A história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadores

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Lima, Mylena Barros de
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFJF
Texto Completo: https://doi.org/10.34019/ufjf/di/2022/00047
https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/14134
Resumo: O presente estudo possui como objetivo aplicar uma metodologia de análise de sequência-estrutura, para estimar a árvore evolutiva do gênero de parasitos flagelados Trypanosoma, e realizar a comparação entre métodos de inferência já utilizados pela literatura, como a análise concatenada entre a sub-região V7V8 do marcador molecular SSU 18S rDNA e o gene gGAPDH, além da análise somente com o gene SSU 18S rDNA. Através das análises comparativas, pôde-se perceber que os resultados estão de acordo com as informações prévias geradas pelas análises baseadas em dados com o gene 18S rDNA, corroborando teorias evolutivas e a ordem geral de ramificação das topologias. Assim, a análise de sequência-estrutura possibilitou acessar relações filogenéticas profundas entre as espécies de tripanossomas. A nova metodologia de sequência-estrutura conseguiu acessar todos os subgêneros conhecidos até então utilizando um único marcador molecular (SSU 18S rDNA) com máximo valor de suporte. Além disso, os resultados da análise de sequência-estrutura foram mais robustos do que as demais análises, mais sensíveis a artefatos deixados por táxons Rogue (id.est. incertae sedis) e a espécies ligadas ao efeito de atração de ramos. Saber qual foi a real história evolutiva destes parasitos é uma incógnita, mas a utilização de ferramentas que ofereçam maior poder de resolução para as relações filogenéticas pode ser uma saída. Desse modo, o presente estudo indica uma ferramenta altamente eficiente para análises filogenéticas de Trypanosoma. Ademais, a utilização de metodologias que permitem análises profundas do agrupamento, exigindo menos marcadores moleculares, são de extrema importância.
id UFJF_8065d63c545a81a60ce364ef7e2f9d60
oai_identifier_str oai:hermes.cpd.ufjf.br:ufjf/14134
network_acronym_str UFJF
network_name_str Repositório Institucional da UFJF
repository_id_str
spelling Rossi, Mariana Fonsecahttp://lattes.cnpq.br/6721563740815535Dias, Roberto Júnio Pedrosohttp://lattes.cnpq.br/0931700082694753Peixoto, Maristela Pecklehttp://lattes.cnpq.br/8817867478588076Paula, Sthefane D'ávila de Oliveira ehttps://lattes.cnpq.br/http://lattes.cnpq.br/9052335049174563Lima, Mylena Barros de2022-05-27T15:55:40Z2022-05-272022-05-27T15:55:40Z2022-02-24https://doi.org/10.34019/ufjf/di/2022/00047https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/14134O presente estudo possui como objetivo aplicar uma metodologia de análise de sequência-estrutura, para estimar a árvore evolutiva do gênero de parasitos flagelados Trypanosoma, e realizar a comparação entre métodos de inferência já utilizados pela literatura, como a análise concatenada entre a sub-região V7V8 do marcador molecular SSU 18S rDNA e o gene gGAPDH, além da análise somente com o gene SSU 18S rDNA. Através das análises comparativas, pôde-se perceber que os resultados estão de acordo com as informações prévias geradas pelas análises baseadas em dados com o gene 18S rDNA, corroborando teorias evolutivas e a ordem geral de ramificação das topologias. Assim, a análise de sequência-estrutura possibilitou acessar relações filogenéticas profundas entre as espécies de tripanossomas. A nova metodologia de sequência-estrutura conseguiu acessar todos os subgêneros conhecidos até então utilizando um único marcador molecular (SSU 18S rDNA) com máximo valor de suporte. Além disso, os resultados da análise de sequência-estrutura foram mais robustos do que as demais análises, mais sensíveis a artefatos deixados por táxons Rogue (id.est. incertae sedis) e a espécies ligadas ao efeito de atração de ramos. Saber qual foi a real história evolutiva destes parasitos é uma incógnita, mas a utilização de ferramentas que ofereçam maior poder de resolução para as relações filogenéticas pode ser uma saída. Desse modo, o presente estudo indica uma ferramenta altamente eficiente para análises filogenéticas de Trypanosoma. Ademais, a utilização de metodologias que permitem análises profundas do agrupamento, exigindo menos marcadores moleculares, são de extrema importância.The present study aims to apply a methodology of sequence-structure analysis to estimate the evolutionary tree of the genus of flagellate parasites Trypanosoma, and to compare inference methods already used in the literature, such as the concatenated analysis between the V7V8 subregion of the SSU 18S rDNA molecular marker and the gGAPDH gene, and the analysis only with the SSU 18S rDNA gene. Through the comparative analyses, it could be seen that the results are in agreement with the previous information generated by the analyses based on data with the 18S rDNA gene, corroborating evolutionary theories and the general branching order of the topologies. Thus, sequencestructure analysis made it possible to access deep phylogenetic relationships among trypanosome species. The new sequence-structure methodology was able to access all previously known subgenera using a single molecular marker (SSU 18S rDNA) with maximum support value. Furthermore, the results of the sequence-structure analysis were more robust than the other analyses, more sensitive to artifacts left by Rogue taxa (id.est. incertae sedis) and to species linked to branch attraction effect. Knowing what the real evolutionary history of these parasites was is an unknown, but the use of tools that offer greater resolving power for phylogenetic relationships may be a way out. Thus, the present study indicates a highly efficient tool for phylogenetic analysis of Trypanosoma. Furthermore, the use of methodologies that allow deep grouping analyses, requiring fewer molecular markers, are of extreme importance.CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorporUniversidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)Programa de Pós Graduação em Biodiversidade e Conservação da NaturezaUFJFBrasilICB – Instituto de Ciências BiológicasAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/embargoedAccessCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICASÁrvore filogenéticaSequência-estruturaSSU 18S rDNAgGAPDHEvoluçãoPhylogenetic treeSequence-structuregGAPDHEvolutionA história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadoresinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Repositório Institucional da UFJFinstname:Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)instacron:UFJFCC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/14134/1/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/14134/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52ufjf/141342022-11-18 13:04:35.526oai:hermes.cpd.ufjf.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufjf.br/oai/requestopendoar:2022-11-18T15:04:35Repositório Institucional da UFJF - Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv A história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadores
