Investigação de genes para carbapenemases, grupos de incompatibilidade plasmidial e relação clonal de isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae resistente aos carbapenêmicos provenientes de colonização e infecção em um hospital de Recife-PE
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Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Dissertação |
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Resumo: | O uso excessivo de antimicrobianos β-lactâmicos em pacientes hospitalizados favoreceu o surgimento e evolução genética de cepas de Klebsiella pneumoniae resistentes aos carbapenêmicos, sendo essa resistência mais relacionada com a produção de enzimas e mediada por plasmídeos conjugativos. Portanto, o objetivo desse estudo foi investigar a ocorrência de genes para carbapenemases, grupos de incompatibilidade plasmidial (Incs) e a relação clonal de isolados clínicos de K. pneumoniae resistente aos carbapenêmicos provenientes de colonização e infecção em pacientes de um hospital público de Recife-PE entre 2017 e 2018, como também analisar o perfil de susceptibilidade a antimicrobianos desses isolados bacterianos. Foram analisados 27 isolados de K. pneumoniae resistentes a um ou mais carbapenêmicos, onde 12 eram provenientes de infecção (sangue e urina), 14 foram isolados provenientes de colonização (swab retal) e uma amostra de dreno cavitário. Os isolados foram submetidos à pesquisa de genes de resistência aos carbapenêmicos (blaᴋᴘᴄ, blaɢᴇs, blaɴᴅᴍ, blaᴠɪᴍ e blaɪᴍᴘ), pesquisa de grupos de incompatibilidade plasmidial (FIB, Q, A/C, L/M, N, HI2 e HI1B) por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e confirmação através do sequenciamento de amplicons. Foi realizada a ERIC-PCR para avaliar a relação clonal dos isolados. Os antimicrobianos que apresentaram melhor atividade contra os isolados de K. pneumoniae foram amicacina e colistina. Os genes blaᴋᴘᴄ e blaɴᴅᴍ foram detectados, respectivamente, em 24 (88,8%) e 16 (59,2%) dos isolados de K. pneumoniae resistentes aos carbapenêmicos e 13 (48,1%) foram simultaneamente positivos para esses dois genes, tanto em isolados provenientes de infecção quanto de colonização. Não houve detecção dos genes blaɢᴇs, blaᴠɪᴍ e blaɪᴍᴘ. Foram detectados cinco grupos de incompatibilidade plasmidial: IncFIB (92,6%), IncQ (88,8%), IncA/C (14,8%), IncHI1B (11,1%) e IncL/M (7,4%), mostrando a grande variabilidade plasmidial desses isolados. Foram encontrados, entre os isolados de K. pneumoniae, doze perfis genéticos distintos, e constatou-se que houve disseminação clonal dos isolados em diferentes setores do hospital de estudo. Podemos concluir que o acúmulo de determinantes de resistência e a variabilidade de Incs plasmidiais detectados nos isolados de K. pneumoniae provenientes de colonização e infecção, juntamente com a disseminação clonal, demonstram a capacidade desses isolados de apresentar e disseminar diferentes genes de resistência através de plasmídeos. |
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OLIVEIRA, Érica Maria dehttp://lattes.cnpq.br/7447415974872571http://lattes.cnpq.br/6593839354164390LOPES, Ana Catarina de Souza2021-03-22T14:29:52Z2021-03-22T14:29:52Z2019-02-22OLIVEIRA, Érica Maria de. Investigação de genes para carbapenemases, grupos de incompatibilidade plasmidial e relação clonal de isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae resistente aos carbapenêmicos provenientes de colonização e infecção em um hospital de Recife-PE. 2019. Dissertação (Mestrado em Medicina Tropical) – Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2019.https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/39433ark:/64986/001300000crm1O uso excessivo de antimicrobianos β-lactâmicos em pacientes hospitalizados favoreceu o surgimento e evolução genética de cepas de Klebsiella pneumoniae resistentes aos carbapenêmicos, sendo essa resistência mais relacionada com a produção de enzimas e mediada por plasmídeos conjugativos. Portanto, o objetivo desse estudo foi investigar a ocorrência de genes para carbapenemases, grupos de incompatibilidade plasmidial (Incs) e a relação clonal de isolados clínicos de K. pneumoniae resistente aos carbapenêmicos provenientes de colonização e infecção em pacientes de um hospital público de Recife-PE entre 2017 e 2018, como também analisar o perfil de susceptibilidade a antimicrobianos desses isolados bacterianos. Foram analisados 27 isolados de K. pneumoniae resistentes a um ou mais carbapenêmicos, onde 12 eram provenientes de infecção (sangue e urina), 14 foram isolados provenientes de colonização (swab retal) e uma amostra de dreno cavitário. Os