Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Cardoso, Emanuelle Burgos
Data de Publicação: 2015
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFLA
Texto Completo: http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/9595
Resumo: This study aimed to characterize and identify 124 strains of the genera Aspergillus, Penicillium and Talaromyces obtained in Brazil from substrates such as soil, marine sediment, litter, and seeds, which were deposited in the Coleção Micológica de Lavras - CML, Departamento de Fitopatologia, Universidade Federal de Lavras. Isolates were grown on MEA and CYA at 25°C in the dark. A set of 98 strains from the three genera was selected for MALDI-TOF analysis. Representative strains of groups defined by the dendrogram generated through the mass spectra were submitted to analysis of molecular phylogeny using sequences of the locus RPB2. Other 26 strains, not previously analyzed by MALDI-TOF, were identified directly by phylogeny with RPB2 sequences. The analysis of MALDI-TOF spectra distinguished 17 groups in Aspergillus, 16 in Penicillium and 10 groups in Talaromyces. Phylogenetic analysis, including ex-type sequences as reference, allowed for the identification of 20, 19, and 12 species of Aspergillus, Penicillium and Talaromyces, respectively. Both techniques employed provided congruent results, distinguishing 20 species in Aspergillus, 19 in Penicillium and 12 species in Talaromyces. The results confirm the utility of MALDI-TOF to distinguish species within the three genera. Thus, this technique serves as a tool for screening mycological collections and, combined with phylogeny, may be used for the identification of strains to validate spectral databases.
id UFLA_d0a9c5139ed2b56d4342fbf7a22b6259
oai_identifier_str oai:localhost:1/9595
network_acronym_str UFLA
network_name_str Repositório Institucional da UFLA
repository_id_str
spelling Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOFTrichocomaceaeFilogenia molecularProteômicaMolecular phylogenyProteomicsCNPQ_NÃO_INFORMADOThis study aimed to characterize and identify 124 strains of the genera Aspergillus, Penicillium and Talaromyces obtained in Brazil from substrates such as soil, marine sediment, litter, and seeds, which were deposited in the Coleção Micológica de Lavras - CML, Departamento de Fitopatologia, Universidade Federal de Lavras. Isolates were grown on MEA and CYA at 25°C in the dark. A set of 98 strains from the three genera was selected for MALDI-TOF analysis. Representative strains of groups defined by the dendrogram generated through the mass spectra were submitted to analysis of molecular phylogeny using sequences of the locus RPB2. Other 26 strains, not previously analyzed by MALDI-TOF, were identified directly by phylogeny with RPB2 sequences. The analysis of MALDI-TOF spectra distinguished 17 groups in Aspergillus, 16 in Penicillium and 10 groups in Talaromyces. Phylogenetic analysis, including ex-type sequences as reference, allowed for the identification of 20, 19, and 12 species of Aspergillus, Penicillium and Talaromyces, respectively. Both techniques employed provided congruent results, distinguishing 20 species in Aspergillus, 19 in Penicillium and 12 species in Talaromyces. The results confirm the utility of MALDI-TOF to distinguish species within the three genera. Thus, this technique serves as a tool for screening mycological collections and, combined with phylogeny, may be used for the identification of strains to validate spectral databases.Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG)Microbiologia AgrícolaEste estudo foi realizado com o intuito de caracterizar e identificar 124 isolados de fungos dos gêneros Aspergillus, Penicillium e Talaromyces, obtidos no Brasil a partir de substratos como solo, sedimento marinho, liteira e sementes, depositados na Coleção Micológica de Lavras CML do Departamento de Fitopatologia da UFLA. Os isolados foram cultivados em meio MEA e CYA a 25 ºC por sete dias no escuro. Foram selecionados 98 isolados dos três gêneros para análise por MALDI-TOF. Representantes dos grupos definidos pelo dendrograma gerado através dos espectros de massa foram submetidos à análise de filogenia molecular, utilizando sequências do locus RPB2. Outros 26 isolados, que não foram analisados por MALDI-TOF, foram identificados diretamente pela filogenia com sequências de RPB2. Pela análise dos espectros de MALDI-TOF foram diferenciados 17 grupos distintos de Aspergillus, 16 grupos de Penicillium e 10 grupos de Talaromyces. A análise filogenética baseada em RPB2, incluindo sequências de material tipo como referência permitiu a identificação de 20, 19 e 12 espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces, respectivamente. Ambas as técnicas empregadas geraram resultados congruentes e diferenciaram um total de 51 espécies, sendo 20 de Aspergillus, 19 de Penicillium e 12 de Talaromyces. Os resultados obtidos neste estudo confirmaram a utilidade da técnica de MALDI-TOF em distinguir espécies dentro dos três gêneros. Assim, esta técnica serve como ferramenta para a triagem de isolados depositados em coleções micológicas, e, em conjunto com a filogenia molecular, pode ser empregada na identificação de isolados visando a validação de um banco de dados de espectros. Constatou-se a presença de grande diversidade de espécies no Brasil, sendo várias dessas ainda sem registro formal de ocorrência.UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRASDBI - Programa de Pós-graduaçãoUFLABRASILAbreu, Lucas Magalhães dePfenning, Ludwig H.Batista, Luís RobertoSantos, CledirCardoso, Emanuelle Burgos2015-05-18T12:22:47Z2015-05-18T12:22:47Z2015-05-182015-02-20info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfCARDOSO, E. B. Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF. 2015. 89 p. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agrícola)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2015.http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/9595info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLA2023-05-02T15:53:42Zoai:localhost:1/9595Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufla.br/oai/requestnivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.bropendoar:2023-05-02T15:53:42Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)false
dc.title.none.fl_str_mv Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF
title Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF
spellingShingle Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF
Cardoso, Emanuelle Burgos
Trichocomaceae
Filogenia molecular
Proteômica
Molecular phylogeny
Proteomics
CNPQ_NÃO_INFORMADO
title_short Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF
title_full Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF
title_fullStr Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF
title_full_unstemmed Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF
title_sort Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF
author Cardoso, Emanuelle Burgos
author_facet Cardoso, Emanuelle Burgos
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Abreu, Lucas Magalhães de
Pfenning, Ludwig H.
Batista, Luís Roberto
Santos, Cledir
dc.contributor.author.fl_str_mv Cardoso, Emanuelle Burgos
dc.subject.por.fl_str_mv Trichocomaceae
Filogenia molecular
Proteômica
Molecular phylogeny
Proteomics
CNPQ_NÃO_INFORMADO
topic Trichocomaceae
Filogenia molecular
Proteômica
Molecular phylogeny
Proteomics
CNPQ_NÃO_INFORMADO
description This study aimed to characterize and identify 124 strains of the genera Aspergillus, Penicillium and Talaromyces obtained in Brazil from substrates such as soil, marine sediment, litter, and seeds, which were deposited in the Coleção Micológica de Lavras - CML, Departamento de Fitopatologia, Universidade Federal de Lavras. Isolates were grown on MEA and CYA at 25°C in the dark. A set of 98 strains from the three genera was selected for MALDI-TOF analysis. Representative strains of groups defined by the dendrogram generated through the mass spectra were submitted to analysis of molecular phylogeny using sequences of the locus RPB2. Other 26 strains, not previously analyzed by MALDI-TOF, were identified directly by phylogeny with RPB2 sequences. The analysis of MALDI-TOF spectra distinguished 17 groups in Aspergillus, 16 in Penicillium and 10 groups in Talaromyces. Phylogenetic analysis, including ex-type sequences as reference, allowed for the identification of 20, 19, and 12 species of Aspergillus, Penicillium and Talaromyces, respectively. Both techniques employed provided congruent results, distinguishing 20 species in Aspergillus, 19 in Penicillium and 12 species in Talaromyces. The results confirm the utility of MALDI-TOF to distinguish species within the three genera. Thus, this technique serves as a tool for screening mycological collections and, combined with phylogeny, may be used for the identification of strains to validate spectral databases.
publishDate 2015
dc.date.none.fl_str_mv 2015-05-18T12:22:47Z
2015-05-18T12:22:47Z
2015-05-18
2015-02-20
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv CARDOSO, E. B. Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF. 2015. 89 p. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agrícola)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2015.
http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/9595
identifier_str_mv CARDOSO, E. B. Diversidade de espécies de Aspergillus, Penicillium e Talaromyces identificadas por filogenia molecular e espectrometria de massas MALDI-TOF. 2015. 89 p. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agrícola)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2015.
url http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/9595
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
DBI - Programa de Pós-graduação
UFLA
BRASIL
publisher.none.fl_str_mv UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
DBI - Programa de Pós-graduação
UFLA
BRASIL
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFLA
instname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)
instacron:UFLA
instname_str Universidade Federal de Lavras (UFLA)
instacron_str UFLA
institution UFLA
reponame_str Repositório Institucional da UFLA
collection Repositório Institucional da UFLA
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)
repository.mail.fl_str_mv nivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.br
_version_ 1815439108872339456