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Karina Braga Gomes Borgeshttp://lattes.cnpq.br/0798429800100457Fernanda Caroline SoardiNatalia Virtude CarobinTeresa Cristina de Abreu FerrariSilvia Helena Sousa Pietra Pedrosohttp://lattes.cnpq.br/0799288296744823Gabriel Pissolati Mattos Bretz2023-08-29T11:37:52Z2023-08-29T11:37:52Z2023-05-25http://hdl.handle.net/1843/58313Os vírus respiratórios são uma das principais causas de mortalidade mundialmente. O SARS-CoV-2 foi relacionado a 6,8 milhões de mortes até março de 2023 e estima-se que o vírus Influenza é responsável pela morte de cerca de 50 mil pessoas por ano. O diagnóstico etiológico neste caso é importante para identificação de surtos e intervenção na transmissão dos vírus, porém a inespecificidade dos sinais clínicos é um dificultador. O diagnóstico laboratorial, rápido e acessível às diversas complexidades do sistema de saúde, pode auxiliar no combate aos impactos que os vírus respiratórios causam. Com o objetivo de realizar a avaliação epidemiológica dos vírus SARS-CoV-2, Influenza A e Influenza B no ano de 2022 na comunidade atendida pelo programa MONITORACOVID da UFMG, reações de LAMP em amostras de swab nasofaringeo foram validadas e padronizadas, sendo realizadas simultaneamente em um mesmo equipamento com temperatura constante de 65°C, tempo de reação de 30 minutos e leitura visual. O estudo mostrou características analíticas comparáveis aos resultados conhecidos na RT-qPCR (padrão ouro) nas mesmas amostras. Para o SARS-CoV-2, foram testadas 50 amostras e obtido sensibilidade de 84,0%, especificidade de 100% e com índice Kappa de 0,84; já para o Influenza A foram testadas 52 amostras, resultando na sensibilidade de 85,2%, especificidade de 100%, e índice Kappa 0,85. A sensibilidade das reações de LAMP para o SARS-CoV-2 e Influenza A demonstraram ser menor em amostras com Ct > 31 na RT-qPCR. Para a reação de Influenza B foram testadas 26 amostras, sendo 25 sabidamente não detectável, uma detectável, e foi obtido 100% de concordância dos resultados. Para a avaliação epidemiológica, foram testadas 243 amostras de pacientes sintomáticos da comunidade da UFMG, equivalente a 10% do quantitativo mensal atendido pelo programa. A taxa anual de positividade para SARS-CoV-2 foi de 28,7%, para Influenza A: 1,6%, Influenza B: 0,0%. Foram encontrados resultados indeterminados para SARS-CoV-2 e Influenza A (0,8% cada), 1,2 % de resultados inválidos e 66,9% das amostras testaram negativas para os três vírus. O ensaio padronizado foi capaz de avaliar a epidemiologia dos vírus respiratórios na população estudada com resultados comparáveis aos encontrados na literatura.Respiratory viruses are a major cause of mortality worldwide. SARS-CoV-2 has been linked to 6,8 million deaths as of March 2023, and it is estimated that the Influenza virus is responsible for up to 50,000 deaths per year. The etiological diagnosis in this case is important to identify outbreaks and intervening in the transmission of viruses, but the nonspecificity of clinical signs is a complicating factor. A laboratorial diagnosis, fast and accessible to the various complexities of the health system, can help to combat the impacts of respiratory viruses. With the objective of carrying out an epidemiological evaluation of the SARS-CoV-2, Influenza A and Influenza B viruses in 2022 in the community served by the MONITORACOVID UFMG program, LAMP reactions in nasopharyngeal swab samples were validated and standardized, being performed simultaneously in the same equipment with constant temperature of 65°C, reaction time of 30 minutes and visual reading. The study showed analytical characteristics comparable to known results in RT-qPCR (gold standard) in the same samples. For SARS-CoV-2, 50 samples were tested and obtained a sensitivity of 84.0%, specificity of 100% and a Kappa index of 0.84; for Influenza A, 52 samples were tested, resulting in sensitivity of 85.2%, specificity of 100%, and Kappa index 0.85. The sensitivity of LAMP reactions for SARS-CoV-2 and Influenza A has been shown to be lower in samples with Ct > 31 in RT-qPCR. For the Influenza B reaction, 26 samples were tested, 25 of which were known to be undetectable, one detectable, and 100% concordance of the results was obtained. For the epidemiological evaluation, 243 samples of symptomatic patients from the UFMG community were tested, equivalent to 10% of the monthly number assisted by the program. The annual positivity rate for SARS-CoV-2 was 28.7%, for Influenza A: 1.6%, Influenza B: 0.0%. There were found Indeterminate results for SARS-CoV-2 and Influenza A (0.8% each), 1.2% of invalid results and 66.9% of the samples tested negative for the three viruses. The standardized assay was able to assess the epidemiology of respiratory viruses in the studied population with results comparable to those found in the literature.porUniversidade Federal de Minas GeraisPrograma de Pós-Graduação em Ciências Aplicadas à Saúde do AdultoUFMGBrasilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nd/3.0/pt/info:eu-repo/semantics/openAccessTécnicas de Amplificação de Ácido NucleicoSARS-CoV-2Vírus da Influenza AInfluenza HumanaDissertação AcadêmicaTécnicas de amplificação de ácido nucleicoSARS-CoV-2Vírus da Influenza AInfluenza HumanaLAMPINFLUENZA BValidação da técnica de LAMP para diagnóstico de Influenza e SARS-CoV-2 e avaliação epidemiológica em um campus universitárioLamp technique validation for influenza and Sars-Cov-2 diagnosis and epidemiological evaluation in a university campusinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGCC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8805https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/58313/2/license_rdf00e5e6a57d5512d202d12cb48704dfd6MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82118https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/58313/3/license.txtcda590c95a0b51b4d15f60c9642ca272MD53ORIGINALAVALIAÇÃO EPIDEMIOLÓGICA DE VÍRUS RELACIONADOS A INFECÇÕES RESPIRATÓRIAS AGUDAS EM UM CAMPUS UNIVERSITÁRIO POR MEIO DA TÉCNICA DE LAMP.pdfAVALIAÇÃO EPIDEMIOLÓGICA DE VÍRUS RELACIONADOS A INFECÇÕES RESPIRATÓRIAS AGUDAS EM UM CAMPUS UNIVERSITÁRIO POR MEIO DA TÉCNICA DE LAMP.pdfapplication/pdf3949974https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/58313/1/AVALIA%c3%87%c3%83O%20EPIDEMIOL%c3%93GICA%20DE%20V%c3%8dRUS%20RELACIONADOS%20A%20INFEC%c3%87%c3%95ES%20RESPIRAT%c3%93RIAS%20AGUDAS%20EM%20UM%20CAMPUS%20UNIVERSIT%c3%81RIO%20POR%20MEIO%20DA%20T%c3%89CNICA%20DE%20LAMP.pdfde00f3a61238db7223900750ef9f1871MD511843/583132023-08-29 08:37:52.406oai:repositorio.ufmg.br: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ório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2023-08-29T11:37:52Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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