E-SECO ProVersion: uma arquitetura para manutenção e evolução de workflows científicos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Sirqueira, Tássio Ferenzini Martins
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFJF
Texto Completo: https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/4835
Resumo: Um ecossistema de software científico, além de outras funcionalidades, busca integrar todas as etapas de um experimento, e comumente utiliza workflows científicos para a resolução de problemas complexos. Toda modificação ocorrida em um experimento deve ser propagada para os workflows associados, os quais devem ser mantidos e evoluídos para o prosseguimento com sucesso da pesquisa. Um das forma de garantir este controle é através da gerência de configuração. Para que ela possa ser utilizada, é importante o armazenamento dos dados de execução e modelagem do experimento e workflows associados. Neste trabalho, utilizamos conceitos e modelos relacionados à proveniência de dados para o armazenamento e consulta destes dados. O uso da proveniência de dados traz alguns benefícios neste armazenamento e consulta, conforme veremos nesta dissertação. Assim, nesse trabalho é proposta uma arquitetura para gerenciar a evolução e manutenção de experimentos e workflows científicos, denominada E-SECO ProVersion. A motivação para a especificação e implementação da arquitetura veio a partir da realização de uma revisão sistemática e de um estudo para verificar características de manutenção e evolução em repositórios de workflows existentes. A partir destas análises, as principais funcionalidades da arquitetura foram definidas e detalhadas. Além disso, um roteiro com diretrizes de uso e provas de conceito utilizando workflows extraídos do repositório myEx-periment foram apresentados, com o objetivo de avaliar a aplicabilidade da arquitetura.
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Um das forma de garantir este controle é através da gerência de configuração. Para que ela possa ser utilizada, é importante o armazenamento dos dados de execução e modelagem do experimento e workflows associados. Neste trabalho, utilizamos conceitos e modelos relacionados à proveniência de dados para o armazenamento e consulta destes dados. O uso da proveniência de dados traz alguns benefícios neste armazenamento e consulta, conforme veremos nesta dissertação. Assim, nesse trabalho é proposta uma arquitetura para gerenciar a evolução e manutenção de experimentos e workflows científicos, denominada E-SECO ProVersion. A motivação para a especificação e implementação da arquitetura veio a partir da realização de uma revisão sistemática e de um estudo para verificar características de manutenção e evolução em repositórios de workflows existentes. A partir destas análises, as principais funcionalidades da arquitetura foram definidas e detalhadas. Além disso, um roteiro com diretrizes de uso e provas de conceito utilizando workflows extraídos do repositório myEx-periment foram apresentados, com o objetivo de avaliar a aplicabilidade da