Avaliação da ocorrência de genes de resistência e virulência e perfil clonal de isolados clínicos do complexo A. Baumannii - A. Calcoaceticus obtidos a partir de hospitais da rede pública e privada de Maceió-AL.
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Data de Publicação: | 2020 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPE |
Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/38367 |
Resumo: | O complexo A. baumannii – A. calcoaceticus (complexo ABC), é composto por cinco espécies: A. calcoaceticus, A. baumannii, A. pitti, A. nosocomialis, A. seiferttie A. dijkshoorniae sendo responsável por 80% dos casos de Infecções Relacionadas à Assistencia em Saúde envolvendo Acinetobacter sp.. A resistência a carbapenêmicos em do complexo ABC é descrita em todo o mundo sendo indicada como preocupante pela Organização Mundial de Saúde devido à limitação terapêutica para o tratamento de infecções causadas por estes microrganismos. O fenótipo multidrogas resistente – MDR, aliado ao surgimento de isolados hipervirulentos, tem aumentado a gravidade das infecções. A resistência a carbapenêmicos se dá principalmente pela ocorrência de genes blaOXA, entretanto a aquisição de plasmídios codificadores das enzimas VIM, KPC, IMP, NDM e GES têm sido descritas em diversas localidades e a coexistência destas enzimas contribui para a ampliação do espectro de resistência bacteriana. Neste trabalho, isolados pertencentes ao complexo ABC foram coletados em dois hospitais públicos e um privado de Maceió/AL, entre maio e dezembro de 2018, todos com perfil MDR identificado pelos hospitais. Foram pesquisadas as ocorrências dos genes blaOXA51LIKE, blaOXA23LIKE, blaGES, blaVIM, blaKPC, blaNDM, blaIMP, ompA, entA, bfmS, csuE, e pilM e a ocorrência de mutações no gene pmrB em isolados resistentes a Polimixinas. Foram coletados 40 isolados pertencentes ao complexo ABC identificados através de espectrometria de massa MALDI-TOF MS. 82,5% dos isolados abrigavam blaOXA51, indicativo da espécie Acinetobacter baumannii. O perfil clonal obtido através de ERIC-PCR indicou a presença de nove clusters predominantemente formados por cepas do mesmo hospital, não indicando transmissão inter-hospitalar. Os seis clones encontrados apresentaram a ocorrência de apenas dois isolados, com intervalo médio de ocorrência de 3,16 meses, não indicando surtos. Todos os genes de virulência pesquisados apresentaram maior ocorrência em amostras coletadas de pacientes de UTIs. Dos isolados com informações disponibilizadas pelos hospitais, todos apresentaram resistência aos carbapenêmicos Meropenem, Ertapenem e Imipenem, sendo que 76,92% apresentaram o fenótipo de resistência extensiva (XDR). Dos isolados XDR, 40% foram resistentes às Polimixinas. Análise das mutações em pmrB não apresentaram alterações na proteína, entretanto 64,28% apresentaram duas mutações quando alinhados a sequência referência da ATCC 19606, tendo 100% de identidade entre si. A distribuição destes isolados nos clusters sugere que este perfil possa ser característico da região. Em nosso estudo, 80,48% dos isolados amplificaram blaoxa23, tiveram ocorrência igual a 80% entre os isolados de A. baumannii e espécies não baumannii. As enzimas IMP e NDM não foram encontradas, entretanto os genes blaGES e blaVIM foram encontrados pela primeira vez no Brasil em isolados clínicos de Acinetobacter spp., tendo a ocorrência da carbapenemase GES de 70% com distribuição em todos os clusters, indicando que o gene é comum na região. A metalo-β-lactamase VIM foi abrigada em 5% dos isolados que abrigavam também GES, KPC OXA-23 e OXA-51. Desta forma, observa-se que os isolados clínicos do complexo ABC de incidência em Maceió/AL apresentam um alto perfil de resistência aos antimicrobianos, abrigando os genes blaGES e blaVIM, sendo aqui descritos pela primeira vez em isolados clínicos de Acinetobacter spp. no Brasil. |
