Perfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmico

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Alves, Sara Cristina Lobo
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
Texto Completo: https://hdl.handle.net/1884/78646
Resumo: Orientadora: Profaª Drª Maria Luiza Petzl-Erler.
id UFPR_d6ed313743de740201d9c409229ea24f
oai_identifier_str oai:acervodigital.ufpr.br:1884/78646
network_acronym_str UFPR
network_name_str Repositório Institucional da UFPR
repository_id_str 308
spelling Alves, Sara Cristina LoboAlmeida, Rodrigo Coutinho deIbrahim, SalehUniversidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em GenéticaPetzl-Erler, Maria Luiza, 1953-2022-09-22T12:56:16Z2022-09-22T12:56:16Z2019https://hdl.handle.net/1884/78646Orientadora: Profaª Drª Maria Luiza Petzl-Erler.Coorientadores: Dr. Rodrigo Coutinho de Almeida e Prof. Dr. Saleh Ibrahim.Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa : Curitiba, 26/04/2019.Inclui referências: p. 91-100.Resumo: Nas últimas décadas, o uso de técnicas de sequenciamento em larga escala adicionou informações valiosas sobre a complexidade do genoma humano e de sequências não codificantes nele presentes. Por muito tempo uma porção considerável do genoma foi considerada DNA lixo por não codificar proteína, porém, estudos demonstraram que parte significativa do DNA é transcrita, mas não traduzida, e que muitos desses transcritos são importantes em processos essenciais às células. Entre eles estão os RNAs longos não codificadores (lncRNAs) que têm se destacado funcionalmente na regulação da expressão gênica. Compreender melhor a multiplicidade funcional do genoma contribui para o avanço no entendimento de doenças complexas nas quais fatores genéticos têm efeito. O pênfigo foliáceo (PF) é uma doença autoimune da pele na qual há a formação de autoanticorpos contra a desmogleína 1, uma proteína constituinte dos desmossomos responsáveis pela adesão entre queratinócitos. O PF se caracteriza pelo desprendimento da camada superior do epitélio, com formação de bolhas e erosões na pele. É uma doença em cuja patogênese atuam fatores ambientais e genéticos, e é endêmica em certas regiões geográficas do mundo, sendo o Brasil o país em que atinge sua maior incidência. Neste trabalho utilizamos duas abordagens principais com o objetivo de contribuir para uma melhor compreensão da patogênese do pênfigo foliáceo endêmico (PFE): uma, de análise de associação genética com polimorfismos de RNAs longos não codificadores (lncRNAs) e outra, de expressão diferencial em nível de RNA. Primeiramente investigamos a existência de associação entre 2.080 polimorfismos de um único nucleotídeo (SNPs) localizados em genes de lncRNAs e o PFE, a fim de descrevermos variantes de predisposição à doença. Encontramos um SNP associado, rs7144332 localizado no lncRNA AL110292.1, e outros cinco SNPs sugestivos de associação, os quais podem alterar a função de lncRNAs e influenciar a susceptibilidade ao PFE. Na segunda abordagem, realizamos o sequenciamento de RNA (RNA-seq) de células T CD4+ de pacientes de PFE e de indivíduos sem a doença com o objetivo de descrever o perfil de mRNAs e lncRNAs com expressão alterada na condição de doença. Identificamos 324 genes diferencialmente expressos, entre esses, 32 genes de lncRNAs. Vários desses genes têm funções na resposta imune e inflamatória, e alguns deles já haviam sido encontrados diferencialmente expressos em PF em uma análise de microarranjo feita anteriormente. Por meio da técnica de PCR quantitiva (qPCR) validamos a diferença de expressão encontrada para os genes LEF1-AS1, IL18RAP, GNLY e S1PR5 em células T CD4+. Também avaliamos a expressão dos mesmos genes em células B de pacientes e controles, sendo que IL18RAP, GNLY e S1PR5 foram detectados diferencialmente expressos. Desta maneira, foi possível corroborar a participação de diversos genes codificadores e não codificadores de proteína no desencadeamento e/ou manutenção do PFE, além de apontar outros genes nunca antes implicados no pênfigo. Tais genes se destacam como candidatos interessantes para estudos posteriores, e podem tornar-se potenciais alvos terapêuticos em PF.Abstract: In recent decades, the use of large-scale sequencing techniques has added valuable insights into the complexity of the human genome and the non-coding sequences present in it. For a long time, a considerable portion of the genome was considered junk DNA because it did not encode protein. However, studies have shown that a significant part of DNA is transcribed but not translated, and many of these transcripts are important in processes essential to cells. Among them are the long non-coding RNAs (lncRNAs) that have been functionally prominent in the regulation of gene expression. Better understanding of the functional multiplicity of the genome contributes to advancing the understanding of complex diseases in which genetic factors have an effect. Pemphigus foliaceus (PF) is an autoimmune disease of the skin in which there is the formation of autoantibodies against desmoglein 1, a protein constituent of the desmosomes responsible