isolados foram submetidos à pesquisa de genes de resistência aos carbapenêmicos (blaᴋᴘᴄ, blaɢᴇs, blaɴᴅᴍ, blaᴠɪᴍ e blaɪᴍᴘ), pesquisa de grupos de incompatibilidade plasmidial (FIB, Q, A/C, L/M, N, HI2 e HI1B) por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e confirmação através do sequenciamento de amplicons. Foi realizada a ERIC-PCR para avaliar a relação clonal dos isolados. Os antimicrobianos que apresentaram melhor atividade contra os isolados de K. pneumoniae foram amicacina e colistina. Os genes blaᴋᴘᴄ e blaɴᴅᴍ foram detectados, respectivamente, em 24 (88,8%) e 16 (59,2%) dos isolados de K. pneumoniae resistentes aos carbapenêmicos e 13 (48,1%) foram simultaneamente positivos para esses dois genes, tanto em isolados provenientes de infecção quanto de colonização. Não houve detecção dos genes blaɢᴇs, blaᴠɪᴍ e blaɪᴍᴘ. Foram detectados cinco grupos de incompatibilidade plasmidial: IncFIB (92,6%), IncQ (88,8%), IncA/C (14,8%), IncHI1B (11,1%) e IncL/M (7,4%), mostrando a grande variabilidade plasmidial desses isolados. Foram encontrados, entre os isolados de K. pneumoniae, doze perfis genéticos distintos, e constatou-se que houve disseminação clonal dos isolados em diferentes setores do hospital de estudo. Podemos concluir que o acúmulo de determinantes de resistência e a variabilidade de Incs plasmidiais detectados nos isolados de K. pneumoniae provenientes de colonização e infecção, juntamente com a disseminação clonal, demonstram a capacidade desses isolados de apresentar e disseminar diferentes genes de resistência através de plasmídeos.CAPESThe use excessive of β-lactam antibiotics in hospitalized patients favored the emergence and genetic evolution of strains of Klebsiella pneumoniae resistant to carbapenems, being this resistance more related to the production of enzymes and mediated by conjugative plasmids. Therefore, the objective of this study was to investigate the occurrence of genes for carbapenemases, plasmid incompatibility groups (Incs), and the clonal relationship of clinical isolates of carbapenem-resistant K. pneumoniae from colonization and infection in patients from a public hospital in Recife- PE between 2017 and 2018, as well as to analyze the antimicrobial susceptibility profile of these bacterial isolates. Twenty-seven isolates of K. pneumoniae resistant to one or more carbapenems were analyzed, 12 of which were from infection (blood and urine), 14 were isolated from colonization (rectal swab) and a cavitary drain sample. The isolates were submitted to the search of carbapenem resistance genes (blaᴋᴘᴄ, blaɢᴇs, blaɴᴅᴍ, blaᴠɪᴍ and bla ), search for plasmid incompatibility groups (FIB, Q, A / C, L / M, N, HI2 and HI1B) by Polymerase Chain Reaction (PCR) and confirmation through amplicon sequencing. ERIC-PCR was performed to evaluate the clonal relationship of the isolates. The antimicrobials that showed the best activity against the isolates of K. pneumoniae were amikacin and colistin. The blaᴋᴘᴄ and blaɴᴅᴍ genes were detected in 24 (88.8%) and 16 (59.2%) of the carbapenem resistant isolates of K. pneumoniae, respectively, and 13 (48.1%) were simultaneously positive for these two genes , both in infection and colonization isolates. There was no detection of the blaɢᴇs, blaᴠɪᴍ and blaɪᴍᴘ genes. Five groups of plasmid incompatibility were detected: IncFIB (92.6%), IncQ (88.8%), IncA / C (14.8%), IncHI1B (11.1%) and IncL / ), showing the great plasmidial variability of these isolates. Twelve distinct genetic profiles were found among K. pneumoniae isolates and it was found that there was clonal dissemination of the isolates in different sectors of the study hospital. We conclude that the accumulation of resistance determinants and the variability of plasmid Incs detected in K. pneumoniae isolates from colonization and infection, together with clonal dissemination, demonstrate the ability of these isolates to present and disseminate different resistance genes through plasmids.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Medicina TropicalUFPEBrasilAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessKlebsiella pneumoniaeAntibióticosPlasmídeosInvestigação de genes para carbapenemases, grupos de incompatibilidade plasmidial e relação clonal de isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae resistente aos carbapenêmicos provenientes de colonização e infecção em um hospital de Recife-PEinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesismestradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPECC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; 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