Estudo do conteúdo dos retroelementos Lines (Long Interspersed Nuclear Element) no genoma de anuros

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Gama, Joana de Moura, 1993-
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
Texto Completo: https://hdl.handle.net/1884/73550
Resumo: Orientador: Prof. Dr. Daniel Pacheco Bruschi
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spelling Gama, Joana de Moura, 1993-Ludwig, AdrianaUniversidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em GenéticaBruschi, Daniel Pacheco, 1987-2022-03-09T19:59:51Z2022-03-09T19:59:51Z2020https://hdl.handle.net/1884/73550Orientador: Prof. Dr. Daniel Pacheco BruschiCoorientadora: Profª. Drª. Adriana LudwigDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa : Curitiba, 23/03/2020Inclui referências: p. 92-98Resumo: Elementos de transposição são sequências repetitivas com importante papel na evolução e funcionamento dos genomas. Existem poucos estudos que combinem Citogenética e Genômica (em citogenômica) em anuros, principalmente envolvendo essas sequências e seu mapeamento nos cromossomos. O objetivo desse trabalho foi estudar o conteúdo de retroelementos do tipo LINE no genoma de anuros, com enfoque na espécie Pipa carvalhoi, uma espécie endêmica da Mata Atlântica pertencente à família Pipidae. A presença dos elementos do tipo LINE, com foco especial nos elementos genericamente nomeados Rex (Rex1, Rex3, Rex5 e Rex 6), foi investigada por BLAST no genoma dos anuros e as cópias encontradas foram caracterizadas quanto a presença de fases abertas de leitura e domínios. O domínio da transcriptase reversa foi utilizado para acessar as relações evolutivas dessas sequências. A análise dessas sequências. identificou quatro grupos distintos, que correspondem aos elementos classificados na literatura como Rex1 - grupo Rex1, Rex3 - grupo RTE, Rex5 - grupo L2 e Rex6 - grupo R4. De forma geral, foi possível ter um panorama da presença desses elementos em anuros, sendo que eles parecem ser muito antigos nos genomas de vertebrados, com diversidade de cópias já em espécies ancestrais, porém ondas de retrotransposição devem ter ocorrido mais recentemente, como para os elementos Rex1 e L2 de P. carvalhoi. Ainda, perdas secundárias independentes de alguns elementos devem ter acontecido em algumas espécies para explicar a sua distribuição. Um possível evento de transferência horizontal de um elemento do grupo RTE entre P. carvalhoi e Helobdella robusta (hirudínea) foi testado pela comparação da taxa de substituição sinônima das cópias do elemento e de genes constitutivos das espécies hospedeiras, indicando a não ocorrência desse evento de TH. Além disso, os elementos Rex1 e RTE foram mapeados nos cromossomos dos anuros P. carvalhoi e Xenopus tropicalis, pela primeira vez, através da técnica de Hibridação in situ fluorescente. Sinais de hibridação do elemento Rex1 foram detectados apenas nos cromossomos 3, 6, 7 e 10 de P. carvalhoi, em regiões heterocromáticas e associados com motivos de microssatélites (CA)15, (GA)15, (GATA)8, (CGC)10 e (CAG)10, já reportados em outros trabalho. Nesse trabalho, foram estudados pela primeira vez o conteúdo de retroelementos LINEs no genoma de anuros, gerando informações básicas sobre a distribuição e evolução desses elementos que podem contribuir para o entendimento do papel dessas sequências na evolução e diversificação desses genomas.Abstract: Transposable elements are repetitive sequences with an important role in the evolution and functioning of genomes and compose about 30% of the anuran genomes. There are few cytogenomics studies in anurans, specially involving these sequences and their physical mapping on chromosomes. The goal of this work was to study the content of LINE retroelements in the anuran genome, mainly in Pipa carvalhoi, an endemic species of the Atlantic Forest belonging to the Pipidae family. The presence of LINE elements, with focus in those generically named Rex (Rex1, Rex3, Rex5 and Rex 6), was investigated with BLAST searches in the anuran genomes available. The copies were characterized for the presence of open reading frames and domains. The domain of reverse transcriptase was used to access the phylogenetic relationships of these sequences. Our results corroborate the idea that elements called Rex belong to different clades/superfamilies (Rex1 - clade Rex1, Rex3 - clade RTE, Rex5 - clade L2 and Rex6 - clade R4). In general, it was possible to obtain an overview of the presence of these elements in anurans. Theyappear to be very old in the vertebrate genomes, with a diversity of copies already existing in ancestral species; however, waves of retrotransposition also occurred more recently, as suggested for the elements Rex1 and L2 of P. carvalhoi. Also, independent secondary losses of some elements must have occurred in some lineages to explain their distribution. A possible event of horizontal transfer of an RTE element between P. carvalhoi and Helobdella robusta (Hirudinea) was tested by comparing the rate of synonymous substitution of the RTE copies and host species constitutive genes, indicating was not possible a horizontal transfer of this element. Also, Rex1 and RTE were mapped on the chromosomes of the P. carvalhoi and X. tropicalis for the first time, using the fluorescent in situ hybridization technique. Hybridization signals for the Rex1 element were detected only on chromosomes 3, 6, 7 and 10 of P. carvalhoi, in heterochromatic regions and associated with microsatellite motifs (CA)15, (GA)15, (GATA)8, (CGC )10 and (CAG)10. In this work, the content of LINE retroelements was studied in the anuran genome for the first time, generating basic information about the distribution and evolution of these elements contributing to the understanding of the role of these sequences in the evolution and diversification of these genomes.1 arquivo (98 p.) : il.application/pdfAnurosGenomasRetroelementosAnfibio - Mata AtlânticaGenéticaEstudo do conteúdo dos retroelementos Lines (Long Interspersed Nuclear Element) no genoma de anurosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - D - JOANA DE MOURA GAMA.pdfapplication/pdf9709457https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/73550/1/R%20-%20D%20-%20JOANA%20DE%20MOURA%20GAMA.pdfde7b8e13cfd1a671f186cc7c33b744c8MD51open access1884/735502022-03-09 16:59:51.52open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/73550Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082022-03-09T19:59:51Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
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