Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2002 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPE |
Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/1781 |
Resumo: | Os ribossomos bacterianos possuem três tipos de rRNA: 23S, 16S e 5S; codificados por genes organizados em operons separados por regiões espaçadoras intergênicas (ISRs), que contém um ou mais genes de tRNA. A informação genética derivada do operon do rRNA fornece uma informação taxonômica valiosa, visto que as ISRs, especialmente as que estão localizadas entre as regiões 16S e 23S dos rDNAs, sofrem menor pressão evolucionária, e assim apresentam maior variação genética que as regiões que codificam os rRNAs. A ribotipagem vem sendo aplicada com sucesso para detectar polimorfismos genéticos entre bactérias. Neste trabalho, analisamos o perfil de amplificação das ISRs obtidos por PCR de amostras de Staphylococcus aureus, Providencia alcalifaciens e das três espécies patogênicas do gênero Yersinia, utilizando primers desenhados com base em sequências complementares das regiões conservadas 16S e 23S dos genes de rRNA de várias espécies bacterianas. Os padrões de amplificação das ISRs mostraramse característicos para cada gênero e espécie. Sete perfis de ribotipagem foram observados nas cepas de S. aureus e trinta e quatro perfis foram mostrados em P. alcalifaciens, evidenciando polimorfismo genético nestas espécies. As cepas de Y. pestis e Y. pseudotuberculosis analisadas exibiram o mesmo padrão de amplificação, enquanto que as amostras de Y. enterocolitica mostraram quatro padrões distintos. Os perfis obtidos foram analisados através das técnicas de sequenciamento e perfil de restrição. Os resultados confirmam a alta homologia entre Y. pestis e Y. pseudotuberculosis que é atribuída a evolução de Y. pestis, que se supõe um clone derivado de Y. pseudotuberculosis |
id |
UFPE_7a00428f9d323017aa795d724e832094 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.ufpe.br:123456789/1781 |
network_acronym_str |
UFPE |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFPE |
repository_id_str |
2221 |
spelling |
Sobreira Bezerra da Silva, MariseMaria Paiva de Almeida, Alzira 2014-06-12T15:52:22Z2014-06-12T15:52:22Z2002Sobreira Bezerra da Silva, Marise; Maria Paiva de Almeida, Alzira. Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos. 2002. Tese (Doutorado). Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2002.https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/1781Os ribossomos bacterianos possuem três tipos de rRNA: 23S, 16S e 5S; codificados por genes organizados em operons separados por regiões espaçadoras intergênicas (ISRs), que contém um ou mais genes de tRNA. A informação genética derivada do operon do rRNA fornece uma informação taxonômica valiosa, visto que as ISRs, especialmente as que estão localizadas entre as regiões 16S e 23S dos rDNAs, sofrem menor pressão evolucionária, e assim apresentam maior variação genética que as regiões que codificam os rRNAs. A ribotipagem vem sendo aplicada com sucesso para detectar polimorfismos genéticos entre bactérias. Neste trabalho, analisamos o perfil de amplificação das ISRs obtidos por PCR de amostras de Staphylococcus aureus, Providencia alcalifaciens e das três espécies patogênicas do gênero Yersinia, utilizando primers desenhados com base em sequências complementares das regiões conservadas 16S e 23S dos genes de rRNA de várias espécies bacterianas. Os padrões de amplificação das ISRs mostraramse característicos para cada gênero e espécie. Sete perfis de ribotipagem foram observados nas cepas de S. aureus e trinta e quatro perfis foram mostrados em P. alcalifaciens, evidenciando polimorfismo genético nestas espécies. As cepas de Y. pestis e Y. pseudotuberculosis analisadas exibiram o mesmo padrão de amplificação, enquanto que as amostras de Y. enterocolitica mostraram quatro padrões distintos. Os perfis obtidos foram analisados através das técnicas de sequenciamento e perfil de restrição. Os resultados confirmam a alta homologia entre Y. pestis e Y. pseudotuberculosis que é atribuída a evolução de Y. pestis, que se supõe um clone derivado de Y. pseudotuberculosisporUniversidade Federal de PernambucoAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessRibotipagemStaphylococcus aureusProvidencia alcalifaciensYersiniaAnálise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPETHUMBNAILarquivo5006_1.pdf.jpgarquivo5006_1.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1596https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/1781/4/arquivo5006_1.pdf.jpg6b407a147bf56cd6108282d6e29ba027MD54ORIGINALarquivo5006_1.pdfapplication/pdf1510116https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/1781/1/arquivo5006_1.pdfbb13d0fe2a154ed3ed9f89f4b8fac5c2MD51LICENSElicense.txttext/plain1748https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/1781/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTarquivo5006_1.pdf.txtarquivo5006_1.pdf.txtExtracted texttext/plain247413https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/1781/3/arquivo5006_1.pdf.txt20bf18ee3dc3c14cfcdbebc37420aca4MD53123456789/17812019-10-25 03:01:58.475oai:repositorio.ufpe.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212019-10-25T06:01:58Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos |
