Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: PEREIRA, Ádria Diva dos Santos
Data de Publicação: 2024
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFRA
Texto Completo: http://repositorio.ufra.edu.br/jspui/handle/123456789/2266
Resumo: Salminus brasiliensis é uma espécie endêmica do rio Paraná e Lagoa dos Patos, englobando cinco países que inclui Argentina, Bolívia, Brasil, Paraguai e Uruguai. É uma espécie de grande importância econômica e social na pesca artesanal, de subsistência e esportiva. O presente trabalho objetivou o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites na espécie Salminus brasiliensis. Inicialmente, o genoma da espécie foi obtido por meio do sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina. A qualidade das reads foram analisadas pelo programa FastQc. A montagem de novo foi realizada pelos programas SOAPdenovo2 e SPAdes e a mineração de microssatélites realizada utilizando os programas MISA e EasySSR. Para determinação de primers foi utilizado o programa Batchprimers3. O total de reads sequenciadas, foi de 4.119.94 com comprimento de 36-100 pb e Q=39,06. Com o programa SOAPdenovo2 foi obtido um N50=731 e com SPAdes um N50=1649. Os resultados do programa MISA apontaram um total de 56.893 microssatélites, predominando os pentanucleotídeos com 63,7%, e o programa EasySSR o total de microssatélites foi de 29.098, predominando trinucleotídeos com 46,3%. Foram desenhados um total de 89 primers, dentre eles, 80 primers bem-sucedidos. Portanto, através do sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina foram desenvolvidos marcadores microssatélites para futuros estudos de polimorfismos genéticos em Salminus brasiliensis, onde também primers foram desenhados e testados in silico para nortear futuras pesquisas.
id UFRA-1_5b89711abb2b6e5db77eedb362b3c47d
oai_identifier_str oai:repositorio.ufra.edu.br:123456789/2266
network_acronym_str UFRA-1
network_name_str Repositório Institucional da UFRA
repository_id_str
spelling Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus BrasiliensisSalminus brasiliensisDouradoMarcador molecularMicrossatélitesSequenciamento genético animalSalminus brasiliensis é uma espécie endêmica do rio Paraná e Lagoa dos Patos, englobando cinco países que inclui Argentina, Bolívia, Brasil, Paraguai e Uruguai. É uma espécie de grande importância econômica e social na pesca artesanal, de subsistência e esportiva. O presente trabalho objetivou o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites na espécie Salminus brasiliensis. Inicialmente, o genoma da espécie foi obtido por meio do sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina. A qualidade das reads foram analisadas pelo programa FastQc. A montagem de novo foi realizada pelos programas SOAPdenovo2 e SPAdes e a mineração de microssatélites realizada utilizando os programas MISA e EasySSR. Para determinação de primers foi utilizado o programa Batchprimers3. O total de reads sequenciadas, foi de 4.119.94 com comprimento de 36-100 pb e Q=39,06. Com o programa SOAPdenovo2 foi obtido um N50=731 e com SPAdes um N50=1649. Os resultados do programa MISA apontaram um total de 56.893 microssatélites, predominando os pentanucleotídeos com 63,7%, e o programa EasySSR o total de microssatélites foi de 29.098, predominando trinucleotídeos com 46,3%. Foram desenhados um total de 89 primers, dentre eles, 80 primers bem-sucedidos. Portanto, através do sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina foram desenvolvidos marcadores microssatélites para futuros estudos de polimorfismos genéticos em Salminus brasiliensis, onde também primers foram desenhados e testados in silico para nortear futuras pesquisas.Salminus brasiliensis is a species of great economic and social importance in artisanal, subsistence, and sport fishing. It is endemic to the Paraná River and Lagoa dos Patos, encompassing five countries including Argentina, Bolivia, Brazil, Paraguay, and Uruguay. The aim of this study was to develop microsatellite molecular markers for this species. Its genome sequence was initially obtained through next-generation sequencing using an Illumina platform. Read quality was analyzed using the FastQC software. De novo assembly was carried out using SOAPdenovo2 and SPAdes programs and microsatellite mining using the MIcroSAtellite Identification Tool (MISA) and EasySSR programs. Batchprimers3 was employed to design the polymerase chain reaction (PCR) primers. The total number of sequenced reads was 411,994 with a length of 36–100 base pairs and Q = 39.06. SOAPdenovo2 yielded an N50 = 731, whereas SPAdes yielded an N50 = 1,649. A total of 56,893 microsatellites, with pentanucleotides predominating at 63.7%, were identified using the MISA program, whereas a total of 29,098 microsatellites, with trinucleotides predominating at 46.3%, were identified using the EasySSR program A total of 89 PCR primers were designed, of which 80 were successful. Thus, next-generation sequencing using the Illumina platform allowed the development of microsatellite markers for future genetic polymorphism studies in S. brasiliensis, where primers were also designed and tested in silico to guide future research.UFRA - Campus Belémhttp://lattes.cnpq.br/7080477419433012RODRIGUES, Marília Danyelle NunesPEREIRA, Ádria Diva dos Santos2024-05-22T13:48:04Z2024-05-22T13:48:04Z2024-05-22info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfPEREIRA, Ádria Diva dos Santos. Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis. Orientador: Drª Marília Danyelle Nunes Rodrigues. 2024. 43 f. Dissertação (mestrado em Biotecnologia Aplicada à Agropecuária/Biotecnologia animal) - Universidade Federal Rural da Amazônia, Belém, 2024. Disponível em: http://repositorio.ufra.edu.br/jspui/handle/123456789/2266. Acesso em: .CDD: 660.6http://repositorio.ufra.edu.br/jspui/handle/123456789/2266Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United Stateshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFRAinstname:Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA)instacron:UFRA2024-05-22T13:52:12Zoai:repositorio.ufra.edu.br:123456789/2266Repositório Institucionalhttp://repositorio.ufra.edu.br/jspui/PUBhttp://repositorio.ufra.edu.br/oai/requestrepositorio@ufra.edu.br || riufra2018@gmail.comopendoar:2024-05-22T13:52:12Repositório Institucional da UFRA - Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA)false
dc.title.none.fl_str_mv Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis
title Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis
spellingShingle Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis
PEREIRA, Ádria Diva dos Santos
Salminus brasiliensis
Dourado
Marcador molecular
Microssatélites
Sequenciamento genético animal
title_short Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis
title_full Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis
title_fullStr Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis
title_full_unstemmed Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis
title_sort Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis
author PEREIRA, Ádria Diva dos Santos
author_facet PEREIRA, Ádria Diva dos Santos
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/7080477419433012
RODRIGUES, Marília Danyelle Nunes
dc.contributor.author.fl_str_mv PEREIRA, Ádria Diva dos Santos
dc.subject.por.fl_str_mv Salminus brasiliensis
Dourado
Marcador molecular
Microssatélites
Sequenciamento genético animal
topic Salminus brasiliensis
Dourado
Marcador molecular
Microssatélites
Sequenciamento genético animal
description Salminus brasiliensis é uma espécie endêmica do rio Paraná e Lagoa dos Patos, englobando cinco países que inclui Argentina, Bolívia, Brasil, Paraguai e Uruguai. É uma espécie de grande importância econômica e social na pesca artesanal, de subsistência e esportiva. O presente trabalho objetivou o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites na espécie Salminus brasiliensis. Inicialmente, o genoma da espécie foi obtido por meio do sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina. A qualidade das reads foram analisadas pelo programa FastQc. A montagem de novo foi realizada pelos programas SOAPdenovo2 e SPAdes e a mineração de microssatélites realizada utilizando os programas MISA e EasySSR. Para determinação de primers foi utilizado o programa Batchprimers3. O total de reads sequenciadas, foi de 4.119.94 com comprimento de 36-100 pb e Q=39,06. Com o programa SOAPdenovo2 foi obtido um N50=731 e com SPAdes um N50=1649. Os resultados do programa MISA apontaram um total de 56.893 microssatélites, predominando os pentanucleotídeos com 63,7%, e o programa EasySSR o total de microssatélites foi de 29.098, predominando trinucleotídeos com 46,3%. Foram desenhados um total de 89 primers, dentre eles, 80 primers bem-sucedidos. Portanto, através do sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina foram desenvolvidos marcadores microssatélites para futuros estudos de polimorfismos genéticos em Salminus brasiliensis, onde também primers foram desenhados e testados in silico para nortear futuras pesquisas.
publishDate 2024
dc.date.none.fl_str_mv 2024-05-22T13:48:04Z
2024-05-22T13:48:04Z
2024-05-22
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv PEREIRA, Ádria Diva dos Santos. Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis. Orientador: Drª Marília Danyelle Nunes Rodrigues. 2024. 43 f. Dissertação (mestrado em Biotecnologia Aplicada à Agropecuária/Biotecnologia animal) - Universidade Federal Rural da Amazônia, Belém, 2024. Disponível em: http://repositorio.ufra.edu.br/jspui/handle/123456789/2266. Acesso em: .
CDD: 660.6
http://repositorio.ufra.edu.br/jspui/handle/123456789/2266
identifier_str_mv PEREIRA, Ádria Diva dos Santos. Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites em Salminus Brasiliensis. Orientador: Drª Marília Danyelle Nunes Rodrigues. 2024. 43 f. Dissertação (mestrado em Biotecnologia Aplicada à Agropecuária/Biotecnologia animal) - Universidade Federal Rural da Amazônia, Belém, 2024. Disponível em: http://repositorio.ufra.edu.br/jspui/handle/123456789/2266. Acesso em: .
CDD: 660.6
url http://repositorio.ufra.edu.br/jspui/handle/123456789/2266
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv UFRA - Campus Belém
publisher.none.fl_str_mv UFRA - Campus Belém
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFRA
instname:Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA)
instacron:UFRA
instname_str Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA)
instacron_str UFRA
institution UFRA
reponame_str Repositório Institucional da UFRA
collection Repositório Institucional da UFRA
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFRA - Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA)
repository.mail.fl_str_mv repositorio@ufra.edu.br || riufra2018@gmail.com
_version_ 1813895245764493312

Registros relacionados