Uma abordagem computacional para estudo comparativo das estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos sob enfoque bayesiano em relação à abordagem clássica por máxima verossimilhança
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Data de Publicação: | 2015 |
Tipo de documento: | Tese |
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Título da fonte: | Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca |
Texto Completo: | http://guaiaca.ufpel.edu.br/handle/prefix/8830 |
Resumo: | A avaliação genética de animais é fundamentada em métodos analíticos que associam conhecimentos multidisciplinares, principalmente de genética, estatística e computação. Diversos aplicativos de software implementam esses métodos para obtenção de parâmetros genéticos; muitos somente interagem com o usuário através de arquivos de textos e linha de comando. O primeiro objetivo deste trabalho foi dotar o pesquisador com uma plataforma operacional amigável para integrar múltiplos aplicativos de análise de dados em uma única interface gráfica e facilitar a aplicação e a comparação de diferentes metodologias; o segundo foi comparar a aplicação de dois métodos de análise na avaliação genética de codornas, usando as facilidades dessa plataforma. A ferramenta de software foi desenvolvida e está disponível na forma de dois assistentes de operação. As diversas funções oferecidas incluem: uma interface gráfica de usuário, amigável, genérica e configurável, para integração de diferentes aplicativos científicos de análise de dados, atribuindo-lhes maior usabilidade; recursos para organização, execução, catalogação e recuperação de análises; facilidades para coleta e manipulação preparatória de dados e visualização de dados e relatórios. Esta ferramenta foi utilizada de forma integrada com os aplicativos WOMBAT e INTERGEN para a avaliação genética de 5726 codornas de corte, através das metodologias clássica e bayesiana. Os dados utilizados foram coletados de 10 gerações de um programa de melhoramento e referem-se ao pedigree e à característica peso corporal medida em sete idades - um, sete, 14, 21, 28, 35 e 42 dias. Foram realizadas diversas análises unicaracterísticas, relativas às idades avaliadas e a quatro grupos cumulativos de animais formados por 7, 8, 9 e 10 gerações sucessivas. As estimativas resultantes indicam que: a herdabilidade (no sentido restrito) é maior aos 35 dias (h2=0,46 para o grupo completo); há uma leve redução das herdabilidades, para todas as idades, com a agregação das gerações 8, 9 e 10; os componentes de variância apresentam elevado grau de persistência ao acrescentar as novas gerações. As comparações realizadas com os parâmetros genéticos obtidos pelas duas metodologias evidenciam que as mesmas são equivalentes. A abordagem clássica usando a metodologia REML é suficiente para a obtenção de boas estimativas dos parâmetros. |
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2022-12-16T13:30:55Z2022-12-162022-12-16T13:30:55Z2015-04-30MEDEIROS, Gil Carlos Rodrigues. Uma abordagem computacional para estudo comparativo das estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos sob enfoque bayesiano em relação à abordagem clássica por máxima verossimilhança. 2015. 67 f. Tese (Doutorado) - Programa de Pós-Graduação em Zootecnia, Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, 2015.http://guaiaca.ufpel.edu.br/handle/prefix/8830A avaliação genética de animais é fundamentada em métodos analíticos que associam conhecimentos multidisciplinares, principalmente de genética, estatística e computação. Diversos aplicativos de software implementam esses métodos para obtenção de parâmetros genéticos; muitos somente interagem com o usuário através de arquivos de textos e linha de comando. O primeiro objetivo deste trabalho foi dotar o pesquisador com uma plataforma operacional amigável para integrar múltiplos aplicativos de análise de dados em uma única interface gráfica e facilitar a aplicação e a comparação de diferentes metodologias; o segundo foi comparar a aplicação de dois métodos de análise na avaliação genética de codornas, usando as facilidades dessa plataforma. A ferramenta de software foi desenvolvida e está disponível na forma de dois assistentes de operação. As diversas funções oferecidas incluem: uma interface gráfica de usuário, amigável, genérica e configurável, para integração de diferentes aplicativos científicos de análise de dados, atribuindo-lhes maior usabilidade; recursos para organização, execução, catalogação e recuperação de análises; facilidades para coleta e manipulação preparatória de dados e visualização de dados e relatórios. Esta ferramenta foi utilizada de forma integrada com os aplicativos WOMBAT e INTERGEN para a avaliação genética de 5726 codornas de corte, através das metodologias clássica e bayesiana. Os dados utilizados foram coletados de 10 gerações de um programa de melhoramento e referem-se ao pedigree e à característica peso corporal medida em sete idades - um, sete, 14, 21, 28, 35 e 42 dias. Foram realizadas diversas análises unicaracterísticas, relativas às idades avaliadas e a quatro grupos cumulativos de animais formados por 7, 8, 9 e 10 gerações sucessivas. As estimativas resultantes indicam que: a herdabilidade (no sentido restrito) é maior aos 35 dias (h2=0,46 para o grupo completo); há uma leve redução das herdabilidades, para todas as idades, com a agregação das gerações 8, 9 e 10; os componentes de variância apresentam elevado grau de persistência ao acrescentar as novas gerações. As comparações realizadas com os parâmetros genéticos obtidos pelas duas metodologias evidenciam que