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Marta Svartmanhttp://lattes.cnpq.br/8661158871949759Gustavo Campos e Silva KuhnFrancisco Pereira LoboFernando Araujo PeriniDiogo Cavalcanti Cabral de MelloEdivaldo Herculano Correa de Oliveirahttp://lattes.cnpq.br/5952826477136047Mirela Pelizaro Valeri2023-05-19T18:42:53Z2023-05-19T18:42:53Z2022-03-17http://hdl.handle.net/1843/53654As sequências de DNAs repetitivos estão presentes no genoma da maioria dos eucariotos. Parte da porção repetitiva dos genomas é composta por DNAs satélites (satDNAs), longas cadeias de sequências repetidas em tandem que, mesmo não codificando proteínas, apresentam papel biológico importante na manutenção e regulação do genoma. Apesar dessas características, são parte pouco explorada do genoma da maioria dos mamíferos. No capítulo 1, caracterizamos dois satDNAs presentes em quatro espécies de primatas neotropicais do gênero Saimiri. Identificamos os satDNAs alfa e CapA a partir da análise do genoma sequenciado de S. boliviensis usando o software RepeatExplorer. O satDNA centromérico alfa possui ~340 pb e alta homogeneidade interespecífica entre as sequências. Já o CapA apresenta monômeros com cerca de 1.500 pb e está presente principalmente nas regiões subteloméricas dos cromossomos submetacêntricos e em algumas regiões intersticiais, mas com localização variável entre as espécies de Saimiri. A localização do CapA, associada a outras informações, como o número fundamental de braços autossômicos, pode ajudar na classificação das espécies presentes no gênero, que sempre foi tema de debate tanto sobre o número de espécies quanto a suas relações filogenéticas. No capítulo 2, usando como ponto de partida o genoma sequenciado do peixe-boi Trichechus manatus e o software TAREAN, identificamos e caracterizamos o TMAsat, o primeiro satDNA descrito no grupo e presente nas duas famílias de Sirenia. TMAsat possui cerca de 687 pb e localização centromérica em T. manatus e T. inunguis. Também detectamos o satDNA em D. dugon e H. gigas (espécie já extinta). Uma análise comparativa dos monômeros de TMAsat nessas quatro espécies não indicou sequências espécie-específicas, apesar dos ~43 Ma de divergência entre Trichechidae e Dugongidae, contrariando a previsão da Evolução Combinada. Detectamos o que parece ser a sequência ancestral do TMAsat em elefantes e hiraxes, sem o padrão típico de satDNA nesses genomas, indicando que a sequência do TMAsat se expandiu como um satDNA em Sirenia há menos de 69 Ma.Repetitive DNA sequences are present in most eukaryotic genomes. A fraction of the repetitive portion is composed of satellite DNA (satDNAs), long arrays of tandemly repeated sequences that even without encoding proteins display important biological roles in genome maintenance and regulation. In spite of this, they are still an underexplored fraction of most mammalian genome. In chapter 1, we characterized two satDNAs present in four neotropical primate species from the Saimiri genus. We identified the alfa and CapA satDNAs from the analysis of the S. boliviensis sequenced genome using the RepeatExplorer software. The alfa centromeric satDNA has ~340 bp and high interspecific sequence homogeneity. CapA, on the other hand, has monomers of around 1,500 bp and is mainly present in the subtelomeric regions of the submetacentric chromosomes and in some interstitial regions, but with variable location among Saimiri species. The CapA location, associated with other information, such as the fundamental autosomal number, may help in the classification of species present of the genus, whose number and phylogenetic relationships have always been a matter of debate. In chapter 2, using the manatee Trichechus manatus sequenced genome and the TAREAN software, we identified and characterized TMAsat, the first satDNA described in the group and present in the two Sirenia families. TMAsat is about 687 bp and has a centromeric location in T. manatus and T. inunguis. We also detected this satDNA in D. dugon and H. gigas (an extinct species). A comparative analysis of TMAsat monomers in these four species did not indicate species-specific sequences despite the ~43 Ma divergence between Trichechidae and Dugongidae, in disagreement with the prediction of Combined Evolution. We detected the ancestral TMAsatlike sequence in elephants and hiraxes, without the typical satDNA pattern in these genomes, indicating that the TMAsat sequence expanded as a satDNA in Sirenia less than 69 Ma.CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorporUniversidade Federal de Minas GeraisPrograma de Pós-Graduação em GenéticaUFMGBrasilICB - DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA GERALGenéticaSequência de repetição em TandemTrichechus InunguisSaimiriRepetições em tandemRepeatExplorerTAREANPrimatas NeotropicaisPeixe-boi AmazônicoPeixe-boi MarinhoIdentificação de novo e caracterização de DNAs satélites em macacos-de-cheiro (Saimiri, Cebidae, Platyrrhini) e peixes-boi (Trichechus, Trichechidae, Sirenia)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALTese Mirela final.pdfTese Mirela final.pdfapplication/pdf28127384https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/53654/5/Tese%20Mirela%20final.pdff11e7f87ed7e72174b688cd996ef0cf4MD55LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82118https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/53654/6/license.txtcda590c95a0b51b4d15f60c9642ca272MD561843/536542023-05-19 15:42:54.072oai:repositorio.ufmg.br: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ório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2023-05-19T18:42:54Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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