Predição in silico de potenciais off-targets para variante p.Trp402* do gene IDUA usando o sistema de edição CRISPR/Cas9

• Autor(a) principal: Carneiro, Paola Barcelos
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/238246
• topic: Bioinformática; Mucopolissacaridose I; CRISPR-Cas9

Mucopolissacaridose tipo I (MPS I) é causada pela deficiência da enzima alfa-Liduronidase (EC. 3.2.1.76) codificada pelo gene IDUA. A deficiência enzimática leva ao acúmulo de heparan e dermatan sulfato dentro de lisossomo desencadeando efeitos multissistêmicos. CRISPR/Cas9 é um mecanismo do sistema imune de procariotos que promove a clivagem de uma região específica a partir de um RNA guia (sgRNA) com 20 nucleotídeos. Terapia gênica com o sistema CRISPR/Cas9 vem sendo desenvolvida para o tratamento de MPS I, contudo a análise dos efeitos off-targets deve ser realizada antes da sua aplicação em âmbito clínico. O objetivo desse estudo é avaliar potenciais off-targets para a variante mais comum encontrada em pacientes com Mucopolissacaridose I (p.Trp402*). Utilizou-se cinco preditores in silico: CHOPCHOP, COSMID, Cas OFFinder, CCTop and CRISPOR. Assim, 109 sequências foram obtidas como potenciais regiões de clivagem no genoma humano, além do sítio-alvo. Ainda, a avaliação da frequência alélica de variantes nessas sequências mostrou 34 sítios polimórficos. Portanto, essas análises permitem uma avaliação antecipada do possível efeito de off-targets na funcionalidade celular durante o uso do sistema de edição CRISPR/Cas9.