Caracterização das interações moleculares e mRNAs alvos de proteínas com domínio de ligação ao RNA implicadas no processo de tradução em Leishmania infantum

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: ASSIS, Ludmila Arruda de
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPE
dARK ID: ark:/64986/001300000wtbh
Texto Completo: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/35352
Resumo: A regulação da expressão gênica em Leishmania tem uma grande dependência do controle da estabilidade e tradução dos seus mRNAs. Em eucariotos, ambos são eventos associados a proteína de ligação a cauda poli-A (PABP) e outras proteínas com domínios de ligação a RNA, as RBPs. Em Leishmania foram descritas três PABPs, sendo que a PABP1 se associa a mRNAs alvos, complexos proteicos e RBPs distintas das PABP2/3. Seu papel funcional, contudo, ainda não está claro. Esse trabalho buscou auxiliar na definição de suas funções a partir da caracterização de RBPs parceiras, as RBP23, DRBD2 e ZC3H41. Extratos citoplasmáticos de Leishmania infantum expressando cada RBP fusionada com o peptídeo HA foram utilizados em ensaios de imunoprecipitação, com seus parceiros e mRNAs alvos identificados por espectrometria de massas e sequenciamento de RNAs. Foi demonstrada a interação preferencial da RBP23 com a PABP1 e o complexo de tradução EIF4G3/EIF4E4, da DRBD2 com as PABP2/PABP3 e da ZC3H41 com as três PABPs. Ensaios de interação proteína-proteína confirmaram uma ligação direta das RBP23 e DRBD2 com as três PABPs, mapeando regiões especificas das PABPs envolvidas nessa ligação. Os mRNAs co-precipitados com a RBP23, e em menor escala a ZC3H41, codificam preferencialmente proteínas ribossomais, semelhante a PABP1 e diferentemente da DRBD2. Estes dados sugerem um novo modelo para o reconhecimento destes mRNAs pelas RBP23 e PABP1 em Leishmania.
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Em Leishmania foram descritas três PABPs, sendo que a PABP1 se associa a mRNAs alvos, complexos proteicos e RBPs distintas das PABP2/3. Seu papel funcional, contudo, ainda não está claro. Esse trabalho buscou auxiliar na definição de suas funções a partir da caracterização de RBPs parceiras, as RBP23, DRBD2 e ZC3H41. Extratos citoplasmáticos de Leishmania infantum expressando cada RBP fusionada com o peptídeo HA foram utilizados em ensaios de imunoprecipitação, com seus parceiros e mRNAs alvos identificados por espectrometria de massas e sequenciamento de RNAs. Foi demonstrada a interação preferencial da RBP23 com a PABP1 e o complexo de tradução EIF4G3/EIF4E4, da DRBD2 com as PABP2/PABP3 e da ZC3H41 com as três PABPs. Ensaios de interação proteína-proteína confirmaram uma ligação direta das RBP23 e DRBD2 com as três PABPs, mapeando regiões especificas das PABPs envolvidas nessa ligação. Os mRNAs co-precipitados com a RBP23, e em menor escala a ZC3H41, codificam preferencialmente proteínas ribossomais, semelhante a PABP1 e diferentemente da DRBD2. Estes dados sugerem um novo modelo para o reconhecimento destes mRNAs pelas RBP23 e PABP1 em Leishmania.CAPESThe regulation of gene expression in Leishmania depends largely on the stability and translation control of its mRNAs. In eukaryotes, both events are associated with poly-A tail binding protein (PABP) and other proteins with RNA binding domains, the RBPs. Three PABPs were described in Leishmania, and PABP1 is associated with target mRNAs, protein complexes and RBPs distinct from those associated to PABP2/3. However, its functional role is still unclear. This work aimed to define its functions from the characterization of partner RBPs, the RBP23, DRBD2 and ZC3H41. Cytoplasmic extracts of Leishmania infantum expressing each RBP fused to HA peptide were used in immunoprecipitation assays, with their partners and target mRNAs identified by mass spectrometry and RNA sequencing. It was demonstrated the preferential interaction of RBP23 with PABP1 and translation complex EIF4G3 / EIF4E4, DRBD2 with PABP2 / PABP3 and ZC3H41 with the three PABPs. Protein-protein interaction assays confirmed a direct binding of RBP23 and DRBD2 with the three PABPs, mapping specific regions of the PABPs involved in that binding. mRNAs co-precipitated with RBP23, and on a smaller scale with ZC3H41, preferentially encode ribosomal proteins, similar to PABP1 and unlike DRBD2. These data suggest a new model for the recognition of these mRNAs by RBP23 and PABP1 in Leishmania.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em GeneticaUFPEBrasilAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessExpressão gênicaTripanossomatídeosLeishmaniaCaracterização das interações moleculares e mRNAs alvos de proteínas com domínio de ligação ao RNA implicadas no processo de tradução em Leishmania infantuminfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdoutoradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPETEXTTESE Ludmila Arruda de Assis.pdf.txtTESE Ludmila Arruda de Assis.pdf.txtExtracted texttext/plain344815https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35352/4/TESE%20Ludmila%20Arruda%20de%20Assis.pdf.txt524be1105eb88079c85e35be2ea54aefMD54THUMBNAILTESE Ludmila Arruda de Assis.pdf.jpgTESE Ludmila Arruda de Assis.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1227https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35352/5/TESE%20Ludmila%20Arruda%20de%20Assis.pdf.jpg566172542034fcaf208beb556085af58MD55CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35352/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35352/3/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD53ORIGINALTESE Ludmila Arruda de Assis.pdfTESE Ludmila Arruda de Assis.pdfapplication/pdf4863229https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/35352/1/TESE%20Ludmila%20Arruda%20de%20Assis.pdf970f9fb621d98e4cdb9b6bebaf486c6eMD51123456789/353522019-11-29 02:18:15.158oai:repositorio.ufpe.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212019-11-29T05:18:15Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false
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