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A resistência a carbapenêmicos em do complexo ABC é descrita em todo o mundo sendo indicada como preocupante pela Organização Mundial de Saúde devido à limitação terapêutica para o tratamento de infecções causadas por estes microrganismos. O fenótipo multidrogas resistente – MDR, aliado ao surgimento de isolados hipervirulentos, tem aumentado a gravidade das infecções. A resistência a carbapenêmicos se dá principalmente pela ocorrência de genes blaOXA, entretanto a aquisição de plasmídios codificadores das enzimas VIM, KPC, IMP, NDM e GES têm sido descritas em diversas localidades e a coexistência destas enzimas contribui para a ampliação do espectro de resistência bacteriana. Neste trabalho, isolados pertencentes ao complexo ABC foram coletados em dois hospitais públicos e um privado de Maceió/AL, entre maio e dezembro de 2018, todos com perfil MDR identificado pelos hospitais. Foram pesquisadas as ocorrências dos genes blaOXA51LIKE, blaOXA23LIKE, blaGES, blaVIM, blaKPC, blaNDM, blaIMP, ompA, entA, bfmS, csuE, e pilM e a ocorrência de mutações no gene pmrB em isolados resistentes a Polimixinas. Foram coletados 40 isolados pertencentes ao complexo ABC identificados através de espectrometria de massa MALDI-TOF MS. 82,5% dos isolados abrigavam blaOXA51, indicativo da espécie Acinetobacter baumannii. O perfil clonal obtido através de ERIC-PCR indicou a presença de nove clusters predominantemente formados por cepas do mesmo hospital, não indicando transmissão inter-hospitalar. Os seis clones encontrados apresentaram a ocorrência de apenas dois isolados, com intervalo médio de ocorrência de 3,16 meses, não indicando surtos. Todos os genes de virulência pesquisados apresentaram maior ocorrência em amostras coletadas de pacientes de UTIs. Dos isolados com informações disponibilizadas pelos hospitais, todos apresentaram resistência aos carbapenêmicos Meropenem, Ertapenem e Imipenem, sendo que 76,92% apresentaram o fenótipo de resistência extensiva (XDR). Dos isolados XDR, 40% foram resistentes às Polimixinas. Análise das mutações em pmrB não apresentaram alterações na proteína, entretanto 64,28% apresentaram duas mutações quando alinhados a sequência referência da ATCC 19606, tendo 100% de identidade entre si. A distribuição destes isolados nos clusters sugere que este perfil possa ser característico da região. Em nosso estudo, 80,48% dos isolados amplificaram blaoxa23, tiveram ocorrência igual a 80% entre os isolados de A. baumannii e espécies não baumannii. 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The resistance to carbapenems in ABC complex is described worldwide and has been identified as a cause for concern by the World Health Organization due to the therapeutic limitation in the treatment of infections caused by these microorganisms. Multidrug-resistant-MDR phenotype combined with the appearance of hypervirulent isolates increased the pathogenicity and severity of infections, especially in isolates resistant to polymyxins. Resistance to carbapenems is mainly due to the occurrence of blaOXA genes, however, the acquisition of plasmids encoding the enzymes VIM, KPC, IMP, NDM and GES has been described in several places and the coexistence of these enzymes contributes to the expansion of the spectrum of bacterial resistance. In this work, isolates of the ABC complex were collected in 2 public and 1 private hospital in Maceió/AL, between May and December 2018, all with MDR profile identified by the hospitals. Occurrences of the