Triagem de novas variantes e estudo de expressão de genes transportadores de fosfato inorgânico em pacientes com calcificações cerebrais
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Data de Publicação: | 2018 |
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Resumo: | As Calcificações Cerebrais Familiais Primárias (CCFP) são uma condição neuropsiquiátrica rara caracterizada pela deposição mineral simétrica e bilateral nos núcleos da base e outras áreas do cérebro. Quatro genes com variações com padrão de herança autossômico dominante, foram identificados até o momento: SLC20A2, XPR1, PDGFβ e PDGFRβ. O presente trabalho teve como objetivos o sequenciamento dos genes supracitados, seguido do sequenciamento do exoma dos pacientes de uma família sem variação nesses alvos, e o estudo da expressão de genes transportadores de fosfato. Em 56 pacientes foram encontradas variantes classificadas como patogênicas ou provavelmente patogênicas (34 probandos) e com significado incerto (11 probandos). Os achados clínicos de 54 indivíduos foram analisados: 81,5% reportaram sintomas (parkinsonismo (54,5%), déficit cognitivo e distúrbios psiquiátricos (43,2%, cada)). Em dois pacientes brasileiros identificamos a variação frameshift p.(Pro397AlafsTer18) que causa um stop códon prematuro e foi predita como patogênica pela ferramenta in silico MutationTaster. Parkinsonismo, afasia e acidente vascular cerebral foram relatados. O sequenciamento do exoma de uma família brasileira sem variação nos genes conhecidos em associação às CCFP, revelou variantes raras e preditas deletérias por ferramentas in silico, em genes ligados ao metabolismo de cálcio. Análises posteriores excluíram esses candidatos e a busca por um novo gene causal das CCFP encontra-se em andamento. Nos pacientes com variações patogênicas no SLC20A2, o estudo de expressão revelou um decréscimo de 40% nos níveis de mRNA. Em contrapartida, não foram detectadas alterações nos indivíduos sem variação nesse gene ou nos outros três ligados à doença. Também não foi observada diferença significativa na expressão dos genes SLC20A1 e XPR1 entre os grupos estudados (pacientes com mutação e sem mutação, e grupo controle). Os achados sugerem que variações patogênicas no SLC20A2 modulam a sua expressão e que as calcificações per se, não são capazes de afetar os perfis de expressão dos genes SLC20A2, SLC20A1 e XPR1. Não encontramos evidências de um possível mecanismo de corregulação ou de compensação entre os genes transportadores de Pi à nível de mRNA. |
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PIMENTEL, Lylyan Fragosohttp://lattes.cnpq.br/2467920948320907http://lattes.cnpq.br/6651024132073862OLIVEIRA, João Ricardo Mendes de2019-11-20T19:15:39Z2019-11-20T19:15:39Z2018-07-30PIMENTEL, Lylyan Fragoso. Triagem de novas variantes e estudo de expressão de genes transportadores de fosfato inorgânico em pacientes com calcificações cerebrais. 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas) – Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2018.https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/35316ark:/64986/001300000xknjAs Calcificações Cerebrais Familiais Primárias (CCFP) são uma condição neuropsiquiátrica rara caracterizada pela deposição mineral simétrica e bilateral nos núcleos da base e outras áreas do cérebro. Quatro genes com variações com padrão de herança autossômico dominante, foram identificados até o momento: SLC20A2, XPR1, PDGFβ e PDGFRβ. O presente trabalho teve como objetivos o sequenciamento dos genes supracitados, seguido do sequenciamento do exoma dos pacientes de uma família sem variação nesses alvos, e o estudo da expressão de genes transportadores de fosfato. Em 56 pacientes foram encontradas variantes classificadas como patogênicas ou provavelmente patogênicas (34 probandos) e com significado incerto (11 probandos). Os achados clínicos de 54 indivíduos foram analisados: 81,5% reportaram sintomas (parkinsonismo (54,5%), déficit cognitivo e distúrbios psiquiátricos (43,2%, cada)). Em dois pacientes brasileiros identificamos a variação frameshift p.