title A história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadores
spellingShingle A história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadores
Lima, Mylena Barros de
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
Árvore filogenética
Sequência-estrutura
SSU 18S rDNA
gGAPDH
Evolução
Phylogenetic tree
Sequence-structure
gGAPDH
Evolution
title_short A história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadores
title_full A história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadores
title_fullStr A história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadores
title_full_unstemmed A história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadores
title_sort A história evolutiva de Trypanosoma: elucidando as relações filogenéticas do grupo por meio de distintos métodos e marcadores
author Lima, Mylena Barros de
author_facet Lima, Mylena Barros de
author_role author
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Rossi, Mariana Fonseca
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/6721563740815535
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Dias, Roberto Júnio Pedroso
dc.contributor.advisor-co1Lattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/0931700082694753
dc.contributor.referee1.fl_str_mv Peixoto, Maristela Peckle
dc.contributor.referee1Lattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/8817867478588076
dc.contributor.referee2.fl_str_mv Paula, Sthefane D'ávila de Oliveira e
dc.contributor.referee2Lattes.fl_str_mv https://lattes.cnpq.br/
dc.contributor.authorLattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/9052335049174563
dc.contributor.author.fl_str_mv Lima, Mylena Barros de
contributor_str_mv Rossi, Mariana Fonseca
Dias, Roberto Júnio Pedroso
Peixoto, Maristela Peckle
Paula, Sthefane D'ávila de Oliveira e
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
topic CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
Árvore filogenética
Sequência-estrutura
SSU 18S rDNA
gGAPDH
Evolução
Phylogenetic tree
Sequence-structure
gGAPDH
Evolution
dc.subject.por.fl_str_mv Árvore filogenética
Sequência-estrutura
SSU 18S rDNA
gGAPDH
Evolução
Phylogenetic tree
Sequence-structure
gGAPDH
Evolution
description O presente estudo possui como objetivo aplicar uma metodologia de análise de sequência-estrutura, para estimar a árvore evolutiva do gênero de parasitos flagelados Trypanosoma, e realizar a comparação entre métodos de inferência já utilizados pela literatura, como a análise concatenada entre a sub-região V7V8 do marcador molecular SSU 18S rDNA e o gene gGAPDH, além da análise somente com o gene SSU 18S rDNA. Através das análises comparativas, pôde-se perceber que os resultados estão de acordo com as informações prévias geradas pelas análises baseadas em dados com o gene 18S rDNA, corroborando teorias evolutivas e a ordem geral de ramificação das topologias. Assim, a análise de sequência-estrutura possibilitou acessar relações filogenéticas profundas entre as espécies de tripanossomas. A nova metodologia de sequência-estrutura conseguiu acessar todos os subgêneros conhecidos até então utilizando um único marcador molecular (SSU 18S rDNA) com máximo valor de suporte. Além disso, os resultados da análise de sequência-estrutura foram mais robustos do que as demais análises, mais sensíveis a artefatos deixados por táxons Rogue (id.est. incertae sedis) e a espécies ligadas ao efeito de atração de ramos. Saber qual foi a real história evolutiva destes parasitos é uma incógnita, mas a utilização de ferramentas que ofereçam maior poder de resolução para as relações filogenéticas pode ser uma saída. Desse modo, o presente estudo indica uma ferramenta altamente eficiente para análises filogenéticas de Trypanosoma. Ademais, a utilização de metodologias que permitem análises profundas do agrupamento, exigindo menos marcadores moleculares, são de extrema importância.
publishDate 2022
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2022-05-27T15:55:40Z
dc.date.available.fl_str_mv 2022-05-27
2022-05-27T15:55:40Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2022-02-24
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/14134
dc.identifier.doi.none.fl_str_mv https://doi.org/10.34019/ufjf/di/2022/00047
url https://doi.org/10.34019/ufjf/di/2022/00047
https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/14134
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
rights_invalid_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/
eu_rights_str_mv embargoedAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)
dc.publisher.program.fl_str_mv Programa de Pós Graduação em Biodiversidade e Conservação da Natureza
dc.publisher.initials.fl_str_mv UFJF
dc.publisher.country.fl_str_mv Brasil
dc.publisher.department.fl_str_mv ICB – Instituto de Ciências Biológicas
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFJF
instname:Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)
instacron:UFJF
instname_str Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)
instacron_str UFJF
institution UFJF
reponame_str Repositório Institucional da UFJF
collection Repositório Institucional da UFJF
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/14134/1/license_rdf
https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/14134/2/license.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34
8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFJF - Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1813193849823035392