Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2005 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFLA |
Texto Completo: | http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/28287 |
Resumo: | Esta dissertação/tese está disponível online com base na Resolução CEPE nº 090, de 24 de março de 2015, disponível em http://www.biblioteca.ufla.br/wordpress/wp-content/uploads/res090-2015.pdf, que dispõe sobre a disponibilização da coleção retrospectiva de teses e dissertações online no Repositório Institucional da UFLA, sem autorização prévia dos autores. Parágrafo Único. Caberá ao autor ou orientador a solicitação de restrição quanto à divulgação de teses e dissertações com pedidos de patente ou qualquer embargo similar. Art. 5º A obra depositada no RIUFLA que tenha direitos autorais externos à Universidade Federal de Lavras poderá ser removida mediante solicitação por escrito, exclusivamente do autor, encaminhada à Comissão Técnica da Biblioteca Universitária./ Arquivo gerado por meio da digitalização de material impresso. Alguns caracteres podem ter sido reconhecidos erroneamente. |
id |
UFLA_c4aa5530fc3e38e7f08d0b3f4b3e71cf |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:localhost:1/28287 |
network_acronym_str |
UFLA |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFLA |
repository_id_str |
|
spelling |
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNAHidden Markov Chain with applicatíon in DNA sequence analysiModelo de MarkovAnálise sequencialEstatísticaBiologia molecularEstatísticaEsta dissertação/tese está disponível online com base na Resolução CEPE nº 090, de 24 de março de 2015, disponível em http://www.biblioteca.ufla.br/wordpress/wp-content/uploads/res090-2015.pdf, que dispõe sobre a disponibilização da coleção retrospectiva de teses e dissertações online no Repositório Institucional da UFLA, sem autorização prévia dos autores. Parágrafo Único. Caberá ao autor ou orientador a solicitação de restrição quanto à divulgação de teses e dissertações com pedidos de patente ou qualquer embargo similar. Art. 5º A obra depositada no RIUFLA que tenha direitos autorais externos à Universidade Federal de Lavras poderá ser removida mediante solicitação por escrito, exclusivamente do autor, encaminhada à Comissão Técnica da Biblioteca Universitária./ Arquivo gerado por meio da digitalização de material impresso. Alguns caracteres podem ter sido reconhecidos erroneamente.Hidden Markov models (HMM's) are applied to locate segments with homogeneous C+G proportions (DNA sequence segmentation). The HMM's are showed in a didactic way and the methods ofan extended model are obtained. The isMalgorithm is used to obtain maximum-likehood estimators ofHMM's. A software that implement some HMMs methods was developed and applied to sequences fragments from Xylella fastidiosa, Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae, Xanthomonas axonopodis pv. citri, and the complete genome of bacteriophage lambda. The results are discussed and compared with the research ofChurchill (1989) and da Silva (2003).A teoria das Cadeias de Markov com estados latentes, HMM's (hidden markov models\ é aplicada ao problema de discriminação de regiões homogêneas em seqüências de DNA. Uma abordagem didática é apresentada e os métodos de uma extensão do modelo são deduzidos. O algoritmo EM (ExpectationMaximization) é utilizado para obtenção de estimativas de máxima verossimilhança. Um software específico foi desenvolvido e aplicado na seqüência de DNA completa do vírus bacteriófago lambda, e em fragmentos do genoma das bactérias Xylella fastidiosa, Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae, Xanthomonas axonopodis pv. citri. Os resultados obtidos são comparados com os trabalhos de Churchill (1989) e da Silva(2003).Universidade Federal de LavrasPrograma de Pós-Graduação em Estatística e Experimentação AgropecuáriaUFLAbrasilDepartamento de Ciências ExatasChaves, Lucas MonteiroSilva, Cibele Queiroz daSáfedi, ThelmaOliveira, Deive Ciro de2017-12-18T15:58:14Z2017-12-18T15:58:14Z2017-12-182005-02-28info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfOLIVEIRA, D. C. de. Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA. 2005. 180 p. Dissertação (Mestrado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2005.http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/28287porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLA2017-12-18T15:59:28Zoai:localhost:1/28287Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufla.br/oai/requestnivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.bropendoar:2017-12-18T15:59:28Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA Hidden Markov Chain with applicatíon in DNA sequence analysi |
title |
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA |
spellingShingle |
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA Oliveira, Deive Ciro de Modelo de Markov Análise sequencial Estatística Biologia molecular Estatística |
title_short |
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA |
title_full |
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA |
title_fullStr |
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA |
title_full_unstemmed |
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA |
title_sort |
Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA |
author |
Oliveira, Deive Ciro de |
author_facet |
Oliveira, Deive Ciro de |
author_role |
author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Chaves, Lucas Monteiro Silva, Cibele Queiroz da Sáfedi, Thelma |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Oliveira, Deive Ciro de |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Modelo de Markov Análise sequencial Estatística Biologia molecular Estatística |
topic |
Modelo de Markov Análise sequencial Estatística Biologia molecular Estatística |
description |
Esta dissertação/tese está disponível online com base na Resolução CEPE nº 090, de 24 de março de 2015, disponível em http://www.biblioteca.ufla.br/wordpress/wp-content/uploads/res090-2015.pdf, que dispõe sobre a disponibilização da coleção retrospectiva de teses e dissertações online no Repositório Institucional da UFLA, sem autorização prévia dos autores. Parágrafo Único. Caberá ao autor ou orientador a solicitação de restrição quanto à divulgação de teses e dissertações com pedidos de patente ou qualquer embargo similar. Art. 5º A obra depositada no RIUFLA que tenha direitos autorais externos à Universidade Federal de Lavras poderá ser removida mediante solicitação por escrito, exclusivamente do autor, encaminhada à Comissão Técnica da Biblioteca Universitária./ Arquivo gerado por meio da digitalização de material impresso. Alguns caracteres podem ter sido reconhecidos erroneamente. |
publishDate |
2005 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2005-02-28 2017-12-18T15:58:14Z 2017-12-18T15:58:14Z 2017-12-18 |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
OLIVEIRA, D. C. de. Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA. 2005. 180 p. Dissertação (Mestrado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2005. http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/28287 |
identifier_str_mv |
OLIVEIRA, D. C. de. Cadeia de Markov com estados latentes com aplicação em análises de seqüências de DNA. 2005. 180 p. Dissertação (Mestrado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2005. |
url |
http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/28287 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Lavras Programa de Pós-Graduação em Estatística e Experimentação Agropecuária UFLA brasil Departamento de Ciências Exatas |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Lavras Programa de Pós-Graduação em Estatística e Experimentação Agropecuária UFLA brasil Departamento de Ciências Exatas |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFLA instname:Universidade Federal de Lavras (UFLA) instacron:UFLA |
instname_str |
Universidade Federal de Lavras (UFLA) |
instacron_str |
UFLA |
institution |
UFLA |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFLA |
collection |
Repositório Institucional da UFLA |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA) |
repository.mail.fl_str_mv |
nivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.br |
_version_ |
1784549972013744128 |