(Pro397AlafsTer18) que causa um stop códon prematuro e foi predita como patogênica pela ferramenta in silico MutationTaster. Parkinsonismo, afasia e acidente vascular cerebral foram relatados. O sequenciamento do exoma de uma família brasileira sem variação nos genes conhecidos em associação às CCFP, revelou variantes raras e preditas deletérias por ferramentas in silico, em genes ligados ao metabolismo de cálcio. Análises posteriores excluíram esses candidatos e a busca por um novo gene causal das CCFP encontra-se em andamento. Nos pacientes com variações patogênicas no SLC20A2, o estudo de expressão revelou um decréscimo de 40% nos níveis de mRNA. Em contrapartida, não foram detectadas alterações nos indivíduos sem variação nesse gene ou nos outros três ligados à doença. Também não foi observada diferença significativa na expressão dos genes SLC20A1 e XPR1 entre os grupos estudados (pacientes com mutação e sem mutação, e grupo controle). Os achados sugerem que variações patogênicas no SLC20A2 modulam a sua expressão e que as calcificações per se, não são capazes de afetar os perfis de expressão dos genes SLC20A2, SLC20A1 e XPR1. Não encontramos evidências de um possível mecanismo de corregulação ou de compensação entre os genes transportadores de Pi à nível de mRNA.CAPESFACEPEPrimary Familial Brain Calcifications (PFBC) are a rare neuropsychiatric condition characterized by a symmetric and bilateral deposition of minerals in the basal ganglia and other brain areas. It generally presents an autosomal-dominant inheritance and to date four causative genes have been identified: SLC20A2, XPR1, PDGFβ and PDGFRβ. The present study aimed to screen these genes followed by the exome sequencing of patients from a Brazilian family with no mutations and the phosphate transporters expression in these patients. 56 PFBC patients were carrying variants classified as: pathogenic or likely pathogenic (34 probands) and variant of uncertain significance (11 probands). Clinical summary was available in 54 variant-carrying patients: 81.5% were symptomatic (parkinsonism (54.5%), cognitive impairment and psychiatric disturbances (43.2% each)). Two Brazilian patients reported in the study carried a frameshift mutation p.(Pro397AlafsTer18) that causes a premature stop codon and was predicted as disease causing by in silico tool MutationTaster. Parkinsonism, aphasia and stroke were reported. Exome sequencing of the Brazilian family without mutation in the four causative genes, revealed rare variants that were predicted as deleterious and were found in genes related to calcium metabolism. These candidates were later excluded and the search for a new causative gene is in progress. In SLC20A2 mutation-carriers, expression analyses showed a 40% decrease in mRNA levels of this gene. On the other hand, no changes were detected in patients without mutation neither in SLC20A2 or in the other three genes linked to PFBC. Additionally, no significant changes were seen in SLC20A1 and XPR1 among the groups (patients with and without mutation, controls). Our findings suggest that pathogenic variations in SLC20A2 can modulate its expression levels and that, calcifications per se are not capable to affect expression profiles of SLC20A2, SLC20A1 and XPR1. We did not find evidences to support the existence of a possible corregulation or compensatory mechanism between the three phosphate transporters genes at mRNA level.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Ciencias BiologicasUFPEBrasilAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessCalcificações cerebraisSequenciamento genéticoExpressão gênicaTriagem de novas variantes e estudo de expressão de genes transportadores de fosfato inorgânico em pacientes com calcificações cerebraisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdoutoradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPECC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35316/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35316/3/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD53ORIGINALTESE Lylyan Fragoso Pimentel.pdfTESE Lylyan Fragoso Pimentel.pdfapplication/pdf9585565https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35316/1/TESE%20Lylyan%20Fragoso%20Pimentel.pdfe715a5bcbd4c3100eed03ef316ea2876MD51TEXTTESE Lylyan Fragoso Pimentel.pdf.txtTESE Lylyan Fragoso Pimentel.pdf.txtExtracted texttext/plain125008https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35316/4/TESE%20Lylyan%20Fragoso%20Pimentel.pdf.txtb1750fbe6586ce2fc76774ae6c31e37aMD54THUMBNAILTESE Lylyan Fragoso Pimentel.pdf.jpgTESE Lylyan Fragoso Pimentel.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1279https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35316/5/TESE%20Lylyan%20Fragoso%20Pimentel.pdf.jpg52b1a558cd0f7f80bb16db5e0e2b45c9MD55123456789/353162019-11-21 02:16:47.483oai:repositorio.ufpe.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212019-11-21T05:16:47Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false |
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