arquitetura.A scientific software ecosystem, in addition to other features, seeks to integrate all stages of an experiment, and commonly used scientific workflows to solve complex problems. Any changes that occurred in an experiment must be propagated to the associated workflows, which must be maintained and evolved for further successful research. One of the way to ensure this control is through configuration management. So that it can be used, it is important the storage of performance data and modeling of the experiment and associated workflows. In this study, we use the concepts and models related to the source of data for storage and retrieval of this data. Use the data source brings some advantages in storage and query, as we will see in this dissertation. Thus, this paper proposes an architecture to manage the development and maintenance of scientific experiments and workflows, called E-SECO ProVersion. The motivation for the specification and implementation of architecture came from the realization of a systematic review and a study to check maintenance characteristics and evolution in existing workflows repositories. From these analyzes, the main features of the architecture are defined and detailed. In addition, a roadmap with usage guidelines and proofs of concept using workflows extracted from myExperiment repository were presented in order to evaluate the applicability of architecture.porUniversidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)Programa de Pós-graduação em Ciência da ComputaçãoUFJFBrasilICE – Instituto de Ciências ExatasCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAOWorkflow científicoManutençãoEvoluçãoProveniência de dadosScientific WorkflowMaintenanceEvolutionData ProvenanceE-SECO ProVersion: uma arquitetura para manutenção e evolução de workflows científicosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFJFinstname:Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)instacron:UFJFTEXTtassioferenzinimartinssirqueira.pdf.txttassioferenzinimartinssirqueira.pdf.txtExtracted texttext/plain235810https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/4835/3/tassioferenzinimartinssirqueira.pdf.txt7a4926d3e65c482c6f8655b5c43324fcMD53THUMBNAILtassioferenzinimartinssirqueira.pdf.jpgtassioferenzinimartinssirqueira.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1263https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/4835/4/tassioferenzinimartinssirqueira.pdf.jpgc9b13f180c60c2dd0465a495e467b559MD54ORIGINALtassioferenzinimartinssirqueira.pdftassioferenzinimartinssirqueira.pdfapplication/pdf6506958https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/4835/1/tassioferenzinimartinssirqueira.pdf2145670dd9a80dec1aef328a3f8a0427MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82197https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/4835/2/license.txt000e18a5aee6ca21bb5811ddf55fc37bMD52ufjf/48352019-06-16 