Epidemiologia genômica e determinantes da resistência antimicrobiana de isolados de Salmonella Typhimurium em Peru

• Autor(a) principal: Raquel Enma Hurtado Castillo
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/59624
• topic: , Salmonella Typhimurium, Sequenciamento genômico, Doenças transmitidas por alimentos, Vigilância na saúde pública; , Salmonella Typhimurium, Sequenciamento genômico, Doenças transmitidas por alimentos, Vigilância na saúde pública; Bioinformática; Resistência Microbiana a Medicamentos; Salmonella typhimurium; Doenças Transmitidas por Alimentos; Vigilância em Saúde Pública

A Salmonella Typhimurium está entre os principais sorovares causantes de doenças transmitidas por alimentos no Peru e no mundo. O alto registro epidemiológico de casos de gastroenterite, diarreia e surtos transmitidos por alimentos são influenciados pelas graves problemáticas no país como a falta de acesso à água potável, saneamento e deficiências no setor de alimentos. Em relação aos hospedeiros animais, porquinhos da índia são um importante recurso nutricional e econômico para a região andina, porém são reservatórios do patógeno, e sua produção se vê afetada pelos altos índices de mortalidade por Salmonelose e uso não controlado do antibióticos. Em 2017, a Organização Mundial da Saúde adicionou Salmonella na lista de bactérias prioritários resistentes a antibióticos. Além disso, no Peru tem sido relatado um alto perfil de resistência antimicrobiana nos sorovares mais prevalentes, mas se desconhece as populações que estão circulando, e os mecanismos genéticos que estão associados à resistência antimicrobiana. Assim, este trabalho de Tese teve como objetivo contribuir com o sistema de vigilância genômica e fenotípica de S. Typhimurium no Peru provenientes na maioria de casos clínicos de diferentes cidades de Peru entre os anos 2000 e 2017. Em colaboração com Instituto Nacional de Saúde foi sequenciado 90 linhagens com a tecnologia Illumina e realizou-se em paralelo o teste de susceptibilidade antimicrobiana em disco de difusão para 10 antibióticos. A diversidade genética das linhagens peruanas foi obtida a partir da comparação nucleotídica, genes acessórios, filogenia e populacional com 46 globais genomas de S. Typhimurium. As análises de resistência antimicrobiana (AMR) foram realizadas com a predição de genes e mutações AMR, correspondência genótipo-fenótipo e análise de GWAS para a predição de novos determinantes genéticos. Ao menos 10 populações de diverso conteúdo de genes acessório que circulam no Peru, com duas populações clonais emergentes e três populações que contém um mosaico de plasmídeos transmissíveis contendo genes de resistência antimicrobiana. Além disso, pelo teste em disco de difusão foi identificada uma moderada resistência multidrogas a antibióticos da primeira linha, tais como ácido nalidíxico, ampicilina, tetraciclina com correspondência genotípica, exceto para nitrofurantoína. A análise genômica como preditora da resistência antimicrobiana foi inconclusiva devido aos baixos valores de sensibilidade. Por outro lado, seis linhagens de porquinho-da-Índia foram sequenciadas com Illumina e outros 20 genomas são públicos procedentes de alimentos e criação de porquinhos-da-Índia de Equador e Peru. A análise da diversidade, filogenia e cgMLST permitiu identificar ao menos 3 sub-populações (HC50_9757, HC50_67422, HC100_9460) circulando no Peru e uma população (HC100_41507) de isolados provenientes de alimentos do Equador, diferenciados pelo conteúdo de Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e genes. Das populaçõẽs peruanas, identificamos, ainda, uma reduzida resistência associada a plasmídeos e sequências de inserção transmissíveis na população, e mutações em genes AMR associada a moderada resistência a ácido nalidíxico. Não foi possível identificar linhagens provenientes de porquinho-da-Índia de criação e alimentos pertencentes à mesma população ou compartilhando elementos de resistência transmissíveis. Conclui-se que existe uma resistência a antibióticos de primeira linha de reduzida a moderada e reduzida resistência a antibióticos atuais de tratamento. A resistência antimicrobiana é associada a plasmídeos, sequência de inserção, genes e populações circulando em humanos e criação de porquinhos da índia. Estes estudos permitem promover a vigilância de locais reservatórios dos críticos sorovares de Salmonella e resistência antimicrobiana