Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Louzada,João Marcos
Data de Publicação: 2006
Outros Autores: Bearzoti,Eduardo, Carvalho,Dulcinéia de
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
Título da fonte: Ciência e Agrotecnologia (Online)
Texto Completo: http://old.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542006000200003
Resumo: O índice I de Moran é a ferramenta usual para se medir a intensidade da autocorrelação espacial em dados de marcadores genéticos. A estatística I é assintoticamente normalmente distribuída, podendo ser avaliada como desvios da normal padrão mediante o suposto-N (aproximação normal). Porém, para pequenos números de populações (m<8), deve-se aplicar o teste de aleatorização de Mantel (suposto-R), desenvolvido por Mantel (1967). Assim, por meio do presente estudo, buscou-se avaliar o desempenho de ambos os testes no que tange às taxas de erro tipo I e o poder dos mesmos. Estes foram avaliados via simulação de Monte Carlo, em que analisaram-se, sob a H0, as situações {p=0,1, p=0,25 e p=0,5} de freqüências alélicas médias, para as quais consideraram-se os números {m = 5, 10, 25 e 50} de populações, sendo que variou-se, para cada população, o número de indivíduos em {n=1, 2, 5 e 10}. Em relação à hipótese alternativa (com padrão espacial), além das mesmas situações simuladas em H0, avaliou-se o comportamento destes critérios de testes segundo a variação da amplitude na freqüência alélica média local em {A=0,1; 0,2; 0,5; 0,8 e 1,0}. Desta forma, pôde-se analisar a performance dos testes em questão quanto ao grau de variabilidade das freqüências alélicas médias geradas sobre uma superfície linear, em função do espaço geográfico, por meio de diferentes inclinações da mesma. O teste da aproximação normal foi considerado melhor com {m<10} populações, quando combinado com as ponderações inverso da distância e inverso da distância ao quadrado, em ambos os níveis de significância, 1% e 5%. Porém, o mesmo não deve ser aplicado associado com a ponderação vizinho mais próximo. Com {m>25}, deve-se aplicar o teste de Mantel em qualquer das situações simuladas.
id UFLA-2_70798171a8cf14291a2a37d480252535
oai_identifier_str oai:scielo:S1413-70542006000200003
network_acronym_str UFLA-2
network_name_str Ciência e Agrotecnologia (Online)
repository_id_str
spelling Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticosAutocorrelação espacialsimulação Monte CarloI de Moranfreqüências alélicasteste de MantelO índice I de Moran é a ferramenta usual para se medir a intensidade da autocorrelação espacial em dados de marcadores genéticos. A estatística I é assintoticamente normalmente distribuída, podendo ser avaliada como desvios da normal padrão mediante o suposto-N (aproximação normal). Porém, para pequenos números de populações (m<8), deve-se aplicar o teste de aleatorização de Mantel (suposto-R), desenvolvido por Mantel (1967). Assim, por meio do presente estudo, buscou-se avaliar o desempenho de ambos os testes no que tange às taxas de erro tipo I e o poder dos mesmos. Estes foram avaliados via simulação de Monte Carlo, em que analisaram-se, sob a H0, as situações {p=0,1, p=0,25 e p=0,5} de freqüências alélicas médias, para as quais consideraram-se os números {m = 5, 10, 25 e 50} de populações, sendo que variou-se, para cada população, o número de indivíduos em {n=1, 2, 5 e 10}. Em relação à hipótese alternativa (com padrão espacial), além das mesmas situações simuladas em H0, avaliou-se o comportamento destes critérios de testes segundo a variação da amplitude na freqüência alélica média local em {A=0,1; 0,2; 0,5; 0,8 e 1,0}. Desta forma, pôde-se analisar a performance dos testes em questão quanto ao grau de variabilidade das freqüências alélicas médias geradas sobre uma superfície linear, em função do espaço geográfico, por meio de diferentes inclinações da mesma. O teste da aproximação normal foi considerado melhor com {m<10} populações, quando combinado com as ponderações inverso da distância e inverso da distância ao quadrado, em ambos os níveis de significância, 1% e 5%. Porém, o mesmo não deve ser aplicado associado com a ponderação vizinho mais próximo. Com {m>25}, deve-se aplicar o teste de Mantel em qualquer das situações simuladas.Editora da UFLA2006-04-01info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersiontext/htmlhttp://old.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542006000200003Ciência e Agrotecnologia v.30 n.2 2006reponame:Ciência e Agrotecnologia (Online)instname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLA10.1590/S1413-70542006000200003info:eu-repo/semantics/openAccessLouzada,João MarcosBearzoti,EduardoCarvalho,Dulcinéia depor2008-08-22T00:00:00Zoai:scielo:S1413-70542006000200003Revistahttp://www.scielo.br/cagroPUBhttps://old.scielo.br/oai/scielo-oai.php||renpaiva@dbi.ufla.br|| editora@editora.ufla.br1981-18291413-7054opendoar:2008-08-22T00:00Ciência e Agrotecnologia (Online) - Universidade Federal de Lavras (UFLA)false
