Análise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeiras

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Stabach, Carolini Gremski
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1884/43247
Resumo: Orientadora : Profª Drª Roseli Wassem
id UFPR_952a99254603c671892e4ec6ab1f8825
oai_identifier_str oai:acervodigital.ufpr.br:1884/43247
network_acronym_str UFPR
network_name_str Repositório Institucional da UFPR
repository_id_str 308
spelling Stabach, Carolini GremskiBonatto, Ana ClaudiaUniversidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em GenéticaWassem, Roseli2016-06-22T20:56:15Z2016-06-22T20:56:15Z2016http://hdl.handle.net/1884/43247Orientadora : Profª Drª Roseli WassemCo-orientadora : Profª Drª Ana Claudia BonattoDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 30/03/2016Inclui referências : f. 95-111Área de concentraçãoResumo: Sinorhizobium fredii NGR234 é um microrganismo capaz de fixar nitrogênio e é considerado um organismo modelo para estudos envolvendo interação simbiótica, devido a diversos trabalhos realizados com essa estirpe e ao conhecimento que se tem acerca de seu genoma. As interações planta-bactéria são consequência da troca de sinais moleculares específicos entre as espécies, de forma coordenada e integrada. Conhecer, a nível molecular e genético, as mudanças que ocorrem no metabolismo desses organismos, além da regulação de sinais e a expressão diferencial de genes quando o rizóbio se encontra sob diferentes condições é de grande importância para o processo de simbiose. Com o intuito de identificar diferenças no processo de interação entre S. fredii NGR234 e Phaseolus vulgaris, Tephrosia vogelii e Vigna unguiculata, foi analisado o transcriptoma de NGR234 através de RNA-Seq buscando os genes diferencialmente expressos. A confirmação de alguns genes que se mostraram diferenciais foi realizada através de RT-qPCR e de fusão transcricional a gene repórter (gfp) para observação de fluorescência em cortes de nódulos utilizando microscopia confocal. Além disso, esses genes foram analisados, com a finalidade de indicar as vias metabólicas e processos celulares de S. fredii NGR234 que esses genes pertencem, e assim, discutir a nível gênico as causas e consequências dessas diferenças. Como resultado, um pequeno número de genes diferencialmente expressos foi associado com o tipo de nódulo (determinado ou indeterminado), e várias evidências confirmaram que uma melhor fixação de nitrogênio ocorre em T. vogelii e em V. unguiculata. Os genes que compõem os operons do sistema de secreção tipo três (TTSS) e de síntese de lipopolissacarídeos ricos em ramnose foram mais expressos nos bacteroides de P. vulgaris e T. vogelii, em relação aos de V. unguiculata. Além das análises de genes diferencialmente expressos, uma análise preliminar de identificação de ncRNAs também foi realizada, já que nessa espécie não existe um amplo conhecimento acerca dos ncRNAs presentes em seu genoma. De um modo geral, esse trabalho gerou um conjunto de dados que poderá ser utilizado como referência para futuras investigações e estudos de vias e sistemas envolvidos na simbiose. Esses estudos serão importantes para um entendimento mais específico do processo de nodulação.Abstract: Sinorhizobium fredii NGR234 is a microorganism that is able to fix nitrogen. It is considered a model organism in studies involving symbiotic interaction due to extensive research with this strain and what is known about its genome. Plant-bacteria interactions are a result of the exchange of specific molecular signals between species, in a coordinated and integrated way. The information about molecular and genetic changes that occur in the metabolism of these organisms, the signaling regulation, and the differential expression when the Rhizobium is under different conditions is of great importance in the process of symbiosis. In order to identify differences in the interaction process between S. fredii NGR234 and Phaseolus vulgaris, Tephrosia vogelii and Vigna unguiculata, the NGR234 transcriptome was analyzed using RNA-Seq, seeking differentially expressed genes. Confirmation of genes that seemed differential was performed by RT-qPCR and by confocal microscopy with transcriptional fusion with gfp as reporter gene. In addition, these genes were analyzed in order to recognize the S. fredii NGR234 metabolic pathways and cellular processes in which they take part, and thus discuss the causes and consequences of these differences. As a result, a small number of differentially expressed genes was associated with the type of nodule (determinate or indeterminate), and multiple lines