Graph pattern mining: consolidating models, systems, and abstractions
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Data de Publicação: | 2023 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFMG |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/1843/51806 |
Resumo: | Mineração de padrões em grafos (MPG) se refere a uma classe de problemas envolvendo o processamento de subgrafos extraídos de um único grafo maior. Aplicações para algoritmos de MPG incluem consultas por subgrafos com certas propriedades de interesse, identificação de estruturas em redes biológicas, caracterização de redes sociais, entre outras. Desenvolver algoritmos de MPG é desafiador principalmente pela inerente presença de sub-rotinas não-triviais lidando com conceitos complexos em teoria de grafos, como identificação de isomorfismos. Neste contexto, sistemas de propósito geral para MPG surgem como uma alternativa para melhorar a experiência de usuários com esses algoritmos. Entretanto, sistemas de propósito geral para MPG falham em prover um modelo que seja de fácil entendimento e, ao mesmo tempo, qualificado para exprimir algoritmos alternativos para um mesmo problema usando diferentes paradigmas de enumeração de subgrafos, limitando a integração com fluxos de análise de dados atuais. Além disso, como sistemas de MPG são tão heterogêneos no que se refere aos paradigmas suportados e ambientes de execução, análises experimentais existentes são incapazes de diferenciar se as diferenças encontradas no desempenho dos sistemas são melhor explicadas pelos algoritmos utilizados ou pelos detalhes de implementação. Nesta tese, propomos um modelo para MPG baseado em primitivas, uma implementação distribuída escalável como prova de conceito para o modelo e uma avaliação experimental extensiva dos paradigmas mais usados por sistemas de MPG. Nós demonstramos empiricamente a efetividade de nossas soluções ao observar um desempenho competitivo em relação às propostas existentes sem sacrificar a expressividade dos algoritmos ou a capacidade de composição dos operadores. Nossos resultados mostram ainda que nenhum paradigma é melhor em todo cenário de aplicação e acreditamos que essa e outras de nossas descobertas podem guiar interessados em direção a sistemas de MPG mais otimizados no futuro. |
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Dorgival Olavo Guedes Netohttp://lattes.cnpq.br/3551809247862378Srinivasan ParthasarathyArlei Lopes da SilvaÍtalo Fernando Scotá CunhaVinícius Fernandes dos SantosWagner Meira Júniorhttp://lattes.cnpq.br/2203331147452803Vinícius Vitor dos Santos Dias2023-04-11T17:20:09Z2023-04-11T17:20:09Z2023-03-24http://hdl.handle.net/1843/51806Mineração de padrões em grafos (MPG) se refere a uma classe de problemas envolvendo o processamento de subgrafos extraídos de um único grafo maior. Aplicações para algoritmos de MPG incluem consultas por subgrafos com certas propriedades de interesse, identificação de estruturas em redes biológicas, caracterização de redes sociais, entre outras. Desenvolver algoritmos de MPG é desafiador principalmente pela inerente presença de sub-rotinas não-triviais lidando com conceitos complexos em teoria de grafos, como identificação de isomorfismos. Neste contexto, sistemas de propósito geral para MPG surgem como uma alternativa para melhorar a experiência de usuários com esses algoritmos. Entretanto, sistemas de propósito geral para MPG falham em prover um modelo que seja de fácil entendimento e, ao mesmo tempo, qualificado para exprimir algoritmos alternativos para um mesmo problema usando diferentes paradigmas de enumeração de subgrafos, limitando a integração com fluxos de análise de dados atuais. Além disso, como sistemas de MPG são tão heterogêneos no que se refere aos paradigmas suportados e ambientes de execução, análises experimentais existentes são incapazes de diferenciar se as diferenças encontradas no desempenho dos sistemas são melhor explicadas pelos algoritmos utilizados ou pelos detalhes de implementação. Nesta tese, propomos um modelo para MPG baseado em primitivas, uma implementação distribuída escalável como prova de conceito para o modelo e uma avaliação experimental extensiva dos paradigmas mais usados por sistemas de MPG. Nós demonstramos empiricamente a efetividade de nossas soluções ao observar um desempenho competitivo em relação às propostas existentes sem sacrificar a expressividade dos algoritmos ou a capacidade de composição dos operadores. Nossos resultados mostram ainda que nenhum paradigma é melhor em todo cenário de aplicação e acreditamos que essa e outras de nossas descobertas podem guiar interessados em direção a sistemas de MPG mais otimizados no futuro.Graph Pattern Mining (GPM) refers to a class of problems involving the processing of subgraphs extracted from larger graphs. Applications to GPM algorithms include querying subgraphs with given properties of interest, identifying motif structures in biological networks, characterizing social media, among others. GPM algorithms are challenging to develop due to inherently subroutines that include non-trivial graph theory concepts and methods such as isomorphism. General-purpose GPM systems emerge as a solution to improve the user experience with such algorithms. However, general-purpose GPM systems fail in providing a consistent model that is simple to understand and qualified to express alternative algorithms for the same problem via different paradigms for subgraph enumeration, limiting the integration with modern data analytics pipelines. Furthermore, because GPM systems are so heterogeneous in terms of supported paradigms and computing architecture, existing experimental evaluations are unable to distinguish whether performance differences are best explained by algorithmic strategies or implementation details. In this work we propose a primitive-based model for GPM, a proof of concept distributed implementation of that model, and an extensive experimentation analysis of popular algorithmic paradigms used in GPM systems. We demonstrate empirically the effectiveness of our model by showing competitive performance against state-of-the-art systems without sacrificing the expressiveness of algorithms or the composability of operators. Our experimental results also show that no single paradigm is best for every application scenario, and we believe that our findings may guide practitioner towards more optimized GPM systems in the future.CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoCAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorengUniversidade Federal de Minas GeraisPrograma de Pós-Graduação em Ciência da ComputaçãoUFMGBrasilICX - DEPARTAMENTO DE CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃOComputação – TesesMineração de padrões em grafos – TesesSistemas distribuídos – TesesMineração de padrões em grafosSistemas distribuídosGraph pattern mining: consolidating models, systems, and abstractionsinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALtese-vinicius-dias-2023.pdftese-vinicius-dias-2023.pdftese com a correção de não incluir número de páginas antes da introd.application/pdf4193692https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/51806/3/tese-vinicius-dias-2023.pdf1575c7f6a8deb8bfe23c9b60762f6d0aMD53LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82118https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/51806/4/license.txtcda590c95a0b51b4d15f60c9642ca272MD541843/518062023-04-11 14:20:10.218oai:repositorio.ufmg.br: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ório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2023-04-11T17:20:10Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false |
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