Estudo de docking molecular de inibidores da Bcr-Abl tirosina quinase na leucemia mieloide crônica (LMC): imatinibe e seus derivados
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Data de Publicação: | 2022 |
Tipo de documento: | Dissertação |
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Título da fonte: | Repositório Digital da Universidade Federal Rural do Semi-Árido (RDU) |
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Resumo: | A leucemia mieloide crônica (LMC) é uma doença mieloproliferativa clonal caracte- rizada por explenomegalia, leucocitose e pela presença do cromossomo Philadelphia, o que ocasiona a manifestação do gene híbrido denominado Bcr-Abl. Com a expressão do gene Bcr-Abl ocorre a produção da proteína Bcr-Abl tirosina quinase, a qual é respon- sável pela amplificação das vias de sinalização reguladoras do processo hematopoiético. Atualmente, o mesilato de imatinibe é considerado como o tratamento de primeira linha para a leucemia mieloide crônica, mas o desenvolvimento de resistência ao fármaco tem se tornado cada vez mais preocupante. Assim, se faz necessário a busca por novas mo- léculas para o tratamento da LMC. Análogos da classe das pirido[2,3-d]pirimidinas têm se apresentado como potentes inibidores da proteína Bcr-Abl tirosina quinase. Na pes- quisa e desenvolvimento de novos fármacos, devido aos altos custos econômicos dos mé- todos experimentais de pesquisa, os métodos computacionais tornaram-se um elemento fundamental. O método computacional de docking molecular é utilizado para prever a conformação e orientação do ligante dentro do sítio de ligação do receptor. Utilizando as ferramentas AutoDock Vina e DockThor, este trabalho realizou o docking molecular de dezenove compostos derivados da pirido[2,3-d]pirimidina e a proteína Bcr-Abl tirosina quinase com a finalidade de estimar a energia de ligação do complexo receptor-ligante, bem como as interações intermoleculares existentes no complexo. O estudo realizado a partir dos scores do docking sugere que os compostos M04, M08 e M17 obtiveram as melhores energias de interação intermolecular, indicando que são potenciais candidatos a medicamento para o tratamento da LMC. Logo, a escolha destes compostos está de acordo com os resultados de IC50 obtidos da literatura, que indicam a molécula M08 com a melhor potência de inibição entre os derivados de pirido [2,3-d] pirimidina-7-ona. Estes resultados podem servir como ponto de partida para estudos experimentais e/ou in silico baseado na relação estrutura atividade dessas moléculas e seus possíveis derivados |
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Estudo de docking molecular de inibidores da Bcr-Abl tirosina quinase na leucemia mieloide crônica (LMC): imatinibe e seus derivadosMolecular docking study of Bcr-Abl tyrosine kinase inhibitors in chronic myeloid leukemia (CML): imatinib and its derivativesENGENHARIAS::ENGENHARIA DE MATERIAIS E METALURGICAleucemia mieloide crônicaBcr-Abl tirosina quinasepirido[2,3- d]pirimidinadocking molecularchronic myeloid leukemiaBcr-Abl tyrosine kinasepyrido[2,3-d] pyrimidinmolecular dockingA leucemia mieloide crônica (LMC) é uma doença mieloproliferativa clonal caracte- rizada por explenomegalia, leucocitose e pela presença do cromossomo Philadelphia, o que ocasiona a manifestação do gene híbrido denominado Bcr-Abl. Com a expressão do gene Bcr-Abl ocorre a produção da proteína Bcr-Abl tirosina quinase, a qual é respon- sável pela amplificação das vias de sinalização reguladoras do processo hematopoiético. Atualmente, o mesilato de imatinibe é considerado como o tratamento de primeira linha para a leucemia mieloide crônica, mas o desenvolvimento de resistência ao fármaco tem se tornado cada vez mais preocupante. Assim, se faz necessário a busca por novas mo- léculas para o tratamento da LMC. Análogos da classe das pirido[2,3-d]pirimidinas têm