Estudo in sílico da evolução molecular da subfamília mimosoideae (Fabaceae) por meio de marcadores 18S e rbcL.
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2011 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFCG |
Texto Completo: | http://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/26736 |
Resumo: | Sequências parciais da região do DNA ribossômico (rDNA) 18S (total 7) e do gene rbcL (total 19) de diferentes representantes da subfamília Mimosoideae (Fabaceae) foram obtidos do GenBank e empregadas neste trabalho com o objetivo de auxiliar no esclarecimento filogenético dentro desta subfamília. Alinhamentos múltiplos das sequências foram produzidos com o programa ClustalX. Para construção de árvores filogenéticas o programa MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analy sis), foi utilizado com os métodos de Neighbor-Joining (NJ) com 500 replicações e Máxima Parcimônia (MP) com 100 replicações. A árvore construída através do método NJ para o marcador 18S, apresentou uma melhor resolução filogenética agrupando as espécies dentro das suas respectivas tribos, de acordo com a classificação da ferramenta Taxonomy do NCBI. No entanto ocorreu irresoluções a nível de tribo para as topologias dadas pelos métodos NJ e MP com o marcador rbcL, em que as tribos Mimoseae e Acacieae não se mostraram monofiléticas. O gênero Albiz ia se mostrou parafilético em todas as topologias dadas pelos métodos NJ e MP baseada tanto em sequências de 18S como em sequências de rbcL. A história evolutiva das tribos de Mimosoideae baseada em sequências do gene rbcL não está de acordo com as topologias disponível no Taxonomy do NCBI. |
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Estudo in sílico da evolução molecular da subfamília mimosoideae (Fabaceae) por meio de marcadores 18S e rbcL.In silico study of the molecular evolution of the mimosoideae subfamily (Fabaceae) using 18S and rbcL markers.FilogeniaFabaceasMarcadore moleculare 18SMarcador molecular rbcLGenética vegetalPhylogenyFabaceae18S molecular markersrbcL molecular markerPlant geneticsCiências BiológicasSequências parciais da região do DNA ribossômico (rDNA) 18S (total 7) e do gene rbcL (total 19) de diferentes representantes da subfamília Mimosoideae (Fabaceae) foram obtidos do GenBank e empregadas neste trabalho com o objetivo de auxiliar no esclarecimento filogenético dentro desta subfamília. Alinhamentos múltiplos das sequências foram produzidos com o programa ClustalX. Para construção de árvores filogenéticas o programa MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analy sis), foi utilizado com os métodos de Neighbor-Joining (NJ) com 500 replicações e Máxima Parcimônia (MP) com 100 replicações. A árvore construída através do método NJ para o marcador 18S, apresentou uma melhor resolução filogenética agrupando as espécies dentro das suas respectivas tribos, de acordo com a classificação da ferramenta Taxonomy do NCBI. No entanto ocorreu irresoluções a nível de tribo para as topologias dadas pelos métodos NJ e MP com o marcador rbcL, em que as tribos Mimoseae e Acacieae não se mostraram monofiléticas. O gênero Albiz ia se mostrou parafilético em todas as topologias dadas pelos métodos NJ e MP baseada tanto em sequências de 18S como em sequências de rbcL. A história evolutiva das tribos de Mimosoideae baseada em sequências do gene rbcL não está de acordo com as topologias disponível no Taxonomy do NCBI.Partial sequences o f the region o f ribosomal DNA (rDNA) 18S (total 7) and the rbcL gene (total 19) o f different species o f the Mimosoideae subfamily were obtained from GenBank. The goal o f this work was to help in the phylogenetic inference inside this subfamily. Multiple alignments o f all sequences were produced with the ClustalX program. For construction o f phylogenetic trees the MEGA package (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) was used. The methods o f Neighbor-Joining (NJ) with 500 replications and Maximum Parsimony (MP) with 100 replications were performed. The phylogenetic tree constructed by NJ and MP methods using 18S gene showed a better resolution phylogenetic grouping species within their respective tribes, according to the classification o f the NCBI Taxonomy tool. However, at the levei o f tribe for the topologies given by NJ and MP methods with marker rbcL, unresolved clades were observed. The tribes Mimoseae and Acacieae were polyphyletic. The genus A lb izia was paraphyletic in all topologies constructed by MP and NJ methods. In this case, both topologies based on 18S and rbcL sequences do not supported the monophyletic hypostesis. In conclusion, the evolutionary history o f the Mimosoideae tribes hypothesized with rbcL gene sequences do not agree with the topologies available in the NCBI Taxonomy.Universidade Federal de Campina GrandeBrasilCentro de Saúde e Tecnologia Rural - CSTRUFCGSOARES, Carlos Eduardo.SOARES, C. E.MELO, Márcia Almeida de.MELO, M. A.SOUSA, Jair Moises de.SOUSA, J. M.SOUZA, Tássia Laicya Vieira de.20112022-08-26T18:57:02Z2022-08-262022-08-26T18:57:02Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/26736SOUZA, Tássia Laicya Vieira de. Estudo in sílico da evolução molecular da subfamília mimosoideae (Fabaceae) por meio de marcadores 18S e rbcL. 2011. 44f. Trabalho de Conclusão de Curso (Monografia), Curso de Licenciatura em Ciências Biológicas, Centro de Saúde e Tecnologia Rural, Universidade Federal de Campina Grande - Patos - Paraíba - Brasil, 2011. Disponível em: http://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/jspui/handle/riufcg/26736porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFCGinstname:Universidade Federal de Campina Grande (UFCG)instacron:UFCG2022-08-26T18:57:47Zoai:localhost:riufcg/26736Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://bdtd.ufcg.edu.br/PUBhttp://dspace.sti.ufcg.edu.br:8080/oai/requestbdtd@setor.ufcg.edu.br || bdtd@setor.ufcg.edu.bropendoar:48512022-08-26T18:57:47Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFCG - Universidade Federal de Campina Grande (UFCG)false |
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Sequências parciais da região do DNA ribossômico (rDNA) 18S (total 7) e do gene rbcL (total 19) de diferentes representantes da subfamília Mimosoideae (Fabaceae) foram obtidos do GenBank e empregadas neste trabalho com o objetivo de auxiliar no esclarecimento filogenético dentro desta subfamília. Alinhamentos múltiplos das sequências foram produzidos com o programa ClustalX. Para construção de árvores filogenéticas o programa MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analy sis), foi utilizado com os métodos de Neighbor-Joining (NJ) com 500 replicações e Máxima Parcimônia (MP) com 100 replicações. A árvore construída através do método NJ para o marcador 18S, apresentou uma melhor resolução filogenética agrupando as espécies dentro das suas respectivas tribos, de acordo com a classificação da ferramenta Taxonomy do NCBI. No entanto ocorreu irresoluções a nível de tribo para as topologias dadas pelos métodos NJ e MP com o marcador rbcL, em que as tribos Mimoseae e Acacieae não se mostraram monofiléticas. O gênero Albiz ia se mostrou parafilético em todas as topologias dadas pelos métodos NJ e MP baseada tanto em sequências de 18S como em sequências de rbcL. A história evolutiva das tribos de Mimosoideae baseada em sequências do gene rbcL não está de acordo com as topologias disponível no Taxonomy do NCBI. |
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