Caracterização do padrão de expressão e metilação do gene P21CDKN1A/CIP1 em tumores mamários caninos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: SOUSA, Raissa Melo de
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPA
Texto Completo: http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/10859
Resumo: A maioria dos tumores mamários caninos são malignos, fazendo com que o animal venha a óbito. Um dos fatores envolvidos nessa patogênese é a alteração no nível de expressão do gene P21, que codifica uma proteína que pode inibir a iniciação e a progressão tumoral. Um evento que pode afetar o nível celular da proteína p21 e o perfil de metilação desse gene, podendo ocasionar um silenciamento gênico ou uma superexpressão dele. Considerando a importância funcional desse gene, este estudo tem o objetivo de avaliar o perfil de metilação e expressão do gene P21 em tumores mamários de cadelas do estado do Pará, com o intuito de identificar marcadores moleculares de diagnóstico precoce, sobrevida e prognóstico. Para isso, 83 amos-tras de tecidos tumoral e não tumoral foram coletadas no Hospital Universitário Mário Dias Teixeira, em Belém. O DNA e RNA de cada amostra foram extraídos utilizando kits específi-cos. Para as análises de metilação, o DNA obtido foi submetido ao processo de modificação, com posterior técnica de Bisulfite Sequencing PCR, utilizando iniciadores específicos para re-gião e posterior visualização em gel de agarose 2%. Os resultados do sequenciamento foram analisados no software BiQ Analyzer a fim de avaliar o padrão de metilação. Para análise de expressão gênica, foi realizada a quantificação do mRNA do gene-alvo utilizando a técnica de PCR em tempo real, utilizando como controles constitutivos os genes GAPDH e HPRT1. Com análise estatística feita por meio dos testes Exato de Fisher, Odds Ratio e Mann-Whitney no programa GraphPad Prism, considerando os resultados significativos quando p ≤0.05, com in-tervalo de confiança 95%. Para avaliação do perfil de metilação, foi realizada a caracterização das ilhas CpGs do gene P21, sendo que a ilha 1 está localizada em um íntron e possui 34 sítios CGs, enquanto que a ilha 2 foi identificada no éxon 2, com 22 sítios CGs. Na ilha 1 não foi detectada metilação, enquanto que a ilha 2 estava metilada, contudo o perfil de metilação não foi diferente entre as amostras tumorais, não tumorais e controles, não sendo possível correla-cionar os valores de metilação com os dados clínicos e de expressão. Os níveis de expressão das amostras tumorais foram baixos quando comparados com as amostras não tumorais e con-trole, demostrando que o papel de p21 nesses tumores pode se apresentar alterado. No entanto, nenhuma correlação estatisticamente significativa foi observada entre a expressão e os dados clínicos e histopatológicos dos pacientes. Apesar disso, foi observada uma expressão reduzida em animais com sobrevida >1 ano de idade, e uma expressão elevada em animais com sobrevida < 1 ano de idade, sugerindo a influência de p21 como um marcador de prognóstico. Ainda são necessários estudos mais detalhados do gene P21 para verificar se essas alterações poderão ser utilizadas como marcadores moleculares, e assim colaborar no prognóstico e detecção do câncer na espécie.
