Vigilância genômica do vírus SARS-CoV-2 durante a terceira onda epidêmica em Minas Gerais

• Autor(a) principal: Rillery Calixto Dias, Renato Santana de Aguiar, Renan Pedra de Souza
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/57926
• topic: Genética; Covid-19; Betacoronavírus; Genética; Covid-19; Betacoronavirus

A doença do coronavírus (COVID-19), surgiu em 08 de dezembro de 2019 na cidade de Wuhan, na República Popular da China, e foi relatada pela primeira vez à Organização Mundial da Saúde (OMS) em 30 de dezembro do mesmo ano. A COVID-19, causada pelo novo vírus SARS-CoV-2, é uma doença infecciosa respiratória aguda que é transmitida, principalmente pelo trato respiratório. Desde o seu surgimento, o vírus demonstrou uma capacidade considerável de transmissão e infecciosidade, tornando-se um problema de escala global em menos de três meses. Milhares de mutações e alterações que podiam fornecer ao vírus uma vantagem seletiva, contribuindo para aumentar ainda mais a transmissibilidade e a capacidade de evadir a resposta imune do hospedeiro, apareceram rapidamente. A partir disso, ficou clara a necessidade da adoção de medidas como os processos de vigilância genômica, para entender melhor os padrões de dispersão e evolução do vírus, principalmente em estados que foram severamente atingidos pela doença, como Minas Gerais (MG). No final de 2021, o aparecimento da variante Ômicron impulsionou uma terceira onda de infecções e mortes no Brasil, com o maior número de casos simultâneos desde o início da pandemia. Desta forma, esta dissertação teve como objetivo realizar a vigilância genômica do SARS-CoV-2 durante a terceira onda epidêmica em Minas Gerais. Para isso realizamos um estudo de base populacional, juntamente com um processo de vigilância genômica, em 15 Gerências Regionais de Saúde (GRS) do estado, com ajuda do Observatório de Vigilância Genômica de Minas Gerais (OViGenMG). Entre o período de 10 de outubro de 2021 e 2 de abril de 2022, recebemos 2561 amostras positivas para o vírus, provenientes das GRSs selecionadas. As amostras foram inicialmente genotipadas por RT-qPCR e posteriormente 162 foram selecionadas para serem sequenciadas na plataforma MiSeq (Illumina), com o objetivo de identificar e confirmar sublinhagens do vírus. Do total de amostras analisadas, 753 foram classificadas como VOC Delta, 1782 como VOC Ômicron e 26 não apresentaram nenhum resultado. A variante Ômicron foi identificada incialmente através de análises genotípicas na semana 50 de 2021 nas regionais de Belo Horizonte, Montes Claros e Varginha, quatro semanas após a Organização Mundial da Saúde (OMS) ter reportado a primeira identificação da variante no mundo. Nesta mesma semana, foi observada uma transição na prevalência das variantes nas GRSs em Minas Gerais. A variante Delta foi gradualmente substituída pela Ômicron, que atingiu a dominância ainda no final de dezembro de 2021. Durante a terceira onda epidêmica em MG, foi identificado através de análises filogenéticas o aparecimento da primeira sublinhagem na amostragem, denominada BA.2, cerca de 11 semanas após a identificação da BA.1. Os resultados deste estudo demonstraram a frequência das subvariantes da Ômicron nas GRSs de MG durante a terceira onda epidêmica e sugeriram as principais datas e locais de introdução da variante no estado. Além disso, destacou-se a relevância da vigilância genômica na detecção precoce de novas variantes.