Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Vian, Bruna Bordignon
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/239269
Resumo: Introdução O gênero Tursiops apresenta uma classificação taxonômica complexa, porém não há dúvidas de que T. gephyreus é uma linhagem diferente de T. truncatus. Além disso, não há estudos publicados de análise molecular incluindo T. aduncus, T. gephyreus e T. truncatus, sendo assim são necessários mais estudos para esclarecer a relação filogenética entre essas espécies. Objetivos Este estudo objetivou realizar uma busca em "silico" das sequências nucleotídicas depositadas do Gênero Tursiops, Gervais 1855 com ênfase em T. gephyreus, Lahille, 1908. O objetivo foi verificar que marcadores estavam disponíveis e se seria possível realizar análises filogenéticas entre espécies do gênero Tursiops do Atlântico Sul Ocidental e bacias oceânicas adjacentes, com o intuito de entender como T. gephyreus se relaciona filogeneticamente com outras linhagens do gênero. Métodos Realizou-se um levantamento das sequências de Tursiops disponibilizadas no GenBank do NCBI. Essas sequências foram alinhadas e utilizadas na construção de uma árvore filogenética. Utilizando sequências selecionadas a partir dessas 1794 sequências iniciais e sequências obtidas posteriormente realizou-se outras duas árvores filogenéticas (utilizando Sotalia fluviatilis como grupo externo e outras 6 espécies de Delfinídeos), gráficos de análise PcoA e uma tabela de distância genética. Resultados Foram encontradas 1794 sequências, de região controle mitocondrial e D-loop, do Gênero Tursiops, sendo 1.106 de T. truncatus, 198 de T. aduncus, 51 de T. gephyreus, 6 de T. australis. A partir da construção das árvores filogenéticas, dos gráficos e da tabela de distâncias genéticas observou-se que em todos os métodos T. gephyreus e T. truncatus agruparam-se. Discussão A análise dos resultados demonstrou a baixa quantidade de amostras sequenciadas para T. gephyreus e da variedade de marcadores moleculares utilizados para a obtenção das mesmas. Mesmo assim, ao refinar as buscas utilizando sequências de trabalhos selecionados, foi possível hipotetizar algumas relações entre as espécies. O baixo número amostral de sequências e genes de T. gephyreus não permitiu realizar análises mais robustas.
id UFRGS-2_57a105c2a924d4a91382031c8b736e2a
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/239269
network_acronym_str UFRGS-2
network_name_str Repositório Institucional da UFRGS
repository_id_str
spelling Vian, Bruna BordignonKonzen, Enéas RicardoMoreno, Ignacio Maria Benites2022-05-25T04:42:13Z2022http://hdl.handle.net/10183/239269001141499Introdução O gênero Tursiops apresenta uma classificação taxonômica complexa, porém não há dúvidas de que T. gephyreus é uma linhagem diferente de T. truncatus. Além disso, não há estudos publicados de análise molecular incluindo T. aduncus, T. gephyreus e T. truncatus, sendo assim são necessários mais estudos para esclarecer a relação filogenética entre essas espécies. Objetivos Este estudo objetivou realizar uma busca em "silico" das sequências nucleotídicas depositadas do Gênero Tursiops, Gervais 1855 com ênfase em T. gephyreus, Lahille, 1908. O objetivo foi verificar que marcadores estavam disponíveis e se seria possível realizar análises filogenéticas entre espécies do gênero Tursiops do Atlântico Sul Ocidental e bacias oceânicas adjacentes, com o intuito de entender como T. gephyreus se relaciona filogeneticamente com outras linhagens do gênero. Métodos Realizou-se um levantamento das sequências de Tursiops disponibilizadas no GenBank do NCBI. Essas sequências foram alinhadas e utilizadas na construção de uma árvore filogenética. Utilizando sequências selecionadas a partir dessas 1794 sequências iniciais e sequências obtidas posteriormente realizou-se outras duas árvores filogenéticas (utilizando Sotalia fluviatilis como grupo externo e outras 6 espécies de Delfinídeos), gráficos de análise PcoA e uma tabela de distância genética. Resultados Foram encontradas 1794 sequências, de região controle mitocondrial e D-loop, do Gênero Tursiops, sendo 1.106 de T. truncatus, 198 de T. aduncus, 51 de T. gephyreus, 6 de T. australis. A partir da construção das árvores filogenéticas, dos gráficos e da tabela de distâncias genéticas observou-se que em todos os métodos T. gephyreus e T. truncatus agruparam-se. Discussão A análise dos resultados demonstrou a baixa quantidade de amostras sequenciadas para T. gephyreus e da variedade de marcadores moleculares utilizados para a obtenção das mesmas. Mesmo assim, ao refinar as buscas utilizando sequências de trabalhos selecionados, foi possível hipotetizar algumas relações entre as espécies. O baixo número amostral de sequências e genes de T. gephyreus não permitiu realizar análises mais robustas.Introduction The genus Tursiops has a complex taxonomic classification, but there is no doubt that T. gephyreus is a different lineage from T. truncatus. In addition, there are no published molecular analyses studies T. aduncus, T. gephyreus and T. truncatus, so further studies are needed to clarify the phylogenetic relationship between these species. Goals This study was aimed at performing an “in silico'' search of the nucleotide sequences deposited from the genus Tursiops, Gervais, 1855 with emphasis on T. gephyreus, Lahille, 1908. The objective was to verify which markers were available and whether it would be possible to perform phylogenetic analysis between species of the genus Tursiops from the Western South Atlantic and adjacent ocean basins, in order to understand how T. gephyreus is phylogenetically related to other strains of the genus. Methods A survey of the Tursiops sequences available from NCBI's GenBank was carried out. These sequences were aligned and used in the construction of a phylogenetic tree. Using sequences selected from these 1794 initial sequences and sequences