blaOXA51LIKE, blaOXA23LIKE, blaGES, blaVIM, blaKPC, blaNDM, blaIMP, ompA, entA, bfmS, csuE, and pilM genes and the occurrence of mutations in the pmrB gene in isolates resistant to Polymyxins were investigated. Forty isolates belonging to the ABC complex were identified by MALDI-TOF/MS. 82.5% of the isolates harbored blaOXA51 indicative of the species Acinetobacter baumannii. Clonal profile obtained by ERICPCR indicated the presence of 8 groups predominantly formed by strains from the same hospital, not indicating inter-hospital transmission. Eight clones were formed by only 2 isolates with an average occurrence interval of 3.16 months, not indicating outbreaks. All virulence genes surveyed had a higher occurrence in samples collected from ICU patients. Isolates with information provided by hospitals 26/40, all showed resistance to the carbapenems Meropenem, Ertapenem and Imipenem, with 76.92% showing the extensive resistance phenotype (XDR). XDR isolates, 40% were resistant to Polymyxins. Analysis of mutations in pmrB showed no changes in protein, however, 64.28% showed 7 mutations when aligned with the reference sequence of ATCC 17978, having 100% identity with each other, the distribution since isolates in the clusters. In our study, 80.48% of the isolates (33/40) amplified blaoxa23, with an occurrence equal to 80% among the isolates of A. baumannii and non-baumannii species (28/35 and 4/5 respectively). Enzymes IMP and NDM were not found, however, the blaGES and blaVIM genes, were found for the first time in Brazil in clinical isolates of Acinetobacter spp., with the occurrence of 70% carbapenemase GES with distribution in all clusters indicating that the gene is common to the region. Metallobeta-lactamase VIM was housed in 5% of the isolates that also housed the carbapensemases GES, KPC OXA-23 and OXA-51. Thus, it is observed that clinical isolates of the ABC complex of incidence in Maceió/AL have a high profile of resistance to antimicrobials harboring the blaGES and blaVIM genes, being described here for the first time in clinical isolates of Acinetobacter spp. in Brazil.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Biologia Aplicada a SaudeUFPEBrasilAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/embargoedAccessMultirresistência bacterianaInfecção hospitalarGenes de virulênciaAvaliação da ocorrência de genes de resistência e virulência e perfil clonal de isolados clínicos do complexo A. Baumannii - A. Calcoaceticus obtidos a partir de hospitais da rede pública e privada de Maceió-AL.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesismestradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALDISSERTAÇÃO Mariana Moreira Alves.pdfDISSERTAÇÃO Mariana Moreira Alves.pdfapplication/pdf5936243https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/38367/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Mariana%20Moreira%20Alves.pdfcd141503811293916e9feb5b11a61b58MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/38367/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82310https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/38367/3/license.txtbd573a5ca8288eb7272482765f819534MD53TEXTDISSERTAÇÃO Mariana Moreira Alves.pdf.txtDISSERTAÇÃO Mariana Moreira Alves.pdf.txtExtracted texttext/plain160735https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/38367/4/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Mariana%20Moreira%20Alves.pdf.txt1f69c8c26fb04351313f080d72d23049MD54THUMBNAILDISSERTAÇÃO Mariana Moreira Alves.pdf.jpgDISSERTAÇÃO Mariana Moreira Alves.