se apresentado como potentes inibidores da proteína Bcr-Abl tirosina quinase. Na pes- quisa e desenvolvimento de novos fármacos, devido aos altos custos econômicos dos mé- todos experimentais de pesquisa, os métodos computacionais tornaram-se um elemento fundamental. O método computacional de docking molecular é utilizado para prever a conformação e orientação do ligante dentro do sítio de ligação do receptor. Utilizando as ferramentas AutoDock Vina e DockThor, este trabalho realizou o docking molecular de dezenove compostos derivados da pirido[2,3-d]pirimidina e a proteína Bcr-Abl tirosina quinase com a finalidade de estimar a energia de ligação do complexo receptor-ligante, bem como as interações intermoleculares existentes no complexo. O estudo realizado a partir dos scores do docking sugere que os compostos M04, M08 e M17 obtiveram as melhores energias de interação intermolecular, indicando que são potenciais candidatos a medicamento para o tratamento da LMC. Logo, a escolha destes compostos está de acordo com os resultados de IC50 obtidos da literatura, que indicam a molécula M08 com a melhor potência de inibição entre os derivados de pirido [2,3-d] pirimidina-7-ona. Estes resultados podem servir como ponto de partida para estudos experimentais e/ou in silico baseado na relação estrutura atividade dessas moléculas e seus possíveis derivadosThe chronic myeloid leukemia (CML) is a clonal myeloproliferative disease charac- terized by splenomegaly, leukocytosis and by the presence of chromosome Philadelphia, this causes the manifestation of the hybrid gene denominated Bcr-Abl. With the expres- sion of the Bcr-Abl gene, the production of the Bcr-Abl tyrosine kinase protein occurs, which is responsible for the amplification of the regulatory signaling pathways of the he- matopoietic process. Currently, imatinib mesylate is considered to be the first-line treat- ment for chronic myeloid leukemia, but the development of drug resistance has become of increasing concern. Thus, it is necessary the search for new molecules to the treatment of CML. Analogs of the pyrido[2,3-d]pyrimidin class have been shown to be potent inhibi- tors of the Bcr-Abl protein tyrosine kinase. In the research and development of new drugs, due to the high economic costs of experimental research methods, computational methods have become a fundamental element. The computational method of molecular docking is used to predict the conformation and orientation of the ligand within the binding site of the receptor. Using the AutoDock Vina and DockThor tools, this work performed the molecular docking of nineteen compounds derived from pyrido[2,3-d]pyrimidin and the Bcr-Abl tyrosine kinase protein in order to estimate the binding energy of the receptor- ligand complex, as well as the intermolecular interactions existing in the complex. The study performed from the docking scores suggest that the components M04, M08 and M17 obtained the best intermolecular interaction energies, indicating that they are poten- tial drug candidates for the treatment of CML. Therefore, the choice of these compounds is in accordance with the IC50 results obtained in the literature, which indicate the M08 molecule with the best inhibition potency among the derivatives of pirido[2,3-d]pirimidin- 7-one. These results can serve as a starting point for experimental and/or in silico studies based on the structure-activity relationship of these molecules and their possible derivati- ves133 p.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESCentro de Engenharias - CEBrasilUFERSAUniversidade Federal Rural do Semi-ÁridoPrograma de Pós-Graduação em Ciência e Engenharia de MateriaisBezerra, Eveline MatiasCosta, Roner Ferreira daBezerra, Eveline MatiasCosta, Roner Ferreira daFreire, Valder NogueiraOliveira, José Dorenildo Florencio de2024-09-27T11:31:55Z2024-09-27T11:31:55Z2022-08-31info:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionpdfapplication/pdfhttp://lattes.cnpq.br/0881885092318397http://lattes.cnpq.br/1457551873852551OLIVEIRA, José Dorenildo Florencio de. Estudo de docking molecular de inibidores da Bcr-Abl tirosina quinase na leucemia mieloide crônica (LMC): imatinibe e seus derivados . 