a cDNAs que possuem similaridade com sequências codificando proteínas com função já conhecida. Dentre elas foram encontradas Histona H2A- VI, Catepsina L e Lectina tipo C, Ferritina, Proteína QM, Selenoproteína, Hemocianina e Tiorredoxina, que estão relacionadas com o sistema imunológico, em diferentes tecidos. Tambem foi encontrado Proteína sarcoplasmática de ligação a cálcio, Actina AI, Ubiquitina b, Crustacianina subunidade A2, Beta-l tubulina, Alfa-2 tubulina, peptídeos codificados com conhecida ou presumida função imunológicas contra a infecção WSSV. Além de proteínas relacionadas com o estresse, tais como: Proteínas de choque térmico 90, Beta-adaptina e Metalotioneína, que foram encontradas em tecidos de hepatopâncreas, pedúnculo ocular e em ovos. Sabe-se que existem respostas diversificadas baseado em peptídeo antimicrobiano exis- tente no camarão, e que as respostas antivirais nestes animais dependem, em parte, do reco- nhecimento de RNA viral, e que a expressão de genes com funções antibacterianas é modifi- cada durante a resposta a infecções virais. Estes recursos funcionais do genoma poderão for- necer bases para a geração de hipóteses para orientar futuras pesquisas em crustáceo sobre interações hospedeiro-vírus.Grangeiro, Thalles BarbosaChaves, Renata Pinheiro2018-06-20T13:12:22Z2018-06-20T13:12:22Z2011info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisapplication/pdfCHAVES, R. P. (2011)http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/33090porreponame:Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)instname:Universidade Federal do Ceará (UFC)instacron:UFCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2018-06-20T13:12:22Zoai:repositorio.ufc.br:riufc/33090Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.ufc.br/ri-oai/requestbu@ufc.br || repositorio@ufc.bropendoar:2024-09-11T18:29:08.451077Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC) - Universidade Federal do Ceará (UFC)false
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