of evidence confirmed that better nitrogen fixation occurs in T. vogelii and V. unguiculata. The genes present in the operons of the Type Three Secretion System (TTSS) and the synthesis of lipopolysaccharides rich in rhamnose were more expressed in P. vulgaris and T. vogelii bacteroids when compared to V. unguiculata. ncRNAs preliminary analysis was also performed, since there is no extensive knowledge about the ncRNAs that are present in the S. fredii NGR234 genome. Overall, this study has generated a data set which can be used as reference for future research and studies of the pathways and systems involved in symbiosis. These studies will be important for a more specific understanding of the nodulation process.133 f. : il., algumas color.application/pdfDisponível em formato digitalMicroorganismosPlantas hospedeirasAnálise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeirasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - D - CAROLINI GREMSKI STABACH.pdfapplication/pdf3314232https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/43247/1/R%20-%20D%20-%20CAROLINI%20GREMSKI%20STABACH.pdf6656d9ea884a67e1f7ceda19675d2e7cMD51open accessTEXTR - D - CAROLINI GREMSKI STABACH.pdf.txtR - D - CAROLINI GREMSKI STABACH.pdf.txtExtracted Texttext/plain276445https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/43247/2/R%20-%20D%20-%20CAROLINI%20GREMSKI%20STABACH.pdf.txtf1688179b6b89a4e8cdd3cb065856024MD52open accessTHUMBNAILR - D - CAROLINI GREMSKI STABACH.pdf.jpgR - D - CAROLINI GREMSKI STABACH.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1253https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/43247/3/R%20-%20D%20-%20CAROLINI%20GREMSKI%20STABACH.pdf.jpg7f08ea5f2f604a6ea05a7d220690718bMD53open access1884/432472016-06-23 03:04:23.694open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/43247Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082016-06-23T06:04:23Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
dc.title.none.fl_str_mv Análise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeiras
title Análise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeiras
spellingShingle Análise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeiras
Stabach, Carolini Gremski
Microorganismos
Plantas hospedeiras
title_short Análise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeiras
title_full Análise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeiras
title_fullStr Análise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeiras
title_full_unstemmed Análise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeiras
title_sort Análise de expressão diferencial de Sinorhizobium fredii NGR234 em nódulos de diferentes plantas hospedeiras
author Stabach, Carolini Gremski
author_facet Stabach, Carolini Gremski
author_role author
dc.contributor.other.none.fl_str_mv Bonatto, Ana Claudia
Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Genética
dc.contributor.author.fl_str_mv Stabach, Carolini Gremski
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Wassem, Roseli
contributor_str_mv Wassem, Roseli
dc.subject.por.fl_str_mv Microorganismos
Plantas hospedeiras
topic Microorganismos
Plantas hospedeiras
description Orientadora : Profª Drª Roseli Wassem
publishDate 2016
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2016-06-22T20:56:15Z
dc.date.available.fl_str_mv 2016-06-22T20:56:15Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2016
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/1884/43247
url http://hdl.handle.net/1884/43247
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv Disponível em formato digital
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 133 f. : il., algumas color.
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFPR
instname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron:UFPR
instname_str Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron_str UFPR
institution UFPR
reponame_str Repositório Institucional da UFPR
collection Repositório Institucional da UFPR
bitstream.url.fl_str_mv https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/43247/1/R%20-%20D%20-%20CAROLINI%20GREMSKI%20STABACH.pdf
https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/43247/2/R%20-%20D%20-%20CAROLINI%20GREMSKI%20STABACH.pdf.txt
https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/43247/3/R%20-%20D%20-%20CAROLINI%20GREMSKI%20STABACH.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 6656d9ea884a67e1f7ceda19675d2e7c
f1688179b6b89a4e8cdd3cb065856024
7f08ea5f2f604a6ea05a7d220690718b
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1813898756260626432

Registros relacionados