Levantamento e estudo das espécies de badnavirus que infectam bananeiras no Brasil

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Pompeu, Daniele Costa
Data de Publicação: 2014
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFLA
Texto Completo: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/4842
Resumo: Dissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, área de concentração em Biotecnologia Vegetal, para a obtenção do título de Mestre.
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spelling Levantamento e estudo das espécies de badnavirus que infectam bananeiras no BrasilBanana streak virusRT/RNAseHRolling circle amplificationCNPQ_NÃO_INFORMADODissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, área de concentração em Biotecnologia Vegetal, para a obtenção do título de Mestre.Banana streak virus (BSV) is one of the main virus that affect bananas in Brazil. The symptoms of the disease are variable, presenting from chlorotic streaks on the foliar limb to the abnormal development of banana bunches and death, beginning at the point of growth. Due to the genomic heterogeneity of the BSV isolates and to the fact that it presents the property of incorporating to the banana genome, the use of serologic and molecular techniques for its detection not always presents the desired efficiency, being of great importance to analyze the variability of the isolated of this virus in Brazil in order for prevention and diagnosis measures to be well established for the country. In this context, we aimed at analyzing the genomes of isolates collected in different producing regions of the country, based on its enzyme restriction profile and on the sequence of the RT/RNase H. The viral dsDNA was obtained with the extraction of the total DNA of the plants, from the foliar tissue and amplified using the Illustra TempliPhi 100 Amplification Kit (GE Healthcare, Buckinghamshire, United Kingdom). The conserved region of the Badnavirus used for differentiating species was amplified by the PCR, purified and sent for sequencing. The genomic DNA obtained by the RCA reaction was submitted to cleavage with the following enzymes: EcoRI, KpnI, PstI, SacI, XbaI, XhoI. The analyses of the 540pbs fragments amplified by PCR, of the 13 BSV isolates based on the ICTV variant classification criteria, allowed the identification of 2 BSV variants, with 10 being classified as Banana streak Mysore virus, 1 as Banana OL virus, 2 presented high similarity to Musa acuminata (genotype AA). The analysis of the restriction profile was not consistent with the data found in literature, not being adequate for classifying the species, while the sequence analysis of the RT/RNase H region allowed a safe classification inside the standards already established for the Badnavirus.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Biotecnologia VegetalO Banana streak virus (BSV) é um dos principais vírus que afetam a bananeira no Brasil. Os sintomas da doença são variáveis apresentando desde estrias cloróticas no limbo foliar até desenvolvimento anormal dos cachos e morte a partir do ponto de crescimento. Devido à heterogeneidade genômica dos isolados de BSV e ao fato dele ter a propriedade de se incorporar no genoma da bananeira, a utilização de técnicas sorológicas e moleculares, para sua detecção, nem sempre apresenta a eficiência desejada, sendo de grande importância analisar a variabilidade de isolados deste vírus no Brasil, para que medidas de prevenção e diagnose sejam bem estabelecidas para no país. Nesse contexto, o objetivo desse trabalho foi analisar os genomas de isolados coletados em diferentes regiões produtoras do país, com base no seu perfil de restrição enzimática e na sequência da região RT /RNase H. O DNA total das plantas foi extraído a partir do tecido foliar e amplificado por RCA, usando o Illustra TempliPhi 100 Amplification Kit. A região do genoma a ser analisada, contendo 540 Kb foi amplificada por PCR a partir dos produtos do RCA, purificada e enviada para sequenciamento. A clivagem enzimática dos produtos do RCA foi feita empregando as seguintes enzimas: EcoRI, KpnI, PstI, SacI, XbaI, XhoI. A análise genômica dos 13 isolados virais, com base no critério do ICTV de classificação de Badnavirus, possibilitou a identificação de 2 espécies já descritas, sendo que 10 foram classificados como Banana streak Mysore virus, 1 como Banana streak obino I’ Ewai virus (BSOLV) e 2 apresentaram similaridade menor que 80% quando comparados com as espécies de Badnavirus já aprovadas pelo ICTV. A análise do perfil de restrição não foi consistente com os dados encontrados na literatura, não se mostrando adequado para classificação das espécies, enquanto que a análise da sequência da região RT /RNase H permitiu uma classificação segura dentro dos padrões já estabelecido para os Badnavirus.UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRASPPBV - Programa de Pós-graduação em Biotecnologia VegetalUFLABRASILFigueira, Antônia dos ReisDuarte, Priscilla de Sousa GeraldinoSouza, Ricardo Magela dePompeu, Daniele Costa2014-12-16T19:38:57Z2014-12-16T19:38:57Z20142014-08-15info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfPOMPEU, D. C. Levantamento e estudo das espécies de badnavirus que infectam bananeiras no Brasil. 2014. 52 p. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2014.http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/4842info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLA2023-04-12T14:13:49Zoai:localhost:1/4842Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufla.br/oai/requestnivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.bropendoar:2023-04-12T14:13:49Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)false
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