Análise do DNA mitocondrial como ferramenta para identificação de espécies do subgênero Leishmania Viannia (Lainson & Shaw, 1987)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Isabella Figueiredo de Andrade
Data de Publicação: 2014
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/54921
Resumo: A leishmaniose é uma doença vetorial crônica causada por protozoários flagelados do gênero Leishmania (Ross, 1903) que são divididos em dois subgêneros, o Viannia e o Leishmania. Ela pode se manifestar em duas formas principais: visceral e tegumentar (LT); sendo a última dividida em cutânea simples, cutânea disseminada, cutânea difusa e mucocutânea. O foco deste trabalho foi nas espécies causadoras de LT, do subgênero Viannia. No Brasil são mais de 25 mil casos de LT por ano e ela é considerada pela Organização Mundial de Saúde uma das seis principais doenças infecciosas. A Leishmania (Viannia) braziliensis é a principal espécie causadora da forma tegumentar no Brasil. Atualmente, os métodos para diagnóstico utilizados na prática clínica são baseados em resposta imunológica (teste de intradermorreação) e exame microscópico direto da amostra coletada no local de lesão, corada pelos corantes tipo Romanowsky. Tais métodos são eficazes para o diagnóstico da doença, porém não permitem a determinação da espécie presente. A determinação da espécie presente é importante para direcionar o melhor tratamento para a doença e seu prognóstico, visto que algumas espécies respondem melhor com determinadas drogas e diferentes quantidades da terapia. A identificação das espécies é possível através da eletroforese de isoenzimas, porém esta técnica depende da cultura dos parasitos da lesão para se obter quantidade suficiente de proteínas, está sujeita à contaminação por bactérias e leveduras, é de difícil interpretação e o resultado pode levar de 3 a 5 semanas para ser disponibilizado, inviabilizando seu uso na clínica. A busca por metodologias moleculares que envolvam a reação em cadeia da polimerase (PCR) é recente, mais ainda as que se baseiam no DNA mitocondrial (kDNA). O maior problema nesta metodologia é a escassez de sequências de kDNA no GenBank do NCBI, principalmente para as espécies do subgênero Viannia. Sendo assim, o objetivo do nosso trabalho foi o de pesquisar genes candidatos a identificação das espécies causadoras de leishmaniose tegumentar, com foco nas do subgênero Viannia e enriquecer o GenBank com novas sequências para estudos futuros. Para isso, utilizamos duas abordagens. A primeira teve como objetivo a amplificação dos genes ATPase subunidade 6 (ATP6), Citocromo Oxidase subunidade II (COII), Citocromo Oxidase subunidade III (COIII) e Citocromo b (Cyt b) de cepas referência de espécies do subgênero Viannia. A segunda teve como objetivo a amplificação completa da região codificadora do maxicírculo da Leishmania (V.) braziliensis cepa M2903 com a finalidade de fornecer mais sequências gênicas para estudos diversos. A primeira parte do nosso trabalho gerou 27 novas sequências e todas elas foram analisadas quanto a presença de sítios polimórficos, capazes de permitir a identificação das espécies do subgênero Viannia. O gene que se mostrou melhor candidato para desenvolvimento de uma metodologia que envolva iniciadores alelo específicos foi o gene Cyt b. Porém mais genes devem ser estudados e outras cepas incluídas na análise. A segunda parte do trabalho nos forneceu a sequência de 16 genes do maxicírculo do kDNA, possibilitando assim mais genes para serem estudados quanto a possibilidade de se tornarem alvos para diagnóstico molecular espécie-específico.