06:51:35.471oai:hermes.cpd.ufjf.br:ufjf/4835TElDRU7vv71BIERFIERJU1RSSUJVSe+/ve+/vU8gTu+/vU8tRVhDTFVTSVZBCgpDb20gYSBhcHJlc2VudGHvv73vv71vIGRlc3RhIGxpY2Vu77+9YSwgdm9j77+9IChvIGF1dG9yIChlcykgb3UgbyB0aXR1bGFyIGRvcyBkaXJlaXRvcyBkZSBhdXRvcikgY29uY2VkZSBhbyBSZXBvc2l077+9cmlvIApJbnN0aXR1Y2lvbmFsIGRhIFVuaXZlcnNpZGFkZSBGZWRlcmFsIGRlIEp1aXogZGUgRm9yYSBvIGRpcmVpdG8gbu+/vW8tZXhjbHVzaXZvIGRlIHJlcHJvZHV6aXIsIHRyYWR1emlyIChjb25mb3JtZSBkZWZpbmlkbyBhYmFpeG8pLCBlL291IGRpc3RyaWJ1aXIgYSBzdWEgcHVibGljYe+/ve+/vW8gKGluY2x1aW5kbyBvIHJlc3VtbykgcG9yIHRvZG8gbyBtdW5kbyBubyBmb3JtYXRvIGltcHJlc3NvIGUgZWxldHLvv71uaWNvIGUgZW0gcXVhbHF1ZXIgbWVpbywgaW5jbHVpbmRvIG9zIGZvcm1hdG9zIO+/vXVkaW8gb3Ugdu+/vWRlby4KClZvY++/vSBjb25jb3JkYSBxdWUgbyBSZXBvc2l077+9cmlvIEluc3RpdHVjaW9uYWwgZGEgVW5pdmVyc2lkYWRlIEZlZGVyYWwgZGUgSnVpeiBkZSBGb3JhIHBvZGUsIHNlbSBhbHRlcmFyIG8gY29udGXvv71kbywgdHJhbnNwb3IgYSBzdWEgcHVibGljYe+/ve+/vW8gcGFyYSBxdWFscXVlciBtZWlvIG91IGZvcm1hdG8gcGFyYSBmaW5zIGRlIHByZXNlcnZh77+977+9by4gVm9j77+9IHRhbWLvv71tIGNvbmNvcmRhIHF1ZSBvIFJlcG9zaXTvv71yaW8gSW5zdGl0dWNpb25hbCBkYSBVbml2ZXJzaWRhZGUgRmVkZXJhbCBkZSBKdWl6IGRlIEZvcmEgcG9kZSBtYW50ZXIgbWFpcyBkZSB1bWEgY++/vXBpYSBkZSBzdWEgcHVibGljYe+/ve+/vW8gcGFyYSBmaW5zIGRlIHNlZ3VyYW7vv71hLCBiYWNrLXVwIGUgcHJlc2VydmHvv73vv71vLiBWb2Pvv70gZGVjbGFyYSBxdWUgYSBzdWEgcHVibGljYe+/ve+/vW8g77+9IG9yaWdpbmFsIGUgcXVlIHZvY++/vSB0ZW0gbyBwb2RlciBkZSBjb25jZWRlciBvcyBkaXJlaXRvcyBjb250aWRvcyBuZXN0YSBsaWNlbu+/vWEuIFZvY++/vSB0YW1i77+9bSBkZWNsYXJhIHF1ZSBvIGRlcO+/vXNpdG8gZGEgc3VhIHB1YmxpY2Hvv73vv71vIG7vv71vLCBxdWUgc2VqYSBkZSBzZXUgY29uaGVjaW1lbnRvLCBpbmZyaW5nZSBkaXJlaXRvcyBhdXRvcmFpcyBkZSBuaW5nde+/vW0uCgpDYXNvIGEgc3VhIHB1YmxpY2Hvv73vv71vIGNvbnRlbmhhIG1hdGVyaWFsIHF1ZSB2b2Pvv70gbu+/vW8gcG9zc3VpIGEgdGl0dWxhcmlkYWRlIGRvcyBkaXJlaXRvcyBhdXRvcmFpcywgdm9j77+9IGRlY2xhcmEgcXVlIG9idGV2ZSBhIHBlcm1pc3Pvv71vIGlycmVzdHJpdGEgZG8gZGV0ZW50b3IgZG9zIGRpcmVpdG9zIGF1dG9yYWlzIHBhcmEgY29uY2VkZXIgYW8gUmVwb3NpdO+/vXJpbyBJbnN0aXR1Y2lvbmFsIGRhIFVuaXZlcnNpZGFkZSBGZWRlcmFsIGRlIEp1aXogZGUgRm9yYSBvcyBkaXJlaXRvcyBhcHJlc2VudGFkb3MgbmVzdGEgbGljZW7vv71hLCBlIHF1ZSBlc3NlIG1hdGVyaWFsIGRlIHByb3ByaWVkYWRlIGRlIHRlcmNlaXJvcyBlc3Tvv70gY2xhcmFtZW50ZSBpZGVudGlmaWNhZG8gZSByZWNvbmhlY2lkbyBubyB0ZXh0byBvdSBubyBjb250Ze+/vWRvIGRhIHB1YmxpY2Hvv73vv71vIG9yYSBkZXBvc2l0YWRhLgoKQ0FTTyBBIFBVQkxJQ0Hvv73vv71PIE9SQSBERVBPU0lUQURBIFRFTkhBIFNJRE8gUkVTVUxUQURPIERFIFVNIFBBVFJPQ++/vU5JTyBPVSBBUE9JTyBERSBVTUEgQUfvv71OQ0lBIERFIEZPTUVOVE8gT1UgT1VUUk8gT1JHQU5JU01PLCBWT0Pvv70gREVDTEFSQSBRVUUgUkVTUEVJVE9VIFRPRE9TIEUgUVVBSVNRVUVSIERJUkVJVE9TIERFIFJFVklT77+9TyBDT01PIFRBTULvv71NIEFTIERFTUFJUyBPQlJJR0Hvv73vv71FUyBFWElHSURBUyBQT1IgQ09OVFJBVE8gT1UgQUNPUkRPLgoKTyBSZXBvc2l077+9cmlvIEluc3RpdHVjaW9uYWwgZGEgVW5pdmVyc2lkYWRlIEZlZGVyYWwgZGUgSnVpeiBkZSBGb3JhIHNlIGNvbXByb21ldGUgYSBpZGVudGlmaWNhciBjbGFyYW1lbnRlIG8gc2V1IG5vbWUgKHMpIG91IG8ocykgbm9tZShzKSBkbyhzKSBkZXRlbnRvcihlcykgZG9zIGRpcmVpdG9zIGF1dG9yYWlzIGRhIHB1YmxpY2Hvv73vv71vLCBlIG7vv71vIGZhcu+/vSBxdWFscXVlciBhbHRlcmHvv73vv71vLCBhbO+/vW0gZGFxdWVsYXMgY29uY2VkaWRhcyBwb3IgZXN0YSBsaWNlbu+/vWEuCg==Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufjf.br/oai/requestopendoar:2019-06-16T09:51:35Repositório Institucional da UFJF - Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)false
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