Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negra

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Maximo, Yasmin Imparato
Data de Publicação: 2020
Outros Autores: Ikeda, Angela Cristina, Flôres Júnior, Paulo César, Alcantara, Giovana Bomfim de, Higa, Antonio
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Agrarian (Dourados. Online)
Texto Completo: https://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/article/view/9190
Resumo: Considerando-se que a atual tendência do melhoramento florestal é a integração das técnicas clássicas com as de análise genética molecular, faz-se necessária a obtenção de protocolos de extração de DNA genômico ajustados a cada espécie estudada. O objetivo do trabalho foi determinar o efeito de diferentes adaptações no protocolo de extração de DNA genômico CTAB para acácia-negra. Foram testados diferentes componentes na fase de extração orgânica: clorofórmio, fenol e proteinase K, além da aplicação de RNase após a fase de precipitação e limpeza do DNA. Também, foi investigada a eficiência destes tratamentos em amostras de folíolos frescas ou armazenadas em baixa temperatura durante sete dias. Foi verificada a presença de DNA de todas as amostras submetidas à extração pelo protocolo de CTAB com os diferentes tratamentos. O tempo de armazenamento das amostras não influenciou na integridade do DNA, entretanto, foi possível observar que a adição de RNase melhorou a qualidade do DNA extraído. Deste modo, sugere-se a utilização do protocolo CTAB com uso de clorofórmio e RNase, com amostras frescas ou armazenadas em baixas temperaturas.
id UFGD-10_512c8905644d5078ed67673b91748525
oai_identifier_str oai:ojs.pkp.sfu.ca:article/9190
network_acronym_str UFGD-10
network_name_str Agrarian (Dourados. Online)
repository_id_str http://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/oaihttp://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/oai
spelling Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negraOptimization of genomic DNA extraction protocol for black wattleAcacia mearnsii. Ácidos nucleicos. CTAB. RNase.Acacia mearnsii. CTAB. Nucleic acids. RNAse.Considerando-se que a atual tendência do melhoramento florestal é a integração das técnicas clássicas com as de análise genética molecular, faz-se necessária a obtenção de protocolos de extração de DNA genômico ajustados a cada espécie estudada. O objetivo do trabalho foi determinar o efeito de diferentes adaptações no protocolo de extração de DNA genômico CTAB para acácia-negra. Foram testados diferentes componentes na fase de extração orgânica: clorofórmio, fenol e proteinase K, além da aplicação de RNase após a fase de precipitação e limpeza do DNA. Também, foi investigada a eficiência destes tratamentos em amostras de folíolos frescas ou armazenadas em baixa temperatura durante sete dias. Foi verificada a presença de DNA de todas as amostras submetidas à extração pelo protocolo de CTAB com os diferentes tratamentos. O tempo de armazenamento das amostras não influenciou na integridade do DNA, entretanto, foi possível observar que a adição de RNase melhorou a qualidade do DNA extraído. Deste modo, sugere-se a utilização do protocolo CTAB com uso de clorofórmio e RNase, com amostras frescas ou armazenadas em baixas temperaturas.As the integration of classic techniques and molecular genetics analysis is a current trend in forest tree improvement, a protocol for DNA extraction adapted for the study of each species is necessary. The objective of this study was to determine the effect of different adaptations in the CTAB protocol of genomic DNA extraction for black wattle. The following components were tested after the organic extraction phase: chloroform, phenol formaldehyde, and proteinase K. Also, the effects of applying RNase after the precipitation and cleaning phase were analyzed. The efficiency of these treatments was evaluated on fresh leaflets samples, as well as on samples refrigerated for seven days. The authors observed that all treatments enabled the successful genomic DNA extraction using the CTAB protocol. Moreover, storage did not affect the DNA integrity; adding RNase, however, resulted in an enhanced extracted DNA. Therefore, the use of chloroform and RNase according to the CTAB protocol on both fresh and refrigerated samples is suggested.Editora UFGD2020-07-27info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttps://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/article/view/919010.30612/agrarian.v13i49.9190Agrarian; v. 13 n. 49 (2020); 323-329Agrarian Journal; Vol. 13 No. 49 (2020); 323-3291984-2538reponame:Agrarian (Dourados. Online)instname:Universidade Federal da Grande Dourados (UFGD)instacron:UFGDenghttps://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/article/view/9190/5905Copyright (c) 2020 Agrarianinfo:eu-repo/semantics/openAccessMaximo, Yasmin ImparatoIkeda, Angela CristinaFlôres Júnior, Paulo CésarAlcantara, Giovana Bomfim deHiga, Antonio2020-08-15T11:39:29Zoai:ojs.pkp.sfu.ca:article/9190Revistahttps://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarianPUBhttps://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/oairevistaagrarian@ufgd.edu.br||1984-25381984-252Xopendoar:http://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/oaihttp://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/oai2020-08-15T11:39:29Agrarian (Dourados. Online) - Universidade Federal da Grande Dourados (UFGD)false
dc.title.none.fl_str_mv Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negra
Optimization of genomic DNA extraction protocol for black wattle
title Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negra
spellingShingle Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negra
Maximo, Yasmin Imparato
Acacia mearnsii. Ácidos nucleicos. CTAB. RNase.
