Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2011 |
Outros Autores: | , , |
Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UFRGS |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10183/112096 |
Resumo: | Apesar de existirem marcadores moleculares mais específicos, os marcadores microssatélites apresentam grande potencialidade de utilização na área de plantas daninhas devido à sua crescente disponibilização em outras espécies e à qualidade das informações proporcionadas. O uso convencional dos marcadores moleculares microssatélites demanda grande quantidade de trabalho e recursos financeiros. O objetivo deste trabalho foi descrever a técnica da cauda fluorescente como forma de otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites, utilizando como exemplo um estudo de identificação de híbridos entre arroz-vermelho e cultivado. Foram utilizadas como modelo plantas de arroz cultivado, arroz-vermelho e o híbrido originado do cruzamento artificial dessas plantas. A técnica da cauda fluorescente consiste na síntese do iniciador forward com a sequência desejada e a adição da sequência de um iniciador universal, que corresponde à chamada cauda. A detecção da amplificação é realizada em equipamento de eletroforese capilar automatizada, através da utilização de um iniciador universal sintetizado com fluoróforo. O sistema desenvolvido foi eficiente na identificação da hibridização entre arroz cultivado e vermelho e apresenta viabilidade de utilização, por exemplo, em estudos de fluxo gênico da resistência a herbicidas e de caracteres relacionados à adaptação diferencial entre essas plantas. A técnica da cauda fluorescente possibilitou o uso de diversos marcadores moleculares a partir de um único marcador fluorescente e viabilizou a realização das análises em multiplex. O aumento da disponibilidade e do conhecimento de técnicas moleculares pode proporcionar melhor elucidação em vários estudos relacionados a espécies de plantas daninhas que possuem pouca disponibilidade de marcadores moleculares específicos. |
id |
UFRGS-2_42c601af03aebebb61b630c051d5a8d0 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:www.lume.ufrgs.br:10183/112096 |
network_acronym_str |
UFRGS-2 |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFRGS |
repository_id_str |
|
spelling |
Goulart, Ives Clayton Gomes dos ReisMerotto Junior, AldoNunes, A. L.Bered, Fernanda2015-03-17T01:57:16Z20110100-8358http://hdl.handle.net/10183/112096000931747Apesar de existirem marcadores moleculares mais específicos, os marcadores microssatélites apresentam grande potencialidade de utilização na área de plantas daninhas devido à sua crescente disponibilização em outras espécies e à qualidade das informações proporcionadas. O uso convencional dos marcadores moleculares microssatélites demanda grande quantidade de trabalho e recursos financeiros. O objetivo deste trabalho foi descrever a técnica da cauda fluorescente como forma de otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites, utilizando como exemplo um estudo de identificação de híbridos entre arroz-vermelho e cultivado. Foram utilizadas como modelo plantas de arroz cultivado, arroz-vermelho e o híbrido originado do cruzamento artificial dessas plantas. A técnica da cauda fluorescente consiste na síntese do iniciador forward com a sequência desejada e a adição da sequência de um iniciador universal, que corresponde à chamada cauda. A detecção da amplificação é realizada em equipamento de eletroforese capilar automatizada, através da utilização de um iniciador universal sintetizado com fluoróforo. O sistema desenvolvido foi eficiente na identificação da hibridização entre arroz cultivado e vermelho e apresenta viabilidade de utilização, por exemplo, em estudos de fluxo gênico da resistência a herbicidas e de caracteres relacionados à adaptação diferencial entre essas plantas. A técnica da cauda fluorescente possibilitou o uso de diversos marcadores moleculares a partir de um único marcador fluorescente e viabilizou a realização das análises em multiplex. O aumento da disponibilidade e do conhecimento de técnicas moleculares pode proporcionar melhor elucidação em vários estudos relacionados a espécies de plantas daninhas que possuem pouca disponibilidade de marcadores moleculares específicos.Although more specific molecular markers have been developed, micro-satellite markers have a great potential to be used in weed science, because of their increasing availability to other species and quality of the information provided. The conventional use of micro-satellite molecular markers is laborious and expensive. The objective of this study was to describe the M13 tailed primer method for the optimization of the use of micro-satellite molecular markers, using as example, a study of hybrid identification between cultivated rice and red rice. Cultivated rice and red rice plants, as well as a hybrid originated from the artificial crossing of these plants were used as model. The M13 tailed primer method consists in the synthesis of the forward primer with the desired sequence and the addition of the sequence of a universal primer which corresponds to the tail. Amplification detection is performed on automated capillary electrophoresis equipment by using a labeled universal primer in the PCR. The system developed was effective in identifying the hybridization between the cultivated rice and red rice and it was useful, for example, in studies of gene flow of resistance to herbicides and introgression of traits related to the adaptation between these plants. The M13 tailed primer method allowed the use of several micro-satellite molecular markers from a single fluorescent marker and made multiplex analyses possible. The increased availability and knowledge of molecular techniques can provide better results in several studies related to weed species with little availability of specific molecular markers.application/pdfporPlanta daninha. Viçosa, MG. Vol. 29, no. espe. (2011), p. 1175-1181MicrosatéliteMarcador molecularArroz vermelhoErva daninhaHibridizaçãoMicrossatéliteRd riceM13-tailHybridizationTiled primerSimple sequence repeatsSSROtimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhasOptimization of the use of micro-satellite molecular markers in weed science studies info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/otherinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSORIGINAL000931747.pdf000931747.pdfTexto completoapplication/pdf648765http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/112096/1/000931747.pdf91c370474fad4286690a5c5d28c0bd58MD51TEXT000931747.pdf.txt000931747.pdf.txtExtracted Texttext/plain28108http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/112096/2/000931747.pdf.txt4a608e4d0dd16fccdefb0a5728102d2bMD52THUMBNAIL000931747.pdf.jpg000931747.