Uma ferramenta para integração de dados de expressão diferencial e interação funcional de proteínas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Lima, Rodolpho Gheleri de Oliveira
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFMS
Texto Completo: https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/2969
Resumo: Este trabalho descreve o desenvolvimento de duas ferramentas computacionais: um pipeline para analise de expressao diferencial de genes e outra para a visualizaçao grafica de resultados de expressao diferencial, chamada DEPICTViz, que agrega ao resultado da analise de expressao diferencial informações de interaçao funcional de proteinas. O pipeline desenvolvido realiza o mapeamento de reads no genoma de referencia, a ordenação dos reads mapeados, a construção e uniao de transcritos e a analise de expressao diferencial. A ferramenta DEPICTViz foi desenvolvida para a visualização de experimentos de expressao diferencial de genes e interação de proteinas. DEPICTViz foi testada com sucesso em varios estudos de caso.
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DEPICTViz foi testada com sucesso em varios estudos de caso.ABSTRACT - This work describes the development of two computational tools: a pipeline for differential gene expression analysis and another one, called DEPICTViz, for graphically visualizing di erential gene expression analysis and protein interactions. The developed pipeline executes the read mapping into the reference genome, the sorting of the mapped reads, the building and the union of transcripts and nally the di erential gene expression analysis. DEPICTViz was developed to visualize di erential gene expression analysis and protein interactions. DEPICTViz has been successfully tested on several case studies.porGenômicaGenesProteínasBioinformáticaGenomicsProteinsBioinformaticsUma ferramenta para integração de dados de expressão diferencial e interação funcional de proteínasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisAlmeida Jr, Nalvo Franco deLima, Rodolpho Gheleri de Oliveirainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMSinstname:Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)instacron:UFMSTHUMBNAILRodolpho Gheleri de Oliveira Lima.pdf.jpgRodolpho Gheleri de Oliveira Lima.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1414https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2969/4/Rodolpho%20Gheleri%20de%20Oliveira%20Lima.pdf.jpgae16fafba6c9862e67a7617ea9e31b00MD54ORIGINALRodolpho Gheleri de Oliveira Lima.pdfRodolpho Gheleri de Oliveira Lima.pdfapplication/pdf5523916https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2969/1/Rodolpho%20Gheleri%20de%20Oliveira%20Lima.pdf9a11375977793652e28c93fc56c381c3MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2969/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTRodolpho Gheleri de Oliveira Lima.pdf.txtRodolpho Gheleri de Oliveira Lima.pdf.txtExtracted texttext/plain0https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2969/3/Rodolpho%20Gheleri%20de%20Oliveira%20Lima.pdf.txtd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD53123456789/29692021-09-30 15:57:05.896oai:repositorio.ufms.br:123456789/2969Tk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufms.br/oai/requestri.prograd@ufms.bropendoar:21242021-09-30T19:57:05Repositório Institucional da UFMS - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)false
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