Acacia mearnsii. CTAB. Nucleic acids. RNAse.
title_short Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negra
title_full Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negra
title_fullStr Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negra
title_full_unstemmed Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negra
title_sort Otimização de protocolo de extração de DNA genômico para acácia-negra
author Maximo, Yasmin Imparato
author_facet Maximo, Yasmin Imparato
Ikeda, Angela Cristina
Flôres Júnior, Paulo César
Alcantara, Giovana Bomfim de
Higa, Antonio
author_role author
author2 Ikeda, Angela Cristina
Flôres Júnior, Paulo César
Alcantara, Giovana Bomfim de
Higa, Antonio
author2_role author
author
author
author
dc.contributor.author.fl_str_mv Maximo, Yasmin Imparato
Ikeda, Angela Cristina
Flôres Júnior, Paulo César
Alcantara, Giovana Bomfim de
Higa, Antonio
dc.subject.por.fl_str_mv Acacia mearnsii. Ácidos nucleicos. CTAB. RNase.
Acacia mearnsii. CTAB. Nucleic acids. RNAse.
topic Acacia mearnsii. Ácidos nucleicos. CTAB. RNase.
Acacia mearnsii. CTAB. Nucleic acids. RNAse.
description Considerando-se que a atual tendência do melhoramento florestal é a integração das técnicas clássicas com as de análise genética molecular, faz-se necessária a obtenção de protocolos de extração de DNA genômico ajustados a cada espécie estudada. O objetivo do trabalho foi determinar o efeito de diferentes adaptações no protocolo de extração de DNA genômico CTAB para acácia-negra. Foram testados diferentes componentes na fase de extração orgânica: clorofórmio, fenol e proteinase K, além da aplicação de RNase após a fase de precipitação e limpeza do DNA. Também, foi investigada a eficiência destes tratamentos em amostras de folíolos frescas ou armazenadas em baixa temperatura durante sete dias. Foi verificada a presença de DNA de todas as amostras submetidas à extração pelo protocolo de CTAB com os diferentes tratamentos. O tempo de armazenamento das amostras não influenciou na integridade do DNA, entretanto, foi possível observar que a adição de RNase melhorou a qualidade do DNA extraído. Deste modo, sugere-se a utilização do protocolo CTAB com uso de clorofórmio e RNase, com amostras frescas ou armazenadas em baixas temperaturas.
publishDate 2020
dc.date.none.fl_str_mv 2020-07-27
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/article/view/9190
10.30612/agrarian.v13i49.9190
url https://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/article/view/9190
identifier_str_mv 10.30612/agrarian.v13i49.9190
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv https://ojs.ufgd.edu.br/index.php/agrarian/article/view/9190/5905
dc.rights.driver.fl_str_mv Copyright (c) 2020 Agrarian
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Copyright (c) 2020 Agrarian
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Editora UFGD
publisher.none.fl_str_mv Editora UFGD
dc.source.none.fl_str_mv Agrarian; v. 13 n. 49 (2020); 323-329
Agrarian Journal; Vol. 13 No. 49 (2020); 323-329
1984-2538
reponame:Agrarian (Dourados. Online)
instname:Universidade Federal da Grande Dourados (UFGD)
instacron:UFGD
instname_str Universidade Federal da Grande Dourados (UFGD)
instacron_str UFGD
institution UFGD
reponame_str Agrarian (Dourados. Online)
collection Agrarian (Dourados. Online)
repository.name.fl_str_mv Agrarian (Dourados. Online) - Universidade Federal da Grande Dourados (UFGD)
repository.mail.fl_str_mv revistaagrarian@ufgd.edu.br||
_version_ 1792205858701049856