Montagem e análise preliminar do genoma de Bradyrhizobium elkanii 587 utilizando leituras de sequências de DNA curtas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Tieppo, Eduardo
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1884/25639
Resumo: Resumo: A fixação biológica de nitrogênio é um processo essencial para a vida na Terra e é realizada apenas por procariotos. Entre os fixadores de nitrogênio, as bactérias da ordem Rhizobiales são capazes de formar simbiose com leguminosas utilizadas na alimentação humana e animal, como soja e feijão. Nesta associação, a bactéria sofre diferenciação para uma forma bacterióide e ocupa um órgão específico, chamado de nódulo, onde ocorre a fixação de nitrogênio fornecendo os nutrientes necessários à planta. Em termos econômicos, associação de soja e Bradyrhizobium é a mais importante deste tipo de simbiose, representando uma economia estimada para os agricultores brasileiros de cerca de 1,7 bilhão de dólares por ano. Neste estudo, foi obtida a sequência preliminar do genoma de Bradyrhizobium elkanii estirpe 587, utilizada como inoculante para soja no Brasil. Cerca de 6 milhões de leituras Illumina-Solexa, representando uma profundidade de cobertura entre 28x e 32x, foram montadas usando o montador Velvet. Além disso, aproximadamente 40 mil leituras Sanger (profundidade de cobertura entre 4x e 5x) foram montadas com o montador Phrap. Os scaffolds produzidos pelo montador Velvet foram alinhados utilizando o programa MUMmer e o genoma de Bradyrhizobium japonicum USDA 110 como referência. Finalmente, as falhas foram fechadas manualmente utilizando Consed. Palavras-
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