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1340https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/38367/5/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Mariana%20Moreira%20Alves.pdf.jpg86c6ad31149fc1124ba00a5234d9559fMD55123456789/383672020-10-20 02:15:21.158oai:repositorio.ufpe.br:123456789/38367TGljZW7Dp2EgZGUgRGlzdHJpYnVpw6fDo28gTsOjbyBFeGNsdXNpdmEKClRvZG8gZGVwb3NpdGFudGUgZGUgbWF0ZXJpYWwgbm8gUmVwb3NpdMOzcmlvIEluc3RpdHVjaW9uYWwgKFJJKSBkZXZlIGNvbmNlZGVyLCDDoCBVbml2ZXJzaWRhZGUgRmVkZXJhbCBkZSBQZXJuYW1idWNvIChVRlBFKSwgdW1hIExpY2Vuw6dhIGRlIERpc3RyaWJ1acOnw6NvIE7Do28gRXhjbHVzaXZhIHBhcmEgbWFudGVyIGUgdG9ybmFyIGFjZXNzw612ZWlzIG9zIHNldXMgZG9jdW1lbnRvcywgZW0gZm9ybWF0byBkaWdpdGFsLCBuZXN0ZSByZXBvc2l0w7NyaW8uCgpDb20gYSBjb25jZXNzw6NvIGRlc3RhIGxpY2Vuw6dhIG7Do28gZXhjbHVzaXZhLCBvIGRlcG9zaXRhbnRlIG1hbnTDqW0gdG9kb3Mgb3MgZGlyZWl0b3MgZGUgYXV0b3IuCl9fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fX19fXwoKTGljZW7Dp2EgZGUgRGlzdHJpYnVpw6fDo28gTsOjbyBFeGNsdXNpdmEKCkFvIGNvbmNvcmRhciBjb20gZXN0YSBsaWNlbsOnYSBlIGFjZWl0w6EtbGEsIHZvY8OqIChhdXRvciBvdSBkZXRlbnRvciBkb3MgZGlyZWl0b3MgYXV0b3JhaXMpOgoKYSkgRGVjbGFyYSBxdWUgY29uaGVjZSBhIHBvbMOtdGljYSBkZSBjb3B5cmlnaHQgZGEgZWRpdG9yYSBkbyBzZXUgZG9jdW1lbnRvOwpiKSBEZWNsYXJhIHF1ZSBjb25oZWNlIGUgYWNlaXRhIGFzIERpcmV0cml6ZXMgcGFyYSBvIFJlcG9zaXTDs3JpbyBJbnN0aXR1Y2lvbmFsIGRhIFVGUEU7CmMpIENvbmNlZGUgw6AgVUZQRSBvIGRpcmVpdG8gbsOjbyBleGNsdXNpdm8gZGUgYXJxdWl2YXIsIHJlcHJvZHV6aXIsIGNvbnZlcnRlciAoY29tbyBkZWZpbmlkbyBhIHNlZ3VpciksIGNvbXVuaWNhciBlL291IGRpc3RyaWJ1aXIsIG5vIFJJLCBvIGRvY3VtZW50byBlbnRyZWd1ZSAoaW5jbHVpbmRvIG8gcmVzdW1vL2Fic3RyYWN0KSBlbSBmb3JtYXRvIGRpZ2l0YWwgb3UgcG9yIG91dHJvIG1laW87CmQpIERlY2xhcmEgcXVlIGF1dG9yaXphIGEgVUZQRSBhIGFycXVpdmFyIG1haXMgZGUgdW1hIGPDs3BpYSBkZXN0ZSBkb2N1bWVudG8gZSBjb252ZXJ0w6otbG8sIHNlbSBhbHRlcmFyIG8gc2V1IGNvbnRlw7pkbywgcGFyYSBxdWFscXVlciBmb3JtYXRvIGRlIGZpY2hlaXJvLCBtZWlvIG91IHN1cG9ydGUsIHBhcmEgZWZlaXRvcyBkZSBzZWd1cmFuw6dhLCBwcmVzZXJ2YcOnw6NvIChiYWNrdXApIGUgYWNlc3NvOwplKSBEZWNsYXJhIHF1ZSBvIGRvY3VtZW50byBzdWJtZXRpZG8gw6kgbyBzZXUgdHJhYmFsaG8gb3JpZ2luYWwgZSBxdWUgZGV0w6ltIG8gZGlyZWl0byBkZSBjb25jZWRlciBhIHRlcmNlaXJvcyBvcyBkaXJlaXRvcyBjb250aWRvcyBuZXN0YSBsaWNlbsOnYS4gRGVjbGFyYSB0YW1iw6ltIHF1ZSBhIGVudHJlZ2EgZG8gZG9jdW1lbnRvIG7Do28gaW5mcmluZ2Ugb3MgZGlyZWl0b3MgZGUgb3V0cmEgcGVzc29hIG91IGVudGlkYWRlOwpmKSBEZWNsYXJhIHF1ZSwgbm8gY2FzbyBkbyBkb2N1bWVudG8gc3VibWV0aWRvIGNvbnRlciBtYXRlcmlhbCBkbyBxdWFsIG7Do28gZGV0w6ltIG9zIGRpcmVpdG9zIGRlCmF1dG9yLCBvYnRldmUgYSBhdXRvcml6YcOnw6NvIGlycmVzdHJpdGEgZG8gcmVzcGVjdGl2byBkZXRlbnRvciBkZXNzZXMgZGlyZWl0b3MgcGFyYSBjZWRlciDDoApVRlBFIG9zIGRpcmVpdG9zIHJlcXVlcmlkb3MgcG9yIGVzdGEgTGljZW7Dp2EgZSBhdXRvcml6YXIgYSB1bml2ZXJzaWRhZGUgYSB1dGlsaXrDoS1sb3MgbGVnYWxtZW50ZS4gRGVjbGFyYSB0YW1iw6ltIHF1ZSBlc3NlIG1hdGVyaWFsIGN1am9zIGRpcmVpdG9zIHPDo28gZGUgdGVyY2Vpcm9zIGVzdMOhIGNsYXJhbWVudGUgaWRlbnRpZmljYWRvIGUgcmVjb25oZWNpZG8gbm8gdGV4dG8gb3UgY29udGXDumRvIGRvIGRvY3VtZW50byBlbnRyZWd1ZTsKZykgU2UgbyBkb2N1bWVudG8gZW50cmVndWUgw6kgYmFzZWFkbyBlbSB0cmFiYWxobyBmaW5hbmNpYWRvIG91IGFwb2lhZG8gcG9yIG91dHJhIGluc3RpdHVpw6fDo28gcXVlIG7Do28gYSBVRlBFLCBkZWNsYXJhIHF1ZSBjdW1wcml1IHF1YWlzcXVlciBvYnJpZ2HDp8O1ZXMgZXhpZ2lkYXMgcGVsbyByZXNwZWN0aXZvIGNvbnRyYXRvIG91IGFjb3Jkby4KCkEgVUZQRSBpZGVudGlmaWNhcsOhIGNsYXJhbWVudGUgbyhzKSBub21lKHMpIGRvKHMpIGF1dG9yIChlcykgZG9zIGRpcmVpdG9zIGRvIGRvY3VtZW50byBlbnRyZWd1ZSBlIG7Do28gZmFyw6EgcXVhbHF1ZXIgYWx0ZXJhw6fDo28sIHBhcmEgYWzDqW0gZG8gcHJldmlzdG8gbmEgYWzDrW5lYSBjKS4KRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212020-10-20T05:15:21Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false |
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ALVES, Mariana Moreira. Avaliação da ocorrência de genes de resistência e virulência e perfil clonal de isolados clínicos do complexo A. Baumannii - A. Calcoaceticus obtidos a partir de hospitais da rede pública e privada de Maceió-AL. 2020. Dissertação (Mestrado em Biologia Aplicada à Saúde) - Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2020. |
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