Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Faria, Jéssica Amaral de
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da UFLA
Texto Completo: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/29720
Resumo: This work aims to employ the molecular dynamics and the theoretical calculation of NMR to investigate the theoretical and solvent effects on NMR parameters of oximes, in a sequential QM / MM approach. Using GROMACS software, a classic molecular dynamics simulation was performed for the 4-PAM oxime and 3-F-4-PAM using water and BMIM-BF4 as solvents using the OPLS form field. Subsequently calculations of quantum molecular dynamics and NMR were performed to identify the fluorine of 3-F-4-PAM oxime as a spectroscopic probe for the treatment of OP intoxication, using the Gaussian 09 software, with the methodology GIAO using the hybrid functional B3LYP and the basis set 6-31G(d,p). In this line, from our calculations, the use of ionic liquids can provide a reasonable trade-off between cost and accuracy for detection of modeling MRI contrast agents for AChE enzymes inhibited organophosphorus compounds.
id UFLA_79118222df98fa0472019b864adf8349
oai_identifier_str oai:localhost:1/29720
network_acronym_str UFLA
network_name_str Repositório Institucional da UFLA
repository_id_str
spelling Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquidsModelagem dos parâmetros de RMN de solventes explícitos de oximas em água e líquidos iônicosDinâmica molecularLíquido IônicoRMNOximaSonda espectroscópicaMolecular dynamicsIonic fluidOximeSpectroscopic probeQuímicaThis work aims to employ the molecular dynamics and the theoretical calculation of NMR to investigate the theoretical and solvent effects on NMR parameters of oximes, in a sequential QM / MM approach. Using GROMACS software, a classic molecular dynamics simulation was performed for the 4-PAM oxime and 3-F-4-PAM using water and BMIM-BF4 as solvents using the OPLS form field. Subsequently calculations of quantum molecular dynamics and NMR were performed to identify the fluorine of 3-F-4-PAM oxime as a spectroscopic probe for the treatment of OP intoxication, using the Gaussian 09 software, with the methodology GIAO using the hybrid functional B3LYP and the basis set 6-31G(d,p). In this line, from our calculations, the use of ionic liquids can provide a reasonable trade-off between cost and accuracy for detection of modeling MRI contrast agents for AChE enzymes inhibited organophosphorus compounds.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Este trabalho tem como objetivo empregar a dinâmica molecular e o cálculo teórico da RMN para investigar os efeitos teóricos e do solvente nos parâmetros de RMN das oximas, em uma abordagem QM / MM sequencial. Utilizando o software GROMACS, foi realizada uma simulação clássica de dinâmica molecular para a oxima 4-PAM e 3-F-4-PAM usando água e BMIM-BF4 como solventes com o campo de força OPLS. Posteriormente cálculos de dinâmica molecular quântica e RMN foram realizados para identificar o flúor da oxima de 3-F-4-PAM como sonda espectroscópica para o tratamento da intoxicação por OP, utilizando o software Gaussian 09, com a metodologia GIAO com o funcional híbrido B3LYP e a função de base 6-31G (d, p). Nesta linha, a partir de nossos cálculos, o uso de líquidos iônicos pode ser uma “ponte” razoável entre custo e precisão para a detecção de modelagem de agentes de contraste de RMN para compostos organofosforados inibidos por enzimas AChE.Universidade Federal de LavrasPrograma de Pós-Graduação em AgroquímicaUFLAbrasilDepartamento de QuímicaRamalho, Teodorico de CastroTavares, Luciano CostaRamalho, Teodorico de CastroLeal Neto, JonasLeal, Daniel Henriques SoaresFaria, Jéssica Amaral de2018-07-23T16:43:56Z2018-07-23T16:43:56Z2018-07-202018-05-07info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfFARIA, J. A. de. Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids. 2018. 69 p. Dissertação (Mestrado em Agroquímica)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2018.http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/29720enginfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLA2023-05-04T13:37:06Zoai:localhost:1/29720Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufla.br/oai/requestnivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.bropendoar:2023-05-04T13:37:06Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)false
dc.title.none.fl_str_mv Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids
Modelagem dos parâmetros de RMN de solventes explícitos de oximas em água e líquidos iônicos
title Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids
spellingShingle Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids
Faria, Jéssica Amaral de
Dinâmica molecular
Líquido Iônico
RMN
Oxima
Sonda espectroscópica
Molecular dynamics
Ionic fluid
Oxime
Spectroscopic probe
Química
title_short Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids
title_full Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids
title_fullStr Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids
title_full_unstemmed Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids
title_sort Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids
author Faria, Jéssica Amaral de
author_facet Faria, Jéssica Amaral de
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Ramalho, Teodorico de Castro
Tavares, Luciano Costa
Ramalho, Teodorico de Castro
Leal Neto, Jonas
Leal, Daniel Henriques Soares
dc.contributor.author.fl_str_mv Faria, Jéssica Amaral de
dc.subject.por.fl_str_mv Dinâmica molecular
Líquido Iônico
RMN
Oxima
Sonda espectroscópica
Molecular dynamics
Ionic fluid
Oxime
Spectroscopic probe
Química
topic Dinâmica molecular
Líquido Iônico
RMN
Oxima
Sonda espectroscópica
Molecular dynamics
Ionic fluid
Oxime
Spectroscopic probe
Química
description This work aims to employ the molecular dynamics and the theoretical calculation of NMR to investigate the theoretical and solvent effects on NMR parameters of oximes, in a sequential QM / MM approach. Using GROMACS software, a classic molecular dynamics simulation was performed for the 4-PAM oxime and 3-F-4-PAM using water and BMIM-BF4 as solvents using the OPLS form field. Subsequently calculations of quantum molecular dynamics and NMR were performed to identify the fluorine of 3-F-4-PAM oxime as a spectroscopic probe for the treatment of OP intoxication, using the Gaussian 09 software, with the methodology GIAO using the hybrid functional B3LYP and the basis set 6-31G(d,p). In this line, from our calculations, the use of ionic liquids can provide a reasonable trade-off between cost and accuracy for detection of modeling MRI contrast agents for AChE enzymes inhibited organophosphorus compounds.
publishDate 2018
dc.date.none.fl_str_mv 2018-07-23T16:43:56Z
2018-07-23T16:43:56Z
2018-07-20
2018-05-07
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv FARIA, J. A. de. Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids. 2018. 69 p. Dissertação (Mestrado em Agroquímica)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2018.
http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/29720
identifier_str_mv FARIA, J. A. de. Explicit solvent modeling of NMR parameters of oximes in water and ionic liquids. 2018. 69 p. Dissertação (Mestrado em Agroquímica)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2018.
url http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/29720
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Lavras
Programa de Pós-Graduação em Agroquímica
UFLA
brasil
Departamento de Química
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Lavras
Programa de Pós-Graduação em Agroquímica
UFLA
brasil
Departamento de Química
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFLA
instname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)
instacron:UFLA
instname_str Universidade Federal de Lavras (UFLA)
instacron_str UFLA
institution UFLA
reponame_str Repositório Institucional da UFLA
collection Repositório Institucional da UFLA
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)
repository.mail.fl_str_mv nivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.br
_version_ 1815439075130212352