JMSA : Java Mass Spectrometry Analyzer: ferramenta para gerenciamento e análise de banco de espectros de massa para identificação de microrganismos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Cunico, Malton William Machado
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFPR
Texto Completo: http://hdl.handle.net/1884/48360
Resumo: Orientador : Prof. Dr. Leonardo Magalhães Cruz
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spelling Cunico, Malton William MachadoHuergo, Luciano FernandesUniversidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em BioinformáticaCruz, Leonardo Magalhães2017-08-17T12:01:40Z2017-08-17T12:01:40Z2017http://hdl.handle.net/1884/48360Orientador : Prof. Dr. Leonardo Magalhães CruzCoorientador : Prof. Dr. Luciano Fernandes HuergoDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 10/03/2017Inclui referências : f. 50-52Resumo: A utilização da espectrometria de massa MALDI-TOF permite a identificação de microrganismos através da geração de espectros de massa, representando um perfil característico de sinais obtidos a partir de peptídeos ionizados de células inteiras ou extratos celulares. A comparação de espectros de massa obtidos de microrganismos desconhecidos contra um banco de dados de espectros de massa para microrganismos conhecidos, permite sua identificação. Essa utilização permite o usufruto de algumas vantagens frente a algumas limitações da técnica padrão, tal como agilidade na análise e redução de custos. Entretanto, faltam alternativas gratuitas aos softwares proprietários capazes de suprir características chaves na análise dos dados extraídos por tal técnica. Para auxiliar nessa análise nós criamos o JMSA, que é uma ferramenta de análise dos picos de um espectro de massa. O JMSA é capaz de facilitar a visualização comparativa, incluir dados descritivos de amostras. O JMSA também pode executar uma comparação de similaridade entre espectros selecionados. Desta forma o programa foi capaz de identificar um espectro, dado como desconhecido, em nível de espécie. O programa é capaz de ser executado consumindo poucos recursos nos principais sistemas operacionais que suportem Java, tal como MacOSX, Linux e Windows. Palavras-chave: Espectrometria de massa, Identificação de microrganismos, Análise de espectros de massa, MALDI-TOF, Desenvolvimento de software, Java.Abstract: The use of MALDI-TOF mass spectrometry allows microorganism identification by generating mass spectra representing a characteristic profile of signals from ionized whole cell peptides or cell extracts. Comparing of mass spectra obtained from unknown microorganisms with a database of mass spectra for known microorganisms allows their identification. This usage allows the exploitation of some advantages over some limitations of the standard technique, such as agility in the analysis and reduction of costs. However, there is a lack of free alternatives to proprietary software capable of supplying key characteristics in its extracted data analysis. To assist in this analysis we have created the JMSA, which is a tool for analyzing the peaks of a mass spectrum. The JMSA is able to facilitate comparative visualization as well as include descriptive sample data. JMSA can also perform a similarity comparison of selected spectra. In this way the program was able to identify a spectrum, given as unknown, at species level. The program is able to run by consuming few resources on major operating systems that support Java, such as MacOSX, Linux and Windows. Key-words: Mass spectrometry, Identification of microorganisms, Mass spectrum analysis software, MALDI-TOF, Software development, Java.52 f. : il. algumas color., grafs., tabs.application/pdfDisponível em formato digitalBioinformáticaMicroorganismos - IdentificaçãoEspectrometria de massaJava (Linguagem de programação de computador)JMSA : Java Mass Spectrometry Analyzer: ferramenta para gerenciamento e análise de banco de espectros de massa para identificação de microrganismosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - D - MALTON WILLIAM MACHADO CUNICO.pdfapplication/pdf5388382https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/48360/1/R%20-%20D%20-%20MALTON%20WILLIAM%20MACHADO%20CUNICO.pdf6b7de9ec2a17402852e4d4d195644f79MD51open access1884/483602017-08-17 09:01:40.647open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/48360Repositório de PublicaçõesPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestopendoar:3082017-08-17T12:01:40Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
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