Desenvolvimento e teste de um modelo QM/MD/PCM para descrever solvatação e reações em solução usando resposta linear.
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2010 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFMG |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/1843/BIRC-86ANS3 |
Resumo: | O desenvolvimento de metodologias para a descrição do efeito do solvente continua sendo uma área bastante importante na pesquisa em química teórica. Métodos que descrevem o solvente de forma explícita fornecem, em geral, bons resultados, no entanto, têm um custo computacional alto. Métodos contínuos, por outro lado, são computacionalmente mais rápidos, mas são altamente parametrizados e não descrevem as interações específicas entre o soluto e o solvente. Apesar dos bons resultados que os métodos contínuos fornecempara espécies neutras, a sua capacidade de tratar íons é limitada.Nessa dissertação, um novo modelo para o cálculo da energia livre de solvatação é aplicado. Nesse modelo, o solvente é particionado em duas regiões. A região mais próxima ao soluto é descrita por moléculas do solvente tratadas explicitamente e a interação solutosolventeé obtida através da aproximação da resposta linear. A região mais distante, por sua vez, é tratada por um contínuo dielétrico. A contribuição eletrostática da energia livre de solvatação para os íons amônio, hidróxido, hidrônio e cianeto em água foram estimadas a partir dos resultados de dinâmica molecular/DC-SCC-DFTB. Os valores foram estimados como média dos cálculos realizados ao longo das trajetórias. A energia livre de solvatação foi calculada usando diferentes números de moléculas de água tratadas explicitamente com o obtjetivo de analisar a convergência do método. A interação do soluto com o solvente tratado explicitamente foi estimada através de cálculos PBE/6-31+G**, enquanto que os efeitos de longa distância foram estimados usando o método PCM (Polarizable Continuum Model). Os resultados mostram que o método converge com aproximadamente 32 moléculas de águatratadas explicitamente. Para os íons amônio e hidrônio, a energia livre de solvatação converge para -73 e -90 kcal mol-1, respectivamente. Esse resultado está em bom acordo com os valores experimentais.Para os íons hidróxido e cianeto a energia livre de solvatação converge para -95 e -69 kcal mol-1, respectivamente. Os resultados dos ânions correspondem a cerca de 80% do resultado experimental, desempenho esse que pode ser atribuído a uma primeira aproximação realizadadentro do formalismo da resposta linear. O modelo mostrou-se convergente e tem como principal vantagem levar em conta a dinâmica do solvente bem como não depender dos parâmetros dos íons nos cálculos usando modelos contínuos. Aplicou-se também o modelo no estudo da hidroxilamina em solução aquosa e os resultados indicam que a espécie neutra é mais estável em solução por aproximadamente 5 kcal mol-1 do que a espécie zwitteriônica. |
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Helio Anderson DuarteJosefredo Rodriguez Pliego JuniorGuilherme Ferreira de Lima2019-08-13T06:49:24Z2019-08-13T06:49:24Z2010-02-25http://hdl.handle.net/1843/BIRC-86ANS3O desenvolvimento de metodologias para a descrição do efeito do solvente continua sendo uma área bastante importante na pesquisa em química teórica. Métodos que descrevem o solvente de forma explícita fornecem, em geral, bons resultados, no entanto, têm um custo computacional alto. Métodos contínuos, por outro lado, são computacionalmente mais rápidos, mas são altamente parametrizados e não descrevem as interações específicas entre o soluto e o solvente. Apesar dos bons resultados que os métodos contínuos fornecempara espécies neutras, a sua capacidade de tratar íons é limitada.Nessa dissertação, um novo modelo para o cálculo da energia livre de solvatação é aplicado. Nesse modelo, o solvente é particionado em duas regiões. 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Aplicou-se também o modelo no estudo da hidroxilamina em solução aquosa e os resultados indicam que a espécie neutra é mais estável em solução por aproximadamente 5 kcal mol-1 do que a espécie zwitteriônica.The methodology development for describing the solvent effect remains as an important area in theoretical chemistry research. Explicit solvent models, in general, provide reasonable results; however, their computational effort is much larger. On the other side, continuum models are computationally faster than explicit models but they are highlyparameterized and they do not describe the solute-solvent specific interactions. Continuum models are efficient for neutral molecules, however, their ability for describing ionic species are limited.In this work, we applied a new method for estimating the solvation free energy. In this model the solvent is partitioned in two regions. In the shell closer to the solute, explicit solvent molecules were used and the solute-solvent interaction is obtained through the linear response approach. The second shell is described by a continuum model. The electrostatic contribution of the solvation free energy for ammonium, hydroxide, hydronium and cyanide were estimated using C-SCC-DFTB/molecular dynamics simulation results. The values havebeen estimated as average of the calculations performed on snapshots produced by the molecular dynamics. The solvation free energy was calculated using structures with different number of explicit water molecules in order to assess the convergence of the method. Theinteraction between the solute and the explicit solvent molecules was estimated at the PBE/6- 31+G** level of theory and the long range effects were estimated by PCM (polarizable continuum model). The results show that the method converges with approximately 32 water molecules explicitly treated. The solvation free energy for ammonium and hydronium ion converged to -73 and -90 kcal mol-1, respectively. These results are in good agreement with the experimental values. For hydroxide and cyanide, the solvation free energy converged to -95 and -69 kcal mol-1 and these values correspond to 80% of the experimental value. We attributed this performance of the method to the first approximation in the linear response formalism. The main advantage of the method is to be convergent and to take into account the solvent dynamics. Furthermore it is not dependent of ions parameters in the calculations usingthe continuum models. We applied this model to describe the hydroxylamine in water and our results pointed out that neutral species is about 5 kcal mol-1 more stable than the respective zwitterionic species.Universidade Federal de Minas GeraisUFMGSolventesTermodinâmicaQuimica quânticaQuímicaQuimica inorganicaDinamica molecularRespostalinearSolvataçãoModelo contínuo polarizávelQuímica inorgânicaDesenvolvimento e teste de um modelo QM/MD/PCM para descrever solvatação e reações em solução usando resposta linear.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALdisserta__o_guilherme_delima.pdfapplication/pdf4659726https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BIRC-86ANS3/1/disserta__o_guilherme_delima.pdff09a4a20bc60a023c7d5b5fbf100ba4bMD51TEXTdisserta__o_guilherme_delima.pdf.txtdisserta__o_guilherme_delima.pdf.txtExtracted texttext/plain246455https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/BIRC-86ANS3/2/disserta__o_guilherme_delima.pdf.txt88b4dc25c2f944e132bbbb8028fe1e8bMD521843/BIRC-86ANS32019-11-14 21:49:22.305oai:repositorio.ufmg.br:1843/BIRC-86ANS3Repositório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2019-11-15T00:49:22Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false |
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