dc.title.none.fl_str_mv Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticos
title Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticos
spellingShingle Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticos
Louzada,João Marcos
Autocorrelação espacial
simulação Monte Carlo
I de Moran
freqüências alélicas
teste de Mantel
title_short Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticos
title_full Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticos
title_fullStr Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticos
title_full_unstemmed Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticos
title_sort Avaliação e aplicação de testes para a detecção da autocorrelação espacial usando marcadores genéticos
author Louzada,João Marcos
author_facet Louzada,João Marcos
Bearzoti,Eduardo
Carvalho,Dulcinéia de
author_role author
author2 Bearzoti,Eduardo
Carvalho,Dulcinéia de
author2_role author
author
dc.contributor.author.fl_str_mv Louzada,João Marcos
Bearzoti,Eduardo
Carvalho,Dulcinéia de
dc.subject.por.fl_str_mv Autocorrelação espacial
simulação Monte Carlo
I de Moran
freqüências alélicas
teste de Mantel
topic Autocorrelação espacial
simulação Monte Carlo
I de Moran
freqüências alélicas
teste de Mantel
description O índice I de Moran é a ferramenta usual para se medir a intensidade da autocorrelação espacial em dados de marcadores genéticos. A estatística I é assintoticamente normalmente distribuída, podendo ser avaliada como desvios da normal padrão mediante o suposto-N (aproximação normal). Porém, para pequenos números de populações (m<8), deve-se aplicar o teste de aleatorização de Mantel (suposto-R), desenvolvido por Mantel (1967). Assim, por meio do presente estudo, buscou-se avaliar o desempenho de ambos os testes no que tange às taxas de erro tipo I e o poder dos mesmos. Estes foram avaliados via simulação de Monte Carlo, em que analisaram-se, sob a H0, as situações {p=0,1, p=0,25 e p=0,5} de freqüências alélicas médias, para as quais consideraram-se os números {m = 5, 10, 25 e 50} de populações, sendo que variou-se, para cada população, o número de indivíduos em {n=1, 2, 5 e 10}. Em relação à hipótese alternativa (com padrão espacial), além das mesmas situações simuladas em H0, avaliou-se o comportamento destes critérios de testes segundo a variação da amplitude na freqüência alélica média local em {A=0,1; 0,2; 0,5; 0,8 e 1,0}. Desta forma, pôde-se analisar a performance dos testes em questão quanto ao grau de variabilidade das freqüências alélicas médias geradas sobre uma superfície linear, em função do espaço geográfico, por meio de diferentes inclinações da mesma. O teste da aproximação normal foi considerado melhor com {m<10} populações, quando combinado com as ponderações inverso da distância e inverso da distância ao quadrado, em ambos os níveis de significância, 1% e 5%. Porém, o mesmo não deve ser aplicado associado com a ponderação vizinho mais próximo. Com {m>25}, deve-se aplicar o teste de Mantel em qualquer das situações simuladas.
publishDate 2006
dc.date.none.fl_str_mv 2006-04-01
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://old.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542006000200003
url http://old.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542006000200003
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv 10.1590/S1413-70542006000200003
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv text/html
dc.publisher.none.fl_str_mv Editora da UFLA
publisher.none.fl_str_mv Editora da UFLA
dc.source.none.fl_str_mv Ciência e Agrotecnologia v.30 n.2 2006
reponame:Ciência e Agrotecnologia (Online)
instname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)
instacron:UFLA
instname_str Universidade Federal de Lavras (UFLA)
instacron_str UFLA
institution UFLA
reponame_str Ciência e Agrotecnologia (Online)
collection Ciência e Agrotecnologia (Online)
repository.name.fl_str_mv Ciência e Agrotecnologia (Online) - Universidade Federal de Lavras (UFLA)
repository.mail.fl_str_mv ||renpaiva@dbi.ufla.br|| editora@editora.ufla.br
_version_ 1750226488157798400