Análise da expressão gênica em um modelo de rede de estabilidade genômica em câncer colorretal e doenças associadas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Borba, Marthin Silveira
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
Texto Completo: https://hdl.handle.net/1884/56956
Resumo: Orientador: Prof. Dr. Mauro A. Alves Castro
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spelling Borba, Marthin SilveiraUniversidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em BioinformáticaCastro, Mauro Antônio Alves2018-08-16T17:55:06Z2018-08-16T17:55:06Z2016https://hdl.handle.net/1884/56956Orientador: Prof. Dr. Mauro A. Alves CastroDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa : Curitiba, 23/02/2017Inclui referências: p.58-64Resumo: A perda da estabilidade genômica aliada a degradação das estruturas gênicas é um dos vários aspectos importantes na evolução do câncer. Os mecanismos celulares de manutenção e estabilidade do genoma são responsáveis pela integridade e pelo funcionamento correto da célula. Eles são compostos por vias genéticas que incluem checkpoints do ciclo celular, o reparo e recombinação do DNA, a morte celular programada (apoptose), entre outros. O câncer de colorretal é um exemplo de cancro com origem multifatorial, e surge por consequência do acúmulo de alterações genéticas e alterações somáticas, onde as células epiteliais do cólon e do reto se diferenciam em células de adenocarcinomas e posteriormente em carcinomas. O entendimento desta progressão é de substancial importância para identificar as causas da instabilidade cromossômica em células colorretais e para determinar os efeitos das diferentes formas de instabilidade genômica no comportamento biológico e clínico de tumores de cólon. O objetivo desse trabalho é observar a atividade nas vias compostas pelos genes de estabilidade e manutenção do genoma em diferentes tipos de fenótipos relacionados com o desenvolvimento do câncer colorretal. A base Ontocancro 2.0 foi utilizada para a construção de uma rede representativa de interação protéica, contento, as vias de manutenção e estabilidade do genoma. O banco de dados GEO (Gene Expression Omnibus), foi utilizado para análise de expressão diferencial da rede em amostras relacionadas tanto com tecido normal como neoplásico. A ferramenta de visualização ©Viacomplex foi utilizada para análise de expressão diferencial da rede, e o método de GSEA (Gene Set Enrichment Analysis) para confirmação estatística dos dados obtidos na análise de expressão diferencial. A análise de expressão diferencial da rede representativa das vias envolvidas no processo de estabilidade do genoma, juntamente com a análise estatística permitiu avaliar como diferentes tipos de lesões, malignas ou benignas, estão envolvidas com o desenvolvimento do câncer de colorretal. Palavras-chave: Câncer colorretal. Estabilidade genômica. Biologia de sistemas.Abstract: The loss of genomic stability coupled with of gene degradation structures is one of the several important aspects in evolution of cancer. Cellular maintenance mechanisms and stability of the genome are responsible for the integrity and correct cell functioning. These genetic pathways are composed of cell cycle checkpoints, DNA repair and recombination, programmed cell death (apoptosis), among others. Colorectal cancer is an example of cancer with a multifactorial origins, and arises from the accumulation of genetic alterations, and also by sporadic alterations, where the epithelial cells of the colon and the rectum become into adenocarcinoma cells and later carcinomas. Genetic changes resulting from loss of stability are important pathogenic and molecular steps that occur early in tumorigenesis, allowing changes in tumor suppressor genes and oncogenes, transforming cells and promoting tumor progression. Cancer progression understanding is substantial to identify the causes of chromosomal instability in colorectal cells and to determine the effects of different genomic instability forms on the biological and clinical behavior of colon tumors. The main goal was to observe the activity in the pathways composed by the genes of stability and maintenance in different fenotypes related to the development of colorectal cancer. Public data from the Ontocancro 2.0 database were used to construct a protein interaction network representing maintenance and stability pathways of the genome. Microarray data from Gene Expression Omnibus (GEO) database were used in this network model to differential expression analysis, using related samples both in normal as neoplastic tissue. The ©Viacomplex, tool for expression visualization by landscape, was used in the network differential expression analysis, and the GSEA (Gene Set Enrichment Analysis) method for statistical validation in obtained data. The network differential expression analysis of the pathways involved in genome stability and the statistical analysis allowed to evaluate how different types of lesions, malignant or benign, are involved in colorectal cancer development. Key words: Colorectal cancer. Genomic stability. System Biology.90 p. : il.application/pdfExpressão gênicaColon (Anatomia) - CancerBioinformáticaAnálise da expressão gênica em um modelo de rede de estabilidade genômica em câncer colorretal e doenças associadasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - D - MARTHIN SILVEIRA BORBA.pdfapplication/pdf3458736https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/56956/1/R%20-%20D%20-%20MARTHIN%20SILVEIRA%20BORBA.pdf6d36715e4386f3ed94e470bcec1e12e9MD51open access1884/569562018-08-16 14:55:06.136open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/56956Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082018-08-16T17:55:06Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
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