as mesmas são equivalentes. A abordagem clássica usando a metodologia REML é suficiente para a obtenção de boas estimativas dos parâmetros.The genetic evaluation of animals is based on analytical methods that combine multidisciplinary knowledge, especially genetics, statistics and computer science. Genetic parameters can be obtained by these methods via several software applications; many of which interact with the user only through text files and command line. The first aim of this study was to provide the researcher with a user-friendly operating platform to integrate various data analysis applications in a single graphical interface, assisting and easing the use and comparison of different methodologies; the second was to compare the employment of two analytical methods for the genetic evaluation of quails, using the facilities of this platform. The developed computational tool was set up and is available in the form of two operating assistants. Different functions are offered including: a graphical user interface, friendly, generic and configurable, to integrate different scientific applications of data analysis, giving them increased usability; resources for planning, organizing, executing, registering and recovery of analyses; facilities for data manipulation (collects and preparation) and visualization (input data and reports). This tool was used integrated with the WOMBAT and INTERGEN applications for the genetic evaluation of 5726 quails, through the classical and bayesian methods. Data were collected from 10 generations of a breeding program and refer to body weight measured in seven ages - one, seven, 14, 21, 28, 35 and 42 days - and to pedigree. Univariate analysis were applied to several data sets relative to each age, grouping 7, 8, 9 or 10 successive generations. The estimates indicate that: the heritability (narrow sense) is higher at 35 days (h2 = 0.46 for the full group); there is a slight reduction of heritability for all ages, as the generations 8, 9 and 10 are included; the variance components have a high degree of persistence across generations 7 to 10. It is evidenced by comparisons between the corresponding genetic parameters that both methodologies are equivalent. The classical approach using the REML methodology is satisfactory for obtaining good estimates of the parameters.Sem bolsaporUniversidade Federal de PelotasPrograma de Pós-Graduação em ZootecniaUFPelBrasilFaculdade de Agronomia Eliseu MacielCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIAAmostragem de GibbsAnálise de dadosInferência bayesianaInterface amigávelParâmetros genéticosREMLSoftware científicoUsabilidadeGibbs samplingData analysisBayesian inferenceUser friendly interfaceGenetic parametersScientific softwareUsabilityUma abordagem computacional para estudo comparativo das estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos sob enfoque bayesiano em relação à abordagem clássica por máxima verossimilhançaComputational approach for comparative study of the estimated variance components and genetic parameters using bayesian methods in relation to the classical maximum likelihood methodologyinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesishttp://lattes.cnpq.br/1902527374983785http://lattes.cnpq.br/2694556140624639Barros, Willian Silvahttp://lattes.cnpq.br/3248624160410975Dionello, Nelson José LaurinoMedeiros, Gil Carlos Rodriguesinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFPel - Guaiacainstname:Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)instacron:UFPELTEXTTese_Gil_Carlos_Rodrigues_Medeiros.pdf.txtTese_Gil_Carlos_Rodrigues_Medeiros.pdf.txtExtracted texttext/plain126483http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8830/6/Tese_Gil_Carlos_Rodrigues_Medeiros.pdf.txtff88fa3cac1e14b71354cac78774c1dbMD56open accessTHUMBNAILTese_Gil_Carlos_Rodrigues_Medeiros.pdf.jpgTese_Gil_Carlos_Rodrigues_Medeiros.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1288http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8830/7/Tese_Gil_Carlos_Rodrigues_Medeiros.pdf.jpg105a10e1f7aad4ba0a0d57f606344b05MD57open accessORIGINALTese_Gil_Carlos_Rodrigues_Medeiros.pdfTese_Gil_Carlos_Rodrigues_Medeiros.pdfapplication/pdf965540http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8830/1/Tese_Gil_Carlos_Rodrigues_Medeiros.pdf47428df1f289e146dd06a8f3ac053a8dMD51open accessCC-LICENSElicense_urllicense_urltext/plain; charset=utf-849http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8830/2/license_url924993ce0b3ba389f79f32a1b2735415MD52open accesslicense_textlicense_texttext/html; charset=utf-80http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8830/3/license_textd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD53open accesslicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-80http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8830/4/license_rdfd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD54open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-867http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/8830/5/license.txtfbd6c74465857056e3ca572d7586661bMD55open accessprefix/88302023-07-13 03:17:05.002open accessoai:guaiaca.ufpel.edu.br:prefix/8830VG9kb3Mgb3MgaXRlbnMgZGVzc2EgY29tdW5pZGFkZSBzZWd1ZW0gYSBsaWNlbsOnYSBDcmVhdGl2ZSBDb21tb25zLg==Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufpel.edu.br/oai/requestrippel@ufpel.edu.br || repositorio@ufpel.edu.br || aline.batista@ufpel.edu.bropendoar:2023-07-13T06:17:05Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca - Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)false |
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