for adhesion between keratinocytes. PF is characterized by the detachment of the upper epithelial layer, with formation of blisters and erosions on the skin. It is a disease whose pathogenesis affects environmental and genetic factors and is endemic in certain geographic regions of the world. Brazil is the country where it reaches its highest incidence. In this work we used two main approaches with the aim of contributing to a better understanding of the pathogenesis of endemic pemphigus foliaceus (EPF): genetic association analysis with polymorphisms of long non-coding RNAs (lncRNAs) and differential expression analysis at the RNA level. We first investigated the association between 2,080 single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in lncRNAs genes and EPF, in order to describe variants of predisposition to the disease. We found one associated SNP, rs7144332 located in the lncRNA AL110292.1, and other five SNPs suggestive of association, which may alter the function of lncRNAs and influence the susceptibility to EPF. In the second approach, we performed RNA sequencing (RNAseq) of CD4+ T cells from EPF patients and individuals without the disease aiming to describe the profile of mRNAs and lncRNAs whose expression is altered in the disease condition. We identified 324 differentially expressed genes, among them, 32 lncRNA genes. Several of these genes have functions in the immune and inflammatory response and some of them had previously been found differentially expressed in EPF by microarray analysis. Using the quantitative PCR technique (qPCR) we validate the expression difference found for the LEF1-AS1, IL18RAP, GNLY and S1PR5 genes in CD4+ T cells. We also evaluated the expression of the same genes in patients and controls B cells, and IL18RAP, GNLY and S1PR5 were detected differentially expressed. In this way, it was possible to corroborate the participation of several protein-coding and non-coding genes of in the onset and/or maintenance of EPF, and to point out genes never previously implicated in pemphigus. Such genes stand out as interesting candidates for further studies, and may become potential therapeutic targets in PF.1 recurso online : PDF.application/pdfPenfigoCiências biológicasÁcido ribonucleicoDNAPerfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmicoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - T - SARA CRISTINA LOBO ALVES.pdfapplication/pdf3684172https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/78646/1/R%20-%20T%20-%20SARA%20CRISTINA%20LOBO%20ALVES.pdfc8f01597b9f2afac308d0d0a71642564MD51open access1884/786462022-09-22 09:56:16.392open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/78646Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082022-09-22T12:56:16Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Perfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmico
title Perfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmico
spellingShingle Perfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmico
Alves, Sara Cristina Lobo
Penfigo
Ciências biológicas
Ácido ribonucleico
DNA
title_short Perfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmico
title_full Perfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmico
title_fullStr Perfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmico
title_full_unstemmed Perfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmico
title_sort Perfil de expressão de RNAs e polimorfismo de IncRNAs no pênfigo foliáceo endêmico
author Alves, Sara Cristina Lobo
author_facet Alves, Sara Cristina Lobo
author_role author
dc.contributor.other.pt_BR.fl_str_mv Almeida, Rodrigo Coutinho de
Ibrahim, Saleh
Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Genética
dc.contributor.author.fl_str_mv Alves, Sara Cristina Lobo
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Petzl-Erler, Maria Luiza, 1953-
contributor_str_mv Petzl-Erler, Maria Luiza, 1953-
dc.subject.por.fl_str_mv Penfigo
Ciências biológicas
Ácido ribonucleico
DNA
topic Penfigo
Ciências biológicas
Ácido ribonucleico
DNA
description Orientadora: Profaª Drª Maria Luiza Petzl-Erler.
publishDate 2019
dc.date.issued.fl_str_mv 2019
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2022-09-22T12:56:16Z
dc.date.available.fl_str_mv 2022-09-22T12:56:16Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/1884/78646
url https://hdl.handle.net/1884/78646
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 1 recurso online : PDF.
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFPR
instname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron:UFPR
instname_str Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron_str UFPR
institution UFPR
reponame_str Repositório Institucional da UFPR
collection Repositório Institucional da UFPR
bitstream.url.fl_str_mv https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/78646/1/R%20-%20T%20-%20SARA%20CRISTINA%20LOBO%20ALVES.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv c8f01597b9f2afac308d0d0a71642564
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1813898697901080576

Registros relacionados