Algoritmos genéticos e o problema de montagem de reads

• Autor(a) principal: Fraga, Joelmo Silva
• Data de Publicação: 2014
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFMS
• Texto Completo: https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/2164
• topic: Algorítmos Genéticos; Bioinformática

O problema de montagem de reads e um problema da Bioinform atica considerado de grande complexidade devido a sua caracter stica combinat oria e ao fato de ser um problema dependente das tecnologias de sequenciamento. Reads s~ao fragmentos de DNA e o processo de montagem consiste, idealmente, na obten c~ao de uma unica sequ^encia de DNA a partir deste conjunto de fragmentos. S~ao encontradas na literatura diferentes abordagens para a realiza c~ao da montagem. Dentre elas destacam-se aquelas baseadas em grafos de sobreposi c~ao e de Bruijn e as estrat egias gulosas. Heur sticas est~ao sendo exploradas, tais como Simulated annealing (arrefecimento simulado), Scartter search (busca tabu) e Algoritmo Gen etico (GA). Este trabalho apresenta um modelo e uma implementa c~ao para o problema de montagem de reads atrav es de um algoritmo gen etico. Os resultados mostram que este modelo e capaz de realizar a montagem e demonstram como o modelo se comporta mediantes os par^ametros estabelecido para sua execu c~ao.