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Vasco Ariston de Carvalho AzevedoHenrique Cesar Pereira FigueiredoSiomar de Castro SoaresLucas Amorim Goncalves2019-08-12T09:12:23Z2019-08-12T09:12:23Z2015-03-26http://hdl.handle.net/1843/BUBD-9ZHHDEAs espécies de Francisella são caracterizadas por serem bactérias intracelulares facultativas que causam uma variedade de infecções em animais terrestres e aquáticos. Nesse gênero, Francisella noatunensis subsp. orientalis (FNO) apresenta uma grande importância por ser um patógeno emergente de peixes, associado a surtos em fazendas de cultura de tilápia-do-nilo. Apesar de a doença causada por FNO apresentar uma alta taxa de mortalidade durante os surtos e ter sido relatada em diversos países, as relações filogenômicas entre os isolados de diferentes países, a história evolucionária deste patógeno e diversos outros aspectos acerca da sua caracterização genômica ainda são pouco conhecidas. Neste contexto, análises de genômica comparativa foram realizadas afim de auxiliar no maior conhecimento dessa espécie de claro interesse epidemiológico. Para tanto, foram sequenciadas, montadas e curadas manualmente 18 linhagens de F. noatunensis subsp. orientalis isoladas de surtos em fazendas de cultivo de tilápia-do-nilo no Brasil. Em seguida, foram utilizados os softwares Gegenes, Mauve, BRIG, Gipsy e o módulo Genome Comparator do banco de dados BIGSdb para a realização de análises de filogenia, sintenia, plasticidade genômica e polimorfismo. Em todas essas análises foram incluídas outras subespécies de Francisella e linhagens de FNO disponíveis no NCBI. Além disso, foram feitas buscas por genes possivelmente envolvidos na resposta a estresses ambientais. Desse modo, foi observado que as linhagens de FNO são altamente clonais e que provavelmente a chegada da doença ao país se deu pela entrada de uma única linhagem. Foram também preditas oito ilhas genômicas, sendo seis consideradas ilhas de patogenicidade. Por fim, a busca por genes potencialmente envolvidos na resposta a estresses ambientais indicou uma série de genes candidatos a um estudo mais aprofundado para o desenvolvimento de drogas.The Francisella species are intracellular facultative bacteria that cause a variety of infections in terrestrial and aquatic animals. In this genus, F. noatunensis subsp. orientalis (FNO) has a remarked importance as an emergent fish pathogen associated with outbreaks in Nile tilapia farms. Although the disease caused by FNO presents a high mortality rate during outbreaks and has been reported in several countries, the phylogenomic relationships among isolates from different countries, the evolutionary history of this pathogen and other aspects still are poorly characterized. In this context, comparative genomic analyzes were performed in order to assist in better understanding this species of great epidemiologic interest. Thus, 18 strains of F. noatunensis subsp. orientalis isolated from outbreaks in Brazilian Nile tilapia farms were sequenced, assembled and manually curated. Then, the Gegenes, Mauve, BRIG and Gipsy softwares, and the Genome Comparator module of the BIGsdb database were used to perform phylogeny, synteny, genomic plasticity and polymorphisms analyzes. Other Francisella subspecies and FNO strains available in the NCBI were included in all of these analyzes. Additionally, searches were made for genes possibly involved in the response to environmental stresses. Therefore, it was observed that the FNO strains are highly clonal and that the arrival of the disease in Brazil is probably due to the entrance of a single strain. Eight genomic islands were also predicted, six being considered pathogenicity islands. Finally, the search for genes potentially involved in the response to environmental stresses indicated a number of candidate genes for a more detailed study for the development of drugs.Universidade Federal de Minas GeraisUFMGTilápia do NiloGenômicaBioinformáticaTilapia (Peixe) DoençasGenômica comparativaFrancisella noatunensis subsp orientalisTilapia-do-nilo e franciseloseGenômica comparativa de Francisella noatunensis subsp. orientalisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALprogposgradbioinformatica_lucasamorimgoncalves_dissertacaomestrado.pdfapplication/pdf5116050https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUBD-9ZHHDE/1/progposgradbioinformatica_lucasamorimgoncalves_dissertacaomestrado.pdff5d1a8245741085eeb010007a938f93aMD51TEXTprogposgradbioinformatica_lucasamorimgoncalves_dissertacaomestrado.pdf.txtprogposgradbioinformatica_lucasamorimgoncalves_dissertacaomestrado.pdf.txtExtracted texttext/plain169108https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUBD-9ZHHDE/2/progposgradbioinformatica_lucasamorimgoncalves_dissertacaomestrado.pdf.txtdfebb2f9e2d0b8a559fb42e31274aca2MD521843/BUBD-9ZHHDE2019-11-14 15:46:54.769oai:repositorio.ufmg.br:1843/BUBD-9ZHHDERepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2019-11-14T18:46:54Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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