A genômica como ferramenta para seleção de alvos contra a Linfadenite Caseosa

• Autor(a) principal: Anderson Rodrigues dos Santos
• Data de Publicação: 2012
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMG
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/1843/BUOS-95GKBR
• topic: Bioinformática; Corynebacterium pseudotuberculosis; Genômica; Linfadenite caseosa

Foram depositadas no sítio do NCBI os genomas das linhagens 1002, C231, I19, PAT10 e FRC41 da Corynebacterium pseudotuberculosis, entre os anos de 2009 e 2011. Utilizou-se a pangenômica aliada à predição de proteínas exportadas, primeira etapa da Vacinologia Reversa (VR), sobre esses cinco genomas de C. pseudotuberculosis, uma metodologia que ao buscar alvos vacinais parte de um conjunto genomas completos, de predições in silico, ao invés de antígenos isolados por abordagens tradicionais. Dentre estas linhagens, adotou-se como modelos as linhagens 1002 e C231 que infectam caprinos e ovinos, respectivamente. Apesar da C. pseudotuberculosis causar outras doenças em animais como, por exemplo, equinos e bovinos, a escolha das linhagens 1002 e C231 como modelo baseou-se na importância da enfermidade linfadenite caseosa (LC). A LC é uma doença contagiosa crônica associada com perdas econômicas consideráveis e distribuída mundialmente. A inexistência de vacinas eficientes e métodos de diagnóstico contra a LC impulsionaram a pesquisa sobre os mecanismos moleculares da patogênese dessa bactéria. Para realizar a predição in silico de proteínas exportadas nas cinco linhagens de C. pseudotuberculosis, foi utilizado um pipeline com programas de predição de motivos proteicos de exportação combinados, no qual o resultado de processamento de um programa serve como parâmetro para iniciar o processamento de outros programas. De um total aproximado de 17 mil proteínas, nos cinco genomas, essa análise resultou em 750 proteínas preditas como secretadas. Dentre estas, foram preditas 139 e 149 proteínas secretadas nos genomas de C. pseudotuberculosis linhagens 1002 e C231, respectivamente. Dentre essas predições, foram confirmadas 87 e 77 proteínas como sendo secretadas, por meio de trabalhos de proteômica, nas linhagens 1002 e C231, respectivamente. Dentre essas proteínas, 55 são comuns a ambas as linhagens. Ao considerarmos a grande similaridade entre os genomas de C. pseudotuberculosis, supõemse que os resultados experimentais das linhagens modelos são válidos para as demais linhagens da espécie. Análises in silico sobre o potencial imunogênico do proteoma predito, juntamente com o proteoma comprovado experimentalmente, evidenciaram quinze proteínas detentoras de uma concentração maior de epitopos preditos por extensão da porção madura dessas proteínas. Dentre essas quinze proteínas, quatro se destacaram em termos de seus potenciais imunogênicos analisados in silico e estão em fase de testes experimentais na busca de vacinas, drogas e diagnósticos contra LC.