Análise de elementos cis-acting em regiões promotoras de genes relacionados com desenvolvimento radicular em arroz (Oryza sativa L.)

• Autor(a) principal: Farias, Daniel da Rosa
• Data de Publicação: 2013
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
• Texto Completo: http://guaiaca.ufpel.edu.br/handle/prefix/3140
• topic: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA; Bioinformática; Raiz; Elementos cis-acting; Arroz; Bioinformatic; Root; Cis-acting element; Rice

As raízes possuem uma grande variedade de funções nas plantas, incluindo absorção de água, nutrientes e suporte estrutural. A combinação de métodos clássicos de genética e melhoramento com tecnologias moleculares de análise genômica abre uma nova perspectiva para a ampliação do conhecimento das bases genéticas e aceleração de programas de melhoramento. A maioria dos conhecimentos sobre as redes gênicas envolvidas no desenvolvimento radicular vem sendo acumuladas na espécie Arabidopsis thaliana, modelo de planta dicotiledônea. O entendimento dos mecanismos envolvidos na regulação da expressão dos genes é essencial para compreender a forma e a função dos sistemas. Os elementos cis-acting são regiões do DNA que atuam como interruptores moleculares envolvidos na regulação da transcrição de uma rede gênica dinâmica. Embora freqüentemente tenham somente cinco a 20 pb de tamanho, os elementos cis-acting são críticos para o entendimento da regulação gênica. O conhecimento destes elementos presentes na região promotora de famílias gênicas, poderá contribuir para a compreensão dos sistemas reguladores da expressão da rede gênica envolvida na formação do sistema radicular. O objetivo desse trabalho é identificar os elementos cis-acting presentes na região promotora de genes de arroz (Oryza sativa subsp japonica cv. Nipponbare) similares aos genes das famílias Argonauta, Cullin e Arade Arabidopsis thaliana. A região promotora dos genes destas famílias no arroz foi investigada quanto à abundância destes elementos. As seqüências foram analisadas utilizando o programa “Signal Scan Search” do portal “Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements” (PLACE) para a identificação dos diferentes elementos cis-acting. Foram detectados 96 diferentes elementos, sendo cinco destes (GAREAT (TAACAAR), TGACGTVMAMY (TGACGT), CCAATBOX1 (CCAAT), LECPLEACS2 (TAAAATAT) e SV40COREENHAN (GTGGWWHG), comuns as famílias gênicas Argonauta, Cullin e Ara.