HydroPaCe: uma metodologia para análise de inibição cruzada em serino proteases através de centroides de regiões hidrofóbicas

• Autor(a) principal: Valdete Maria Goncalves de Almeida
• Data de Publicação: 2011
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUOS-8S4Q9N
• topic: Bioinformática; Banco de dados; Bioinformática; Proteínas; Enzimas proteoliticas

Interfaces de interações proteína-proteína contêm informações importantes sobre o reconhecimento molecular. Este trabalho versa sobre a descoberta de padrões conservados nesta região. Nós entendemos que é essencial compreender como substratos e inibidores são ligados ou para predizer a ligação molecular. Quando um inibidor liga-se a enzimas com estruturas, sequências ou mecanismos diferentes, nós chamamos esta falta de especificidade de Inibição Cruzada. A identicação de variantes é um tarefa difícil no qual os métodos tradicionais podem falhar. Para entender como a inibição cruzada ocorre, nós modelamos o problema e propomos uma metodologia, na qual chamamos de HydroPaCe (Hydrofobic Patch Centroid ) e avaliamos, por meio de métrica de cobertura penalizada PRM (Penalized Recall Metric), para detectar padrões conservados. Os átomos hidrof óbicos que compõem a interface foram modelados como grafos de interações apolares e os patches ou regiões conectadas foram computadas e sumarizadas em centroides geométricos (HP-centroides), e sua conservação foi detectada. Nós analisamos dois casos de inibição cruzada, sendo um com o inibidor Ovomovoide (5 complexos não redundantes) e outro com o inibidor Eglina C (4 complexos não redundantes). Além disso, duas famílias de serino proteases, as Tipo Tripsina (35 estruturas não redundantes) e Tipo Subtilisina (9 estruturas não redundantes), com cadeias simples foram analisadas, usando técnica de projeção da interface. Os padrões encontrados nas interfaces das inibições cruzadas foram encontrados na maioria das enzimas destas famílias. Acreditamos que nossa metodologia atingiu um nível de abstração para obter propriedades invariantes em inibição cruzada. Nós mostramos exemplos onde os HP-centroides foram preditos com sucesso em enzimas por inibidores já estudados, de acordo com a base de dados BRENDA. Por fim, nós disponibilizamos todos os códigos, usados nos passos metodológicos, bem como, tutoriais e exemplos em www.dcc.ufmg.br/raquelcm/hydropace.