title |
Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos |
spellingShingle |
Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos Sobreira Bezerra da Silva, Marise Ribotipagem Staphylococcus aureus Providencia alcalifaciens Yersinia |
title_short |
Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos |
title_full |
Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos |
title_fullStr |
Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos |
title_full_unstemmed |
Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos |
title_sort |
Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos |
author |
Sobreira Bezerra da Silva, Marise |
author_facet |
Sobreira Bezerra da Silva, Marise |
author_role |
author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Sobreira Bezerra da Silva, Marise |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Maria Paiva de Almeida, Alzira |
contributor_str_mv |
Maria Paiva de Almeida, Alzira |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Ribotipagem Staphylococcus aureus Providencia alcalifaciens Yersinia |
topic |
Ribotipagem Staphylococcus aureus Providencia alcalifaciens Yersinia |
description |
Os ribossomos bacterianos possuem três tipos de rRNA: 23S, 16S e 5S; codificados por genes organizados em operons separados por regiões espaçadoras intergênicas (ISRs), que contém um ou mais genes de tRNA. A informação genética derivada do operon do rRNA fornece uma informação taxonômica valiosa, visto que as ISRs, especialmente as que estão localizadas entre as regiões 16S e 23S dos rDNAs, sofrem menor pressão evolucionária, e assim apresentam maior variação genética que as regiões que codificam os rRNAs. A ribotipagem vem sendo aplicada com sucesso para detectar polimorfismos genéticos entre bactérias. Neste trabalho, analisamos o perfil de amplificação das ISRs obtidos por PCR de amostras de Staphylococcus aureus, Providencia alcalifaciens e das três espécies patogênicas do gênero Yersinia, utilizando primers desenhados com base em sequências complementares das regiões conservadas 16S e 23S dos genes de rRNA de várias espécies bacterianas. Os padrões de amplificação das ISRs mostraramse característicos para cada gênero e espécie. Sete perfis de ribotipagem foram observados nas cepas de S. aureus e trinta e quatro perfis foram mostrados em P. alcalifaciens, evidenciando polimorfismo genético nestas espécies. As cepas de Y. pestis e Y. pseudotuberculosis analisadas exibiram o mesmo padrão de amplificação, enquanto que as amostras de Y. enterocolitica mostraram quatro padrões distintos. Os perfis obtidos foram analisados através das técnicas de sequenciamento e perfil de restrição. Os resultados confirmam a alta homologia entre Y. pestis e Y. pseudotuberculosis que é atribuída a evolução de Y. pestis, que se supõe um clone derivado de Y. pseudotuberculosis |
publishDate |
2002 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2002 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2014-06-12T15:52:22Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2014-06-12T15:52:22Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
format |
doctoralThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
Sobreira Bezerra da Silva, Marise; Maria Paiva de Almeida, Alzira. Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos. 2002. Tese (Doutorado). Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2002. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/1781 |
identifier_str_mv |
Sobreira Bezerra da Silva, Marise; Maria Paiva de Almeida, Alzira. Análise das regiões espaçadoras intergênicas do rRNA 16S-23S em diferentes gêneros bacterianos. 2002. Tese (Doutorado). Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2002. |
url |
https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/1781 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ info:eu-repo/semantics/openAccess |
rights_invalid_str_mv |
Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Pernambuco |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de Pernambuco |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFPE instname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) instacron:UFPE |
instname_str |
Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) |
instacron_str |
UFPE |
institution |
UFPE |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFPE |
collection |
Repositório Institucional da UFPE |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/1781/4/arquivo5006_1.pdf.jpg https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/1781/1/arquivo5006_1.pdf https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/1781/2/license.txt https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/1781/3/arquivo5006_1.pdf.txt |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
6b407a147bf56cd6108282d6e29ba027 bb13d0fe2a154ed3ed9f89f4b8fac5c2 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 20bf18ee3dc3c14cfcdbebc37420aca4 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) |
repository.mail.fl_str_mv |
attena@ufpe.br |
_version_ |
1802310820527341568 |