Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Freitas, Suzane Fonseca
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
Texto Completo: http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/handle/prefix/10275
Resumo: O jundiá Rhamdia quelen destaca-se como uma espécie nativa de interesse econômico para região sul do Brasil, sendo a mesma apontada como promissora candidata para inserção em programas de melhoramento genético. O sucesso da implementação de programas de melhoramento está embasado na formação da população base, onde deve-se atentar para a variabilidade genética dos plantéis formadores e que normalmente são oriundos de populações selvagens. Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar geneticamente duas populações naturais de jundiás oriundos das lagoas Mirim e Mangueira a fim de subsidiar estudos que visem efetivamente o melhoramento genético desta espécie em questão. Foram capturados 40 animais de cada lagoa, onde foram coletadas duas fontes de material biológico de cada peixe (fragmento de tecido muscular e nadadeira caudal). A extração de DNA genômico foi realizada mediante um protocolo de extração de DNA genômico in house e de baixo custo nas duas populações alvo, bem como aferida a eficiência do protocolo nas duas fontes de material biológico coletadas. Foram selecionados 8 loci microssatélites específicos da espécie para amplificação via PCR, tendo como critério de escolha dos mesmos a existência de motivo de repetição unicamente tetranucleotídeo, seguindo a tendência de análise forense internacional (ISFG), que aponta o motivo como o mais robusto e confiável para análises de cunho genético. O protocolo de extração mostrou-se eficaz para ambas fontes de material biológico, apresentando amostras com DNA integro, sem indicativos de degradação, excesso protéico ou contaminação. De igual forma, os 8 loci selecionados amplificaram para as duas populações de estudo, com amplicons de boa qualidade, sendo os mesmos adequados para utilização como ferramenta na análise genética do jundiá, visando seu melhoramento.
id UFPL_f705a35420646b9816bf7c68b87f1cb7
oai_identifier_str oai:guaiaca.ufpel.edu.br:prefix/10275
network_acronym_str UFPL
network_name_str Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
repository_id_str
spelling 2023-10-09T17:58:28Z2023-10-09T17:58:28Z2017-02-20FREITAS, Suzane Fonseca. Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites. 2017. 82f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) – Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, 2017.http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/handle/prefix/10275O jundiá Rhamdia quelen destaca-se como uma espécie nativa de interesse econômico para região sul do Brasil, sendo a mesma apontada como promissora candidata para inserção em programas de melhoramento genético. O sucesso da implementação de programas de melhoramento está embasado na formação da população base, onde deve-se atentar para a variabilidade genética dos plantéis formadores e que normalmente são oriundos de populações selvagens. Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar geneticamente duas populações naturais de jundiás oriundos das lagoas Mirim e Mangueira a fim de subsidiar estudos que visem efetivamente o melhoramento genético desta espécie em questão. Foram capturados 40 animais de cada lagoa, onde foram coletadas duas fontes de material biológico de cada peixe (fragmento de tecido muscular e nadadeira caudal). A extração de DNA genômico foi realizada mediante um protocolo de extração de DNA genômico in house e de baixo custo nas duas populações alvo, bem como aferida a eficiência do protocolo nas duas fontes de material biológico coletadas. Foram selecionados 8 loci microssatélites específicos da espécie para amplificação via PCR, tendo como critério de escolha dos mesmos a existência de motivo de repetição unicamente tetranucleotídeo, seguindo a tendência de análise forense internacional (ISFG), que aponta o motivo como o mais robusto e confiável para análises de cunho genético. O protocolo de extração mostrou-se eficaz para ambas fontes de material biológico, apresentando amostras com DNA integro, sem indicativos de degradação, excesso protéico ou contaminação. De igual forma, os 8 loci selecionados amplificaram para as duas populações de estudo, com amplicons de boa qualidade, sendo os mesmos adequados para utilização como ferramenta na análise genética do jundiá, visando seu melhoramento.The catfish Rhamdia quelen stands out as a native species of economic interest for the southern region of Brazil, being the same one indicated as promising candidate for insertion in programs of genetic improvement. The success of the implementation of breeding programs is based on