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Considerando a importância funcional desse gene, este estudo tem o objetivo de avaliar o perfil de metilação e expressão do gene P21 em tumores mamários de cadelas do estado do Pará, com o intuito de identificar marcadores moleculares de diagnóstico precoce, sobrevida e prognóstico. Para isso, 83 amos-tras de tecidos tumoral e não tumoral foram coletadas no Hospital Universitário Mário Dias Teixeira, em Belém. O DNA e RNA de cada amostra foram extraídos utilizando kits específi-cos. Para as análises de metilação, o DNA obtido foi submetido ao processo de modificação, com posterior técnica de Bisulfite Sequencing PCR, utilizando iniciadores específicos para re-gião e posterior visualização em gel de agarose 2%. Os resultados do sequenciamento foram analisados no software BiQ Analyzer a fim de avaliar o padrão de metilação. 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One of the factors involved in this pathogenesis is the change in the expression level of the gene P21, which in turn encodes a protein that can inhibit tumor initiation and tumor progression. The methylation profile of gene can affect the cellular level of p21 and lead gene silencing or overexpression. Whereas the functional importance of the P21 gene, this study aimed to evalu-ate the methylation profile and expression in mammary tumors of dogs, in order to identify molecular markers of early diagnosis, survival and prognosis. Therefore, 83 tumor and non-tumor tissue samples were collected from dogs, undergoing surgery at the Veterinary Hospital "Mário Dias Teixeira”, in Belém -Pará. the DNA and RNA from each sample were submitted to extraction using a commercial kit. For the methylation analyzes, the obtained DNA was sub-mitted to the modification process, with a subsequent technique of Bisulfite Sequencing PCR, using region-specific primers and subsequent visualization in 2% agarose gel. The sequencing results were analyzed in BiQ Analyzer software in order to evaluate the methylation pattern. For gene expression analysis, the target gene mRNA was quantified using the real-time PCR technique using the GAPDH and HPRT1 genes as constitutive controls. Statistical data was performed using the Fisher Exact, Odds Ratio and Mann-Whitney tests in the GraphPad Prism program, considering the significant results when p ≤0.05, with a 95% confidence inter-val. In order to evaluate the methylation profile, the CpG islands of the P21 gene were characterized. The island 1 is located in an intron with 34 CGs, while an island 2 was identified in the exon, with 22 CGs. Both amplified generating a fragment of ~ 300bp. At island 1 no methylation was detected, whereas island 2 was methylated, but the island methylation profile was not different between the tumor, non-tumor and control samples. With these results was impossible compare the methylation values with clinical and expression data, suggesting that these regions are not altered. The expression levels of the tumor samples were low when compared to the non-tumor samples and control, with p (0.0001), show that the role of p21 in these tumors may be altered but not statistically significant when correlated with clinical histopathological data of patients. However, a reduced expression in the survival of animals> 1 year of age was observed, and a high expression in animals with survival <1 year of age, suggesting the influence of p21 as a marker of prognosis. More detailed studies of the P21 gene are still needed to see if these changes could be used as molecular markers, and thus aid on the prognosis and detection of cancer in the species.CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoporUniversidade Federal do ParáPrograma de Pós-Graduação em Neurociências e Biologia CelularUFPABrasilInstituto de Ciências Biológicas1 CD-ROMreponame:Repositório Institucional da UFPAinstname:Universidade Federal do Pará (UFPA)instacron:UFPACNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULARExpressão gênica - CâncerCão - CâncerDoenças do cãoMetilaçãoMarcadores biológicos de tumorTumores em animaisCaracterização do padrão de expressão e metilação do gene P21CDKN1A/CIP1 em tumores mamários caninosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisBORGES, Barbara do Nascimentohttp://lattes.cnpq.br/0676220027193876http://lattes.cnpq.br/4478932426760006SOUSA, Raissa Melo deinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALDissertacao_CaracterizacaoPadraoExpressao.pdfDissertacao_CaracterizacaoPadraoExpressao.pdfapplication/pdf2592177http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/10859/1/Dissertacao_CaracterizacaoPadraoExpressao.pdfa2a5b25553863c0fa3fc7fad8bbb2418MD51CC-LICENSElicense_urllicense_urltext/plain; charset=utf-849http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/10859/2/license_url924993ce0b3ba389f79f32a1b2735415MD52license_textlicense_texttext/html; charset=utf-80http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/10859/3/license_textd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD53license_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-80http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/10859/4/license_rdfd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD54LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81899http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/10859/5/license.txt9d4d300cff78e8f375d89aab37134138MD55TEXTDissertacao_CaracterizacaoPadraoExpressao.pdf.txtDissertacao_CaracterizacaoPadraoExpressao.pdf.txtExtracted texttext/plain119407http://repositorio.ufpa.br/oai/bitstream/2011/10859/6/Dissertacao_CaracterizacaoPadraoExpressao.pdf.txt2d6b81ecd733153e63fca2404d26f75aMD562011/108592019-04-04 02:46:53.352oai:repositorio.ufpa.br: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ório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufpa.br/oai/requestriufpabc@ufpa.bropendoar:21232019-04-04T05:46:53Repositório Institucional da UFPA - Universidade Federal do Pará (UFPA)false
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