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Guilherme Correa de OliveiraLucas BleicherHenrique Cesar Pereira FigueiredoJuliana Assis Geraldo2019-08-10T01:58:05Z2019-08-10T01:58:05Z2015-03-10http://hdl.handle.net/1843/BUOS-ARRFWRCom o objetivo de melhorarmos o entendimento molecular do genoma mitocondrial (mtDNA) das atuais raças bovinas, nesse trabalho foram montados e anotados quatro mtDNA de duas raças zebuínas de grande importância na produção de leite no Brasil: Guzerá e Gir. Por meio das análises comparativas com outros genomas bovinos foi possível identificar em dois dos genomas montados o mtDNA de origem taurina e dois de origem zebuína. Alterações das funções celulares provenientes das variações entre os mitogenomas não foram encontradas. Com a reconstrução filogenética foi possível classificar os animais Gir 1 e Guzerá 3 no haplogrupo I2, tendo o subcontinente indiano como provável ponto de origem de domesticação desses animais. O indivíduo Gir 2 foi classificado no haplogrupo T3 tendo sua origem de domesticação no Oriente Próximo e o indivíduo Guzerá 4 foi classificado no haplogrupo T1c Africa-derived-American. Os valores de apoio estatístico das árvores geradas com a sequência mitocondrial completa se mostraram mais robustos em relação às demais árvores geradas (região hipervariável D-loop e todos os genes codificadores de proteínas concatenados). Esse fato nos indicou a necessidade da utilização de uma sequência mitocondrial ampla, cobrindo regiões codificadoras e não codificadoras, de modo a obter valores de apoio estatísticos maiores, a fim de garantir a confiabilidade das conclusões sobre a história evolutiva das raças que tais análises nos proporcionam. As sequências mitocondriais completas serão depositadas em bancos de dados públicos para contribuir com trabalhos futuros de genética bovina. Além disso, no presente estudo foi realizado um projeto piloto de montagem de novo do genoma nuclear de seis animais zebuínos das raças Gir e Guzerá. Nesta estratégia foram utilizados dados de Sequenciamento de nova geração de quatro diferentes plataformas (SOLiD, Miseq, PacBio e Hiseq). Mesmo não tendo concluido um draft do genoma, conseguimos trazer boas contribuições para trabalhar com grandes genomas bovinos. Através dos resultados foi possível concluir que as reads trimadas com alto valor de qualidade aumentam a confiabilidade dos dados e ajuda na redução da fragmentação da montagem. A utilização de diferentes plataformas nos permitiu concluir que as reads oriundas do Hiseq são as mais indicadas para trabalhar com genomas complexos como o de bovinos. Desta forma, o presente trabalho, fornece um modelo de delineamento experimental e idealização dos dados que poderão ser utilizadas em projetos futuros, além de apontarem a direção para se concluir a montagem de novo do genoma das raças Gir e Guzerá.This study aimed at assembling the mitochondrial genome (mtDNA) of two Asian cattle breeds (Bos indicus), Guzerá and Gir. Both of these breeds are the main milk production in Brazil. We assembled the mtDNA of both breeds to improve the understanding of the mtDNA molecular diversity within the Bos genus. Comparative analysis with other cattle genomes was performed and we found two of the genomes assembled, carry the mtDNA of taurine origin and two the zebu origin. Changes in cellular functions from the variations between mtDNAs were not found. Through phylogenetic reconstruction was possible to classify the animals Gir 1 and 3 in Guzerá haplogroup I2, and the Indian subcontinent as probable point of origin of domestication of animals. The Gir 2 individual was classified as haplogroup T3 having its domestication originated in the Near East and the individual Guzerá 4 was classified as haplogroup T1c "Africa-derived-American." The statistical support values of the trees generated with the complete mitochondrial sequence were more robust compared to other trees generated (hypervariable region D-loop and all the genes encoding proteins concatenated). The complete mitochondrial sequences will be deposited in public databases to contribute to future work of bovine genetics. Furthermore, in this study we also work with the pilot project for assembly a nuclear genome from six animals (three Gir and three Guzerá). For this strategy was used a Next Generation Sequencing of four different platforms (SOLiD, Miseq, PacBio and Hiseq). The HiSeq platform was the most suitable for working with complex genomes such as cattle. This study provides a model of experimental design and idealization of data that could be used in future projects, and also point out the direction to complete the new genome assembly to Gir and Guzerá breeds.Universidade Federal de Minas GeraisUFMGBioinformáticaBioinformáticaMontagem, anotação e análises comparativas dos genomas mitocondriais de animais representantes das raças bovinas: Gir e Guzerá e o desafio da montagem de novo do genoma nuclear dessas duas raças usando sequenciamento de nova geraçãoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALvfp_dissertac_a_omestrado_bioinforma_tica_julianaassis_oficial.pdfapplication/pdf7445032https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUOS-ARRFWR/1/vfp_dissertac_a_omestrado_bioinforma_tica_julianaassis_oficial.pdfbe54a199f46f649d8a4ef149203038f8MD51TEXTvfp_dissertac_a_omestrado_bioinforma_tica_julianaassis_oficial.pdf.txtvfp_dissertac_a_omestrado_bioinforma_tica_julianaassis_oficial.pdf.txtExtracted texttext/plain204008https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BUOS-ARRFWR/2/vfp_dissertac_a_omestrado_bioinforma_tica_julianaassis_oficial.pdf.txt6c0593f8be627f136f5b64eb8df4d9b4MD521843/BUOS-ARRFWR2019-11-14 05:36:26.534oai:repositorio.ufmg.br:1843/BUOS-ARRFWRRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2019-11-14T08:36:26Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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