the formation of the base population, where one must pay attention to the genetic variability of the breeding stock and which usually come from wild populations. Therefore, the objective of this study was to genetically evaluate two natural populations of catfish from the Mirim and Mangueira lagoons in order to subsidize studies that effectively aim at the genetic improvement of this species. A total of 40 animals were collected from each pond, where two sources of biological material were collected from each fish (fragment of muscle tissue and caudal fin). The extraction of genomic DNA was carried out by means of an in house and low cost genomic DNA extraction protocol in the two target populations, as well as the efficiency of the protocol in the two sources of biological material collected. Eight microsatellite specific loci of the species were selected for PCR amplification, with the criterion of their choice being the existence of a motif of tetranucleotide repeat, following the trend of international forensic analysis (ISFG), which points to the motif as the most robust and reliable for genetic analyzes. The extraction protocol was effective for both sources of biological material, presenting samples with good quality DNA, without indicative of degradation, protein excess or contamination. Likewise, the 8 selected loci amplified for the two study populations, with good quality amplicons, being the same ones suitable for use as a tool in the genetic analysis of catfish, aiming at its improvement.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESporUniversidade Federal de PelotasPrograma de Pós-Graduação em ZootecniaUFPelBrasilCC BY-NC-SAinfo:eu-repo/semantics/openAccessCIENCIAS AGRARIASZOOTECNIAZootecniaPeixes - CriaçãoMelhoramento genéticoJundiá(Peixe)Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélitesGenetic characterization of two populations of Rhamdia quelen through the use of microsatellite markersinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesishttp://lattes.cnpq.br/8982102154251619http://lattes.cnpq.br/2694556140624639Dionello, Nelson José LaurinoFreitas, Suzane Fonsecareponame:Repositório Institucional da UFPel - Guaiacainstname:Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)instacron:UFPELORIGINALdissertacao_suzane_freitas.pdfdissertacao_suzane_freitas.pdfapplication/pdf1162016http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/10275/1/dissertacao_suzane_freitas.pdf0dd6598d204e85fdd5ee9c3131c9292dMD51open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-867http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/10275/2/license.txtfbd6c74465857056e3ca572d7586661bMD52open accessTEXTdissertacao_suzane_freitas.pdf.txtdissertacao_suzane_freitas.pdf.txtExtracted texttext/plain121580http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/10275/3/dissertacao_suzane_freitas.pdf.txt199e103a6c771cf7de67678e2b4052ceMD53open accessTHUMBNAILdissertacao_suzane_freitas.pdf.jpgdissertacao_suzane_freitas.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1187http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/10275/4/dissertacao_suzane_freitas.pdf.jpg8ce792fe726c4e620d12948b67d64eb9MD54open accessprefix/102752023-10-10 03:02:09.187open accessoai:guaiaca.ufpel.edu.br:prefix/10275VG9kb3Mgb3MgaXRlbnMgZGVzc2EgY29tdW5pZGFkZSBzZWd1ZW0gYSBsaWNlbsOnYSBDcmVhdGl2ZSBDb21tb25zLg==Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufpel.edu.br/oai/requestrippel@ufpel.edu.br || repositorio@ufpel.edu.br || aline.batista@ufpel.edu.bropendoar:2023-10-10T06:02:09Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca - Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites
dc.title.alternative.pt_BR.fl_str_mv Genetic characterization of two populations of Rhamdia quelen through the use of microsatellite markers
title Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites
spellingShingle Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites
Freitas, Suzane Fonseca
CIENCIAS AGRARIAS
Zootecnia
Peixes - Criação
Melhoramento genético
Jundiá(Peixe)
ZOOTECNIA
title_short Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites
title_full Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites
title_fullStr Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites
title_full_unstemmed Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites
title_sort Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites
author Freitas, Suzane Fonseca
author_facet Freitas, Suzane Fonseca
author_role author
dc.contributor.authorLattes.pt_BR.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/8982102154251619
dc.contributor.advisorLattes.pt_BR.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/2694556140624639
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Dionello, Nelson José Laurino