2022. 133 f. Dissertação (Mestrado em Ciência e Engenharia de Materiais) - Universidade Federal Rural do Semi-Árido. Mossoró, 2022.http://lattes.cnpq.br/4392770593990311https://repositorio.ufersa.edu.br/handle/prefix/11585Mossoróinfo:eu-repo/semantics/openAccessUFERSAhttp://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/br/porreponame:Repositório Digital da Universidade Federal Rural do Semi-Árido (RDU)instname:Universidade Federal Rural do Semi-Árido (UFERSA)instacron:UFERSA2024-11-01T04:18:45Zoai:repositorio.ufersa.edu.br:prefix/11585Repositório Institucionalhttps://repositorio.ufersa.edu.br/PUBhttps://repositorio.ufersa.edu.br/server/oai/requestrepositorio@ufersa.edu.br || admrepositorio@ufersa.edu.bropendoar:2024-11-01T04:18:45Repositório Digital da Universidade Federal Rural do Semi-Árido (RDU) - Universidade Federal Rural do Semi-Árido (UFERSA)false |
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Estudo de docking molecular de inibidores da Bcr-Abl tirosina quinase na leucemia mieloide crônica (LMC): imatinibe e seus derivados Oliveira, José Dorenildo Florencio de ENGENHARIAS::ENGENHARIA DE MATERIAIS E METALURGICA leucemia mieloide crônica Bcr-Abl tirosina quinase pirido[2,3- d]pirimidina docking molecular chronic myeloid leukemia Bcr-Abl tyrosine kinase pyrido[2,3-d] pyrimidin molecular docking |
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A leucemia mieloide crônica (LMC) é uma doença mieloproliferativa clonal caracte- rizada por explenomegalia, leucocitose e pela presença do cromossomo Philadelphia, o que ocasiona a manifestação do gene híbrido denominado Bcr-Abl. Com a expressão do gene Bcr-Abl ocorre a produção da proteína Bcr-Abl tirosina quinase, a qual é respon- sável pela amplificação das vias de sinalização reguladoras do processo hematopoiético. Atualmente, o mesilato de imatinibe é considerado como o tratamento de primeira linha para a leucemia mieloide crônica, mas o desenvolvimento de resistência ao fármaco tem se tornado cada vez mais preocupante. Assim, se faz necessário a busca por novas mo- léculas para o tratamento da LMC. Análogos da classe das pirido[2,3-d]pirimidinas têm se apresentado como potentes inibidores da proteína Bcr-Abl tirosina quinase. Na pes- quisa e desenvolvimento de novos fármacos, devido aos altos custos econômicos dos mé- todos experimentais de pesquisa, os métodos computacionais tornaram-se um elemento fundamental. O método computacional de docking molecular é utilizado para prever a conformação e orientação do ligante dentro do sítio de ligação do receptor. Utilizando as ferramentas AutoDock Vina e DockThor, este trabalho realizou o docking molecular de dezenove compostos derivados da pirido[2,3-d]pirimidina e a proteína Bcr-Abl tirosina quinase com a finalidade de estimar a energia de ligação do complexo receptor-ligante, bem como as interações intermoleculares existentes no complexo. O estudo realizado a partir dos scores do docking sugere que os compostos M04, M08 e M17 obtiveram as melhores energias de interação intermolecular, indicando que são potenciais candidatos a medicamento para o tratamento da LMC. Logo, a escolha destes compostos está de acordo com os resultados de IC50 obtidos da literatura, que indicam a molécula M08 com a melhor potência de inibição entre os derivados de pirido [2,3-d] pirimidina-7-ona. Estes resultados podem servir como ponto de partida para estudos experimentais e/ou in silico baseado na relação estrutura atividade dessas moléculas e seus possíveis derivados |
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