Abordagens bioinformáticas no estudo pangenômico de Xanthomonas campestris

• Autor(a) principal: Guimarães, Amanda Munari
• Data de Publicação: 2020
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
• Texto Completo: http://guaiaca.ufpel.edu.br/handle/prefix/8767
• topic: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS; Fitopaógeno; Fator de virulência; Genoma núcleo; Genômica microbiana; Phytopathogen; Virulence factor; Core genome; Microbial genomics

Xanthomonas campestris é uma espécie de bactéria fitopatogênica gram-negativa que possui diferentes patovares, os quais apresentam especificidade ao hospedeiro, doença e modo de infecção . Os hospedeiros dessa espécie são de importância econômica, como a uva, couve, pimentão e outras plantas do gênero Brassica . Na presente dissertação, são apresentadas diferentes estratégias de bioinformática na análise genômica dos patovares de X. campestris. Os genomas foram obtidos no banco de dados NCBI, e reanotados estruturalmente utilizando a ferramenta GENIX. A análise de pangenoma foi realizada através do GET_HOMOLOGUES, a qual possibilitou identificar grupos ortólogos, além de estabelecer o core , soft , shell e cloud genoma. A anotação metabólica dos patovares foi realizada utilizando as ferramentas antiSMASH e BlastKoala, bem como os genes diferencialmente distribuídos relacionados a processos de patogenia e fatores de virulência, como efetores TAL, goma xantana e fator DSF foram analisados através do alinhamento de sequências. Sendo assim, através das abordagens bioinformáticas utilizadas neste trabalho, foi possível identificar características genômicas, as quais são relevantes para o entendimento da patogenia de cada patovar, bem como identificar genes com potencial biotecnológico.