obtained later two other phylogenetic trees were created (using Sotalia fluviatilis as an outgroup and another 6 species of Delphinidae), PcoA analysis graphs and a genetic distance table. Results A total of 1794 sequences from the mitochondrial control region and D-loop of the genus Tursiops were found, 1106 from T. truncatus, 198 from T. aduncus, 51 from T. gephyreus, 6 from T. australis. From the construction of phylogenetic trees, graphs and the table of genetic distances, it was observed that in all methods T. gephyreus and T. truncatus were grouped. Discussion The analysis of the results demonstrated the low amount of samples sequenced for T. gephyreus and the variety of molecular markers used to obtain them. Even so, by refining the searches, using sequences of selected works, it was possible to hypothesize some relationships between the species. The low sample number of T. gephyreus sequences and genes did not allow for more robust analyses.application/pdfporFilogeniaDelphinidaeTursiopsAtlântico Ocidental, OceanoTursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulCampus Litoral NortePorto Alegre, BR-RS2022Ciências Biológicas: Ênfase em Biologia Marinha e Costeira: Bachareladograduaçãoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001141499.pdf.txt001141499.pdf.txtExtracted Texttext/plain75440http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/239269/2/001141499.pdf.txta4c31ba4251ea06cbd2fa00b80a27b84MD52ORIGINAL001141499.pdfTexto completoapplication/pdf1149566http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/239269/1/001141499.pdf413b45f25075e36508b37f1b1c175ca7MD5110183/2392692022-06-15 04:48:36.980106oai:www.lume.ufrgs.br:10183/239269Repositório de PublicaçõesPUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestopendoar:2022-06-15T07:48:36Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes
title Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes
spellingShingle Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes
Vian, Bruna Bordignon
Filogenia
Delphinidae
Tursiops
Atlântico Ocidental, Oceano
title_short Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes
title_full Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes
title_fullStr Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes
title_full_unstemmed Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes
title_sort Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes
author Vian, Bruna Bordignon
author_facet Vian, Bruna Bordignon
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Vian, Bruna Bordignon
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Konzen, Enéas Ricardo
Moreno, Ignacio Maria Benites
contributor_str_mv Konzen, Enéas Ricardo
Moreno, Ignacio Maria Benites
dc.subject.por.fl_str_mv Filogenia
Delphinidae
Tursiops
Atlântico Ocidental, Oceano
topic Filogenia
Delphinidae
Tursiops
Atlântico Ocidental, Oceano
description Introdução O gênero Tursiops apresenta uma classificação taxonômica complexa, porém não há dúvidas de que T. gephyreus é uma linhagem diferente de T. truncatus. Além disso, não há estudos publicados de análise molecular incluindo T. aduncus, T. gephyreus e T. truncatus, sendo assim são necessários mais estudos para esclarecer a relação filogenética entre essas espécies. Objetivos Este estudo objetivou realizar uma busca em "silico" das sequências nucleotídicas depositadas do Gênero Tursiops, Gervais 1855 com ênfase em T. gephyreus, Lahille, 1908. O objetivo foi verificar que marcadores estavam disponíveis e se seria possível realizar análises filogenéticas entre espécies do gênero Tursiops do Atlântico Sul Ocidental e bacias oceânicas adjacentes, com o intuito de entender como T. gephyreus se relaciona filogeneticamente com outras linhagens do gênero. Métodos Realizou-se um levantamento das sequências de Tursiops disponibilizadas no GenBank do NCBI. Essas sequências foram alinhadas e utilizadas na construção de uma árvore filogenética. Utilizando sequências selecionadas a partir dessas 1794 sequências iniciais e sequências obtidas posteriormente realizou-se outras duas árvores filogenéticas (utilizando Sotalia fluviatilis como grupo externo e outras 6 espécies de Delfinídeos), gráficos de análise PcoA e uma tabela de distância genética. Resultados Foram encontradas 1794 sequências, de região controle mitocondrial e D-loop, do Gênero Tursiops, sendo 1.106 de T. truncatus, 198 de T. aduncus, 51 de T. gephyreus, 6 de T. australis. A partir da construção das árvores filogenéticas, dos gráficos e da tabela de distâncias genéticas observou-se que em todos os métodos T. gephyreus e T. truncatus agruparam-se. Discussão A análise dos resultados demonstrou a baixa quantidade de amostras sequenciadas para T. gephyreus e da variedade de marcadores moleculares utilizados para a obtenção das mesmas. Mesmo assim, ao refinar as buscas utilizando sequências de trabalhos selecionados, foi possível hipotetizar algumas relações entre as espécies. O baixo número amostral de sequências e genes de T. gephyreus não permitiu realizar análises mais robustas.
publishDate 2022
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2022-05-25T04:42:13Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2022
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
format bachelorThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/239269
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001141499
url http://hdl.handle.net/10183/239269
identifier_str_mv 001141499
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Repositório Institucional da UFRGS
collection Repositório Institucional da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/239269/2/001141499.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/239269/1/001141499.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv a4c31ba4251ea06cbd2fa00b80a27b84
413b45f25075e36508b37f1b1c175ca7
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1801224632863293440