Avaliação in sílico do proteoma predito de Leishmania sp. para seleção de alvos terapêuticos
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Data de Publicação: | 2020 |
Tipo de documento: | Tese |
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Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPE |
Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/48530 |
Resumo: | As leishmanioses são um grupo de doenças infecciosas negligenciadas, com aproximadamente 1,3 milhão de novos casos a cada ano, para os quais as terapias disponíveis apresentam sérias limitações. Portanto, é de extrema importância a aplicação de métodos eficazes e de baixo custo, capazes de selecionar os melhores alvos terapêuticos para acelerar o desenvolvimento de novas terapias contra essas doenças. Assim, propomos a utilização de métodos computacionais integrados capazes de avaliar a drogabilidade dos proteomas preditos de Leishmania braziliensis e Leishmania infantum, espécies responsáveis pelas diferentes manifestações clínicas das leishmanioses no Brasil. Os proteomas foram avaliados com base em seus contextos estruturais, químicos e funcionais, aplicando métodos que integram dados sobre função molecular, processos biológicos, localização subcelular, sítios de ligação de drogas, drogabilidade e expressão gênica. Esses dados foram comparados com aqueles extraídos de alvos de fármacos já conhecidos, o que possibilitou avaliar os proteomas de Leishmania quanto à sua relevância biológica e tratabilidade. Por meio dessa metodologia, identificamos mais de 100 proteínas de cada espécie de Leishmania com características de drogabilidade e potencial interação com os fármacos disponíveis. Dentre essas, 31 e 37 proteínas de L. braziliensis e L. infantum, respectivamente, nunca foram testadas como alvos de drogas e têm demonstrado evidências de expressão gênica em estágio evolutivo de interesse farmacológico. Alguns desses alvos em Leishmania apresentaram similaridade de alinhamento inferior a 50% quando comparados ao proteoma humano, tornando essas proteínas farmacologicamente atrativas, por apresentarem risco reduzido de efeitos colaterais. A metodologia utilizada neste estudo também permitiu avaliar as oportunidades de reaproveitamento de compostos como fármacos anti-leishmaniose, inferindo potencial interação entre proteínas de Leishmania e aproximadamente 1000 compostos, dos quais apenas 15 já foram testados como tratamento para leishmaniose. Além disso, foi disponibilizada uma lista de potenciais alvos a serem testados com drogas descritas no BindingDB, como a potencial interação das proteínas DEAD box RNA helicase, TRYR e PEPCK com o composto Estaurosporina. |
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Assim, propomos a utilização de métodos computacionais integrados capazes de avaliar a drogabilidade dos proteomas preditos de Leishmania braziliensis e Leishmania infantum, espécies responsáveis pelas diferentes manifestações clínicas das leishmanioses no Brasil. Os proteomas foram avaliados com base em seus contextos estruturais, químicos e funcionais, aplicando métodos que integram dados sobre função molecular, processos biológicos, localização subcelular, sítios de ligação de drogas, drogabilidade e expressão gênica. Esses dados foram comparados com aqueles extraídos de alvos de fármacos já conhecidos, o que possibilitou avaliar os proteomas de Leishmania quanto à sua relevância biológica e tratabilidade. Por meio dessa metodologia, identificamos mais de 100 proteínas de cada espécie de Leishmania com características de drogabilidade e potencial interação com os fármacos disponíveis. 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Além disso, foi disponibilizada uma lista de potenciais alvos a serem testados com drogas descritas no BindingDB, como a potencial interação das proteínas DEAD box RNA helicase, TRYR e PEPCK com o composto Estaurosporina.CAPESLeishmaniasis is a group of neglected infectious diseases, with approximately 1.3 million new cases each year, for which the available therapies have serious limitations. Therefore, it is extremely important to apply efficient and low-cost methods capable of selecting the best therapeutic targets to speed up the development of new therapies against those diseases. Thus, we propose the use of integrated computational methods capable of evaluating the druggability of the predicted proteomes of Leishmania braziliensis and Leishmania infantum, species responsible for the different clinical manifestations of leishmaniasis in Brazil. The protein members of those proteomes were assessed based on their structural, chemical, and functional contexts applying methods that integrate data on molecular function, biological processes, subcellular localization, drug binding sites, druggability, and gene expression. These data were compared to those extracted from already known drug targets, which made it possible to evaluate Leishmania proteomes for their biological relevance and treatability. Through this methodology, we identified more than 100 proteins of each Leishmania species with druggability characteristics, and potential interaction with available drugs. Among those, 31 and 37 proteins of L. braziliensis and L. infantum, respectively, have never been tested as drug targets, and they have shown evidence of gene expression in the evolutionary stage of pharmacological interest. Also, some of those Leishmania targets showed an alignment similarity of less than 50% when compared to the human proteome, making these proteins pharmacologically attractive, as they present a reduced risk of side effects. The methodology used in this study also allowed the evaluation of opportunities for the repurposing of compounds as anti- leishmaniasis drugs, inferring potential interaction between Leishmania proteins and approximately 1000 compounds, of which only 15 have already been tested as a treatment for leishmaniasis. Besides, a list of potential targets to be tested using drugs described at BindingDB, such as the potential interaction of the DEAD box RNA helicase, TRYR, and PEPCK proteins with the Staurosporine compound, was made available to the public.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em GeneticaUFPEBrasilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessLeishmanioseExpressão gênicaDrogasAvaliação in sílico do proteoma predito de Leishmania sp. para seleção de alvos terapêuticosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdoutoradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALTESE Crhisllane Rafaele dos Santos Vasconcelos.pdfTESE Crhisllane Rafaele dos Santos Vasconcelos.pdfapplication/pdf10388999https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/48530/1/TESE%20Crhisllane%20Rafaele%20dos%20Santos%20Vasconcelos.pdf3d2737055647173121a52a47b2f8b3aaMD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; 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