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Atualmente, os métodos para diagnóstico utilizados na prática clínica são baseados em resposta imunológica (teste de intradermorreação) e exame microscópico direto da amostra coletada no local de lesão, corada pelos corantes tipo Romanowsky. Tais métodos são eficazes para o diagnóstico da doença, porém não permitem a determinação da espécie presente. A determinação da espécie presente é importante para direcionar o melhor tratamento para a doença e seu prognóstico, visto que algumas espécies respondem melhor com determinadas drogas e diferentes quantidades da terapia. A identificação das espécies é possível através da eletroforese de isoenzimas, porém esta técnica depende da cultura dos parasitos da lesão para se obter quantidade suficiente de proteínas, está sujeita à contaminação por bactérias e leveduras, é de difícil interpretação e o resultado pode levar de 3 a 5 semanas para ser disponibilizado, inviabilizando seu uso na clínica. A busca por metodologias moleculares que envolvam a reação em cadeia da polimerase (PCR) é recente, mais ainda as que se baseiam no DNA mitocondrial (kDNA). O maior problema nesta metodologia é a escassez de sequências de kDNA no GenBank do NCBI, principalmente para as espécies do subgênero Viannia. Sendo assim, o objetivo do nosso trabalho foi o de pesquisar genes candidatos a identificação das espécies causadoras de leishmaniose tegumentar, com foco nas do subgênero Viannia e enriquecer o GenBank com novas sequências para estudos futuros. Para isso, utilizamos duas abordagens. A primeira teve como objetivo a amplificação dos genes ATPase subunidade 6 (ATP6), Citocromo Oxidase subunidade II (COII), Citocromo Oxidase subunidade III (COIII) e Citocromo b (Cyt b) de cepas referência de espécies do subgênero Viannia. A segunda teve como objetivo a amplificação completa da região codificadora do maxicírculo da Leishmania (V.) braziliensis cepa M2903 com a finalidade de fornecer mais sequências gênicas para estudos diversos. A primeira parte do nosso trabalho gerou 27 novas sequências e todas elas foram analisadas quanto a presença de sítios polimórficos, capazes de permitir a identificação das espécies do subgênero Viannia. O gene que se mostrou melhor candidato para desenvolvimento de uma metodologia que envolva iniciadores alelo específicos foi o gene Cyt b. Porém mais genes devem ser estudados e outras cepas incluídas na análise. A segunda parte do trabalho nos forneceu a sequência de 16 genes do maxicírculo do kDNA, possibilitando assim mais genes para serem estudados quanto a possibilidade de se tornarem alvos para diagnóstico molecular espécie-específico.Leishmaniasis is a vectorial chronic disease caused by flagellated protozoa of genus Leishmania (Ross, 1903) which are divided into two subgenera, Leishmania and Viannia. It can be manifested in two major forms: tegumentary and visceral, the latter being divided into cutaneous, disseminated, diffuse and mucocutaneous. The focus of this work was on species that cause cutaneous leishmaniasis of the subgenus Viannia. It is reported in Brazil more than 25.000 cases of tegumentary leishmaniasis each year and it is considered by the World Health Organization one of the six major infectious diseases. Leishmania (Viannia) braziliensis is the main species that causes tegumentary leishmaniasis in Brasil. Currently, the diagnosis methods used in clinical pratical guide are based on immune response (Montenegro intradermal test) and direct microscopic examination of the sample collected from lesion, fixed and Giemsa-stained. Such methods are effective for disease diagnostic but do not allow determining which species is present. The determination of this species is important to determine the prognostic and the best treatment for the disease, since some species respond better to certain drugs and to different amounts of therapy. The identification of species is possible by isoenzyme analysis method, but this technique depends on the culture of parasites isolated from lesion to obtain sufficient amounts of protein, is inclined to contamination by bacteria and yeast, is difficult to interpret and result can lead 3-5 weeks to be available, precluding its clinical use. The search for molecular methodologies involving polymerase chain reaction (PCR) is recent, even those based on mitochondrial DNA (kDNA). The problem for further study of this methodology is lack of kDNA sequences on NCBI GenBank, especially for species of subgenus Viannia. Thus, the aim of our study was to investigate candidate genes to identify species that cause tegumentary leishmaniasis, focusing on subgenus Viannia, and enrich GenBank with new sequences to future studies. We used two approaches. The first aimed to amplify genes: ATPase subunit 6 (ATP6), cytochrome oxidase subunit II (COII), cytochrome oxidase subunit III (COIII) and cytochrome b (Cyt b) of reference species of World Health Organization – WHO strains of subgenus Viannia. The second aimed to amplify the complete coding region of Leishmania (V.) braziliensis strain M2903 maxicircle in order to provide others gene sequences to study. The first part of our work has generated 27 new sequences and all of them were analyzed for presence of polymorphic sites able to identificate species of subgenus Viannia. Cyt b gene was the one that showed to be best candidate for development of a methodology involving allele-specific primers. But more genes must be studied and other strains included in analysis. The second part generated 16 gene sequences of maxicircle kDNA, allowing more genes to be studied about the possibility of becoming targets to species-specific molecular diagnosisCNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoFAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas GeraisCAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorporUniversidade Federal de Minas GeraisPrograma de Pós-Graduação em Bioquímica e ImunologiaUFMGBrasilICB - DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA E IMUNOLOGIAhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/pt/info:eu-repo/semantics/openAccessLeishmanioseLeishmania VianniaDNA mitocondrialBioquímicaLeishmanioseSubgênero Leishmania (Viannia)DNA mitocondrialSNPsAnálise do DNA mitocondrial como ferramenta para identificação de espécies do subgênero Leishmania Viannia (Lainson & Shaw, 1987)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Repositório Institucional da UFMGinstname:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)instacron:UFMGORIGINALDissertação Isabella Figueiredo de Andrade.pdfDissertação Isabella Figueiredo de Andrade.pdfapplication/pdf3583754https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/54921/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20Isabella%20Figueiredo%20de%20Andrade.pdf6d6a321fcf54be8829f41a38f20e8b3dMD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/54921/2/license_rdfcfd6801dba008cb6adbd9838b81582abMD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82118https://repositorio.ufmg.br/bitstream/1843/54921/3/license.txtcda590c95a0b51b4d15f60c9642ca272MD531843/549212023-06-14 14:02:54.052oai:repositorio.ufmg.br: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ório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.ufmg.br/oaiopendoar:2023-06-14T17:02:54Repositório Institucional da UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)false
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