Simulação computacional do modelo HP generalizado para proteínas
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2016 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFMT |
Texto Completo: | http://ri.ufmt.br/handle/1/2502 |
Resumo: | We consider a generalized hydrophobic-polar model for proteins on square and cubic lat- tices. Besides the attraction between nonbonded hydrophobic monomers, the present model also takes into account an interaction between hydrophobic and polar units. By using the pruned-enriched Rosenbluth method (PERM), we investigate a specific poly- mer sequence composed of 42 monomers that has been proposed to simulate the physical properties of the parallel β-helix of pectate lyase C. For each temperature, the total number of generated chains varies from 106 to 107 . Physical observables such as speci- fic heat, total energy, end-to-end distance, radius of gyration, and the average number of hydrophobic-hydrophobic and hydrophobic-polar contacts, are evaluated for different values of the parameter s, which corresponds to the ratio between the hydrophobic-polar and the hydrophobic-hydrophobic contact energies. Eventually, a pseudo-phase diagram in the space of temperature and the ratio of contact energy scales is constructed. |
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Simulação computacional do modelo HP generalizado para proteínasMonte CarloHPPERMTransições de faseCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::FISICAMonte CarloHPPERMPhase transitionsWe consider a generalized hydrophobic-polar model for proteins on square and cubic lat- tices. Besides the attraction between nonbonded hydrophobic monomers, the present model also takes into account an interaction between hydrophobic and polar units. By using the pruned-enriched Rosenbluth method (PERM), we investigate a specific poly- mer sequence composed of 42 monomers that has been proposed to simulate the physical properties of the parallel β-helix of pectate lyase C. For each temperature, the total number of generated chains varies from 106 to 107 . Physical observables such as speci- fic heat, total energy, end-to-end distance, radius of gyration, and the average number of hydrophobic-hydrophobic and hydrophobic-polar contacts, are evaluated for different values of the parameter s, which corresponds to the ratio between the hydrophobic-polar and the hydrophobic-hydrophobic contact energies. Eventually, a pseudo-phase diagram in the space of temperature and the ratio of contact energy scales is constructed.CAPESFAPEMATConsideramos o modelo hidrofóbico-polar generalizado para proteínas nas redes quadrada e cúbica. Além da atração entre monômeros hidrofóbicos não ligados, o atual modelo também leva em conta uma interação entre unidades hidrofóbicas e polares. Utilizando o algoritmo PERM (pruned-enriched Rosenbluth method), investigamos uma sequência par- ticular composta por 42 monômeros e que tem sido proposta para simular as propriedades físicas da β-hélice paralela de pectato liase C. Para cada temperatura, o número total de cadeias geradas varia de 106 `a 107 . Observáveis físicos como o calor específico, a energia total, a distância de ponta a ponta, o raio de giração, e o número médio de interações do tipo hidrofóbico-hidrofóbico e hidrofóbico-polar, são avaliados para diferentes valores do parâmetros, que corresponde `a razão entre a energia de ligação entre um monômero hidrofóbico e um polar e a energia de ligação entre dois monômeros hidrofóbicos. Um pseudo diagrama de fases no espaço da temperatura T e do parâmentros ́e construído.Universidade Federal de Mato GrossoBrasilInstituto de Física (IF)UFMT CUC - CuiabáPrograma de Pós-Graduação em FísicaMartins, Paulo Henrique LanaBachmann, Michaelhttp://lattes.cnpq.br/9915921294113381http://lattes.cnpq.br/1243467308487580Martins, Paulo Henrique Lana023.716.926-62http://lattes.cnpq.br/1243467308487580Cornelio, Marcio Fernando805.450.680-53http://lattes.cnpq.br/7322083940504058023.716.926-62.Cambuí, Dorilson Silva454.259.901-97http://lattes.cnpq.br/6425441843537648Santos, Fabrício de Sá Hora2021-05-13T19:07:06Z2016-06-202021-05-13T19:07:06Z2016-03-31info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisSANTOS, Fabrício de Sá Hora. Simulação computacional do modelo HP generalizado para proteínas. 2016. 48 f. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal de Mato Grosso, Instituto de Física, Cuiabá, 2016.http://ri.ufmt.br/handle/1/2502porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMTinstname:Universidade Federal de Mato Grosso (UFMT)instacron:UFMT2021-05-15T07:01:11Zoai:localhost:1/2502Repositório InstitucionalPUBhttp://ri.ufmt.br/oai/requestjordanbiblio@gmail.comopendoar:2021-05-15T07:01:11Repositório Institucional da UFMT - Universidade Federal de Mato Grosso (UFMT)false |
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