dc.contributor.author.fl_str_mv Freitas, Suzane Fonseca
contributor_str_mv Dionello, Nelson José Laurino
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CIENCIAS AGRARIAS
topic CIENCIAS AGRARIAS
Zootecnia
Peixes - Criação
Melhoramento genético
Jundiá(Peixe)
ZOOTECNIA
dc.subject.por.fl_str_mv Zootecnia
Peixes - Criação
Melhoramento genético
Jundiá(Peixe)
dc.subject.cnpq1.pt_BR.fl_str_mv ZOOTECNIA
description O jundiá Rhamdia quelen destaca-se como uma espécie nativa de interesse econômico para região sul do Brasil, sendo a mesma apontada como promissora candidata para inserção em programas de melhoramento genético. O sucesso da implementação de programas de melhoramento está embasado na formação da população base, onde deve-se atentar para a variabilidade genética dos plantéis formadores e que normalmente são oriundos de populações selvagens. Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar geneticamente duas populações naturais de jundiás oriundos das lagoas Mirim e Mangueira a fim de subsidiar estudos que visem efetivamente o melhoramento genético desta espécie em questão. Foram capturados 40 animais de cada lagoa, onde foram coletadas duas fontes de material biológico de cada peixe (fragmento de tecido muscular e nadadeira caudal). A extração de DNA genômico foi realizada mediante um protocolo de extração de DNA genômico in house e de baixo custo nas duas populações alvo, bem como aferida a eficiência do protocolo nas duas fontes de material biológico coletadas. Foram selecionados 8 loci microssatélites específicos da espécie para amplificação via PCR, tendo como critério de escolha dos mesmos a existência de motivo de repetição unicamente tetranucleotídeo, seguindo a tendência de análise forense internacional (ISFG), que aponta o motivo como o mais robusto e confiável para análises de cunho genético. O protocolo de extração mostrou-se eficaz para ambas fontes de material biológico, apresentando amostras com DNA integro, sem indicativos de degradação, excesso protéico ou contaminação. De igual forma, os 8 loci selecionados amplificaram para as duas populações de estudo, com amplicons de boa qualidade, sendo os mesmos adequados para utilização como ferramenta na análise genética do jundiá, visando seu melhoramento.
publishDate 2017
dc.date.issued.fl_str_mv 2017-02-20
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2023-10-09T17:58:28Z
dc.date.available.fl_str_mv 2023-10-09T17:58:28Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv FREITAS, Suzane Fonseca. Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites. 2017. 82f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) – Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, 2017.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/handle/prefix/10275
identifier_str_mv FREITAS, Suzane Fonseca. Caracterização genética de duas populações de Rhamdia quelen através da utilização de marcadores microssatélites. 2017. 82f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) – Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, 2017.
url http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/handle/prefix/10275
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv CC BY-NC-SA
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv CC BY-NC-SA
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Pelotas
dc.publisher.program.fl_str_mv Programa de Pós-Graduação em Zootecnia
dc.publisher.initials.fl_str_mv UFPel
dc.publisher.country.fl_str_mv Brasil
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Pelotas
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
instname:Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)
instacron:UFPEL
instname_str Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)
instacron_str UFPEL
institution UFPEL
reponame_str Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
collection Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
bitstream.url.fl_str_mv http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/10275/1/dissertacao_suzane_freitas.pdf
http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/10275/2/license.txt
http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/10275/3/dissertacao_suzane_freitas.pdf.txt
http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/10275/4/dissertacao_suzane_freitas.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 0dd6598d204e85fdd5ee9c3131c9292d
fbd6c74465857056e3ca572d7586661b
199e103a6c771cf7de67678e2b4052ce
8ce792fe726c4e620d12948b67d64eb9
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca - Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)
repository.mail.fl_str_mv rippel@ufpel.edu.br || repositorio@ufpel.edu.br || aline.batista@ufpel.edu.br
_version_ 1813710147194716160