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1681http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/112096/3/000931747.pdf.jpg8cdee8f95ae85a165bce329a33af0ae7MD5310183/1120962024-05-23 06:42:59.593307oai:www.lume.ufrgs.br:10183/112096Repositório de PublicaçõesPUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestopendoar:2024-05-23T09:42:59Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas |
dc.title.alternative.en.fl_str_mv |
Optimization of the use of micro-satellite molecular markers in weed science studies |
title |
Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas |
spellingShingle |
Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas Goulart, Ives Clayton Gomes dos Reis Microsatélite Marcador molecular Arroz vermelho Erva daninha Hibridização Microssatélite Rd rice M13-tail Hybridization Tiled primer Simple sequence repeats SSR |
title_short |
Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas |
title_full |
Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas |
title_fullStr |
Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas |
title_full_unstemmed |
Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas |
title_sort |
Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas |
author |
Goulart, Ives Clayton Gomes dos Reis |
author_facet |
Goulart, Ives Clayton Gomes dos Reis Merotto Junior, Aldo Nunes, A. L. Bered, Fernanda |
author_role |
author |
author2 |
Merotto Junior, Aldo Nunes, A. L. Bered, Fernanda |
author2_role |
author author author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Goulart, Ives Clayton Gomes dos Reis Merotto Junior, Aldo Nunes, A. L. Bered, Fernanda |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Microsatélite Marcador molecular Arroz vermelho Erva daninha Hibridização Microssatélite |
topic |
Microsatélite Marcador molecular Arroz vermelho Erva daninha Hibridização Microssatélite Rd rice M13-tail Hybridization Tiled primer Simple sequence repeats SSR |
dc.subject.eng.fl_str_mv |
Rd rice M13-tail Hybridization Tiled primer Simple sequence repeats SSR |
description |
Apesar de existirem marcadores moleculares mais específicos, os marcadores microssatélites apresentam grande potencialidade de utilização na área de plantas daninhas devido à sua crescente disponibilização em outras espécies e à qualidade das informações proporcionadas. O uso convencional dos marcadores moleculares microssatélites demanda grande quantidade de trabalho e recursos financeiros. O objetivo deste trabalho foi descrever a técnica da cauda fluorescente como forma de otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites, utilizando como exemplo um estudo de identificação de híbridos entre arroz-vermelho e cultivado. Foram utilizadas como modelo plantas de arroz cultivado, arroz-vermelho e o híbrido originado do cruzamento artificial dessas plantas. A técnica da cauda fluorescente consiste na síntese do iniciador forward com a sequência desejada e a adição da sequência de um iniciador universal, que corresponde à chamada cauda. A detecção da amplificação é realizada em equipamento de eletroforese capilar automatizada, através da utilização de um iniciador universal sintetizado com fluoróforo. O sistema desenvolvido foi eficiente na identificação da hibridização entre arroz cultivado e vermelho e apresenta viabilidade de utilização, por exemplo, em estudos de fluxo gênico da resistência a herbicidas e de caracteres relacionados à adaptação diferencial entre essas plantas. A técnica da cauda fluorescente possibilitou o uso de diversos marcadores moleculares a partir de um único marcador fluorescente e viabilizou a realização das análises em multiplex. O aumento da disponibilidade e do conhecimento de técnicas moleculares pode proporcionar melhor elucidação em vários estudos relacionados a espécies de plantas daninhas que possuem pouca disponibilidade de marcadores moleculares específicos. |
publishDate |
2011 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2011 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2015-03-17T01:57:16Z |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/other |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
format |
article |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/10183/112096 |
dc.identifier.issn.pt_BR.fl_str_mv |
0100-8358 |
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv |
000931747 |
identifier_str_mv |
0100-8358 000931747 |
url |
http://hdl.handle.net/10183/112096 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.relation.ispartof.pt_BR.fl_str_mv |
Planta daninha. Viçosa, MG. Vol. 29, no. espe. (2011), p. 1175-1181 |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFRGS instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) instacron:UFRGS |
instname_str |
Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) |
instacron_str |
UFRGS |
institution |
UFRGS |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFRGS |
collection |
Repositório Institucional da UFRGS |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/112096/1/000931747.pdf http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/112096/2/000931747.pdf.txt http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/112096/3/000931747.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
91c370474fad4286690a5c5d28c0bd58 4a608e4d0dd16fccdefb0a5728102d2b 8cdee8f95ae85a165bce329a33af0ae7 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1801224867403530240 |