Análise IN SILICO DE EST-SSR em Phaseolus vulgaris E Glycine max E Trasferibilidade de Marcadores para Vigna unguiculata

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ferreira Neto, José Ribamar Costa
Data de Publicação: 2008
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPE
Texto Completo: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6258
Resumo: Bancos de dados de seqüências expressas representam uma fonte potencialmente valorosa para o desenvolvimento de marcadores moleculares. Neste trabalho, estudos foram realizados para o desenvolvimento de marcadores para aplicação no melhoramento de feijão-caupi, feijão-comum e soja. Foram analisadas 10.880 ESTs de feijão-comum e 116.965 ESTs de soja. Um total de 331 e 4553 SSRs foram identificados nas seqüências de feijão-comum e soja, respectivamente. Trinucleotídeos (45,62 %) foram as mais abundantes em feijãocomum, enquanto que os dinucletídeos (49,67 %), em soja. A densidade média variou de um SSR a cada 22 Kb (feijão-comum) a um SSR a cada 14,68 Kb (soja). Repetições diméricas AG/GA / TC/CT e triméricas AAG/AGA/GAA / TTC/TCT/CTT foram as mais abundantes em ambas espécies. Um total de 153 e 1928 pares de primers EST-SSRs foram propostos para feijão-comum e para soja, respectivamente. Desses, sinteizaram-se 20 para soja, dos quais apenas nove amplificaram (sendo quatro de tamanho esperado e, desses, dois polimórficos) e dois foram transferíveis. Para feijão-comum sintetizaram-se 22, dos quais 15 amplificaram, sendo que 11 apresentaram tamanho esperado e 10 desses foram polimórficos (PIC médio de 0,50); 11 dos funcionais foram transferidos para feijão-caupi, sendo oito de tamanho esperado e cinco desses, polimórficos (PIC médio de 0,36). Análises detalhadas dos amplicons seqüenciados determinaram que as extensões dos motivos de SSRs foram variáveis e que as regiões flanqueadoras dessas repetições foram geralmente bem conservadas, confirmando o sucesso da transferibilidade entre feijão-comum e feijão-caupi
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Trinucleotídeos (45,62 %) foram as mais abundantes em feijãocomum, enquanto que os dinucletídeos (49,67 %), em soja. A densidade média variou de um SSR a cada 22 Kb (feijão-comum) a um SSR a cada 14,68 Kb (soja). Repetições diméricas AG/GA / TC/CT e triméricas AAG/AGA/GAA / TTC/TCT/CTT foram as mais abundantes em ambas espécies. Um total de 153 e 1928 pares de primers EST-SSRs foram propostos para feijão-comum e para soja, respectivamente. Desses, sinteizaram-se 20 para soja, dos quais apenas nove amplificaram (sendo quatro de tamanho esperado e, desses, dois polimórficos) e dois foram transferíveis. Para feijão-comum sintetizaram-se 22, dos quais 15 amplificaram, sendo que 11 apresentaram tamanho esperado e 10 desses foram polimórficos (PIC médio de 0,50); 11 dos funcionais foram transferidos para feijão-caupi, sendo oito de tamanho esperado e cinco desses, polimórficos (PIC médio de 0,36). Análises detalhadas dos amplicons seqüenciados determinaram que as extensões dos motivos de SSRs foram variáveis e que as regiões flanqueadoras dessas repetições foram geralmente bem conservadas, confirmando o sucesso da transferibilidade entre feijão-comum e feijão-caupiporUniversidade Federal de PernambucoAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessMicrossatéliteMineração de dadosFabaceaeLeguminosafeijão-caupiAnálise IN SILICO DE EST-SSR em Phaseolus vulgaris E Glycine max E Trasferibilidade de Marcadores para Vigna unguiculatainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPETHUMBNAILarquivo3696_1.pdf.jpgarquivo3696_1.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1409https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/6258/4/arquivo3696_1.pdf.jpg82b5842b0f23cf692d2edc77c4db4bb7MD54ORIGINALarquivo3696_1.pdfapplication/pdf651388https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/6258/1/arquivo3696_1.pdf142f3b2132eee234fbd7d5a6590a0cccMD51LICENSElicense.txttext/plain1748https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/6258/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTarquivo3696_1.pdf.txtarquivo3696_1.pdf.txtExtracted texttext/plain229149https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/6258/3/arquivo3696_1.pdf.txt322920b831484bc0a163aaf069bcca61MD53123456789/62582019-10-25 06:11:00.732oai:repositorio.ufpe.br:123456789/6258Tk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212019-10-25T09:11Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false
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