Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Pastore, Ana Paula Winter
Data de Publicação: 2016
Outros Autores: Canal, Natalia, Costa, Marisa da, Corção, Gertrudes
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da UFRGS
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/179389
Resumo: (Grupamento filogenético baseado em PCR triplex de Escherichia coli multiresistentes de origem ambiental, humana e animal). A bactéria Escherichia coli é largamente utilizada como indicador biológico de contaminação fecal devido à sua ubiquidade em fezes. No entanto, possui também a capacidade de persistir e multiplicar em ambientes fora do seu habitat primário. A subestrutura genética de E. coli pode ser determinada através de presença/ausência dos genes chuA e yjaA e do fragmento de DNA TspE4.C2, com base nesta metodologia cepas podem ser classificadas como pertencentes aos filogrupos A, B1, B2 ou D. Este estudo teve como objetivo realizar a determinação filogenética através do método de PCR triplex de cepas de E. coli multirresistentes provenientes de amostras ambientais, animais e humanas. As cepas de origem animal e humana foram associados a perfis de multirresistencia mais amplos (7 a 13 antimicrobianos) e à produção de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL). A determinação filogenética demonstrou que os filogrupos B1 (49%) e A (34%) foram os mais prevalentes e os filogrupos D (11%) e B2 (6%), os menos representativos. Os filogrupos A e B1, também foram os mais relacionados a ampla multiresistencia. Os resultados indicaram que todos isolados deste estudo, inclusive os de origem ambiental, são associados a microbiota comensal de humanos e animais e não cepas responsáveis por infecções extraintestinais e que as populações de E. coli analisadas sofreram prévia exposição a antimicrobianos de amplo espectro.
id UFRGS-2_5bd3b39663d169d8180dfd49f6511b98
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/179389
network_acronym_str UFRGS-2
network_name_str Repositório Institucional da UFRGS
repository_id_str
spelling Pastore, Ana Paula WinterCanal, NataliaCosta, Marisa daCorção, Gertrudes2018-06-15T02:48:38Z20161679-2343http://hdl.handle.net/10183/179389001064440(Grupamento filogenético baseado em PCR triplex de Escherichia coli multiresistentes de origem ambiental, humana e animal). A bactéria Escherichia coli é largamente utilizada como indicador biológico de contaminação fecal devido à sua ubiquidade em fezes. No entanto, possui também a capacidade de persistir e multiplicar em ambientes fora do seu habitat primário. A subestrutura genética de E. coli pode ser determinada através de presença/ausência dos genes chuA e yjaA e do fragmento de DNA TspE4.C2, com base nesta metodologia cepas podem ser classificadas como pertencentes aos filogrupos A, B1, B2 ou D. Este estudo teve como objetivo realizar a determinação filogenética através do método de PCR triplex de cepas de E. coli multirresistentes provenientes de amostras ambientais, animais e humanas. As cepas de origem animal e humana foram associados a perfis de multirresistencia mais amplos (7 a 13 antimicrobianos) e à produção de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL). A determinação filogenética demonstrou que os filogrupos B1 (49%) e A (34%) foram os mais prevalentes e os filogrupos D (11%) e B2 (6%), os menos representativos. Os filogrupos A e B1, também foram os mais relacionados a ampla multiresistencia. Os resultados indicaram que todos isolados deste estudo, inclusive os de origem ambiental, são associados a microbiota comensal de humanos e animais e não cepas responsáveis por infecções extraintestinais e que as populações de E. coli analisadas sofreram prévia exposição a antimicrobianos de amplo espectro.(Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin). Escherichia coli is widely used as a biological indicator of faecal contamination due to its ubiquity in faecal material, however, it may have the ability to persist and multiply in environments outside its primary habitat. The genetic substructure in E. coli can be determined on the presence/absence of the the genes chuA and yjaA and a DNA fragment TspE4.C2 based on this method the strains could be assigned to the phylogroups A, B1, B2 or D. This study aimed to carry out phylogenetic affiliation of multiresistant E. coli strains from environmental, animal and human samples using the triplex PCR method. Animal and human-origin isolates were associated with a broader multiresistant profile (7 to 13 antimicrobials) and to Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) production. Phylogroup determination demonstrated that B1 (49%) and A (34%) phylogroups were the most prevalent; D (11%) and B2 (6%) were less representative. Phylogroups A and B1 were also related to a broader multiresistant profile. According to the data obtained, the isolates in this study, even the enviromental ones, were associated with human and animal commensal microbiota and not to strains responsible for extra-intestinal infections and had previously been exposed to broad-spectrum antimicrobials.application/pdfengRevista Brasileira de Biociências : Brazilian Journal of Biosciences. Porto Alegre. Vol. 14, n. 3 (jul./set. 2016), p. 167-174Escherichia coliFilogeniaEscherichia coliPhylogroupAntimicrobial resistancePoultrySwineWaterPhylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origininfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/otherinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001064440.pdf.txt001064440.pdf.txtExtracted Texttext/plain43775http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/179389/2/001064440.pdf.txt9f8fc804380edfa77a1f67aff51467c7MD52ORIGINAL001064440.pdfTexto completo (inglês)application/pdf337582http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/179389/1/001064440.pdfee873219aed9c5972d9c676a468b6f3cMD5110183/1793892024-07-06 01:01:44.896506oai:www.lume.ufrgs.br:10183/179389Repositório de PublicaçõesPUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestopendoar:2024-07-06T04:01:44Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin
title Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin
spellingShingle Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin
Pastore, Ana Paula Winter
Escherichia coli
Filogenia
Escherichia coli
Phylogroup
Antimicrobial resistance
Poultry
Swine
Water
title_short Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin
title_full Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin
title_fullStr Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin
title_full_unstemmed Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin
title_sort Phylogenetic grouping based on triplex PCR of multiresistant Escherichia coli of environmental, human and animal origin
author Pastore, Ana Paula Winter
author_facet Pastore, Ana Paula Winter
Canal, Natalia
Costa, Marisa da
Corção, Gertrudes
author_role author
author2 Canal, Natalia
Costa, Marisa da
Corção, Gertrudes
author2_role author
author
author
dc.contributor.author.fl_str_mv Pastore, Ana Paula Winter
Canal, Natalia
Costa, Marisa da
Corção, Gertrudes
dc.subject.por.fl_str_mv Escherichia coli
Filogenia
topic Escherichia coli
Filogenia
Escherichia coli
Phylogroup
Antimicrobial resistance
Poultry
Swine
Water
dc.subject.eng.fl_str_mv Escherichia coli
Phylogroup
Antimicrobial resistance
Poultry
Swine
Water
description (Grupamento filogenético baseado em PCR triplex de Escherichia coli multiresistentes de origem ambiental, humana e animal). A bactéria Escherichia coli é largamente utilizada como indicador biológico de contaminação fecal devido à sua ubiquidade em fezes. No entanto, possui também a capacidade de persistir e multiplicar em ambientes fora do seu habitat primário. A subestrutura genética de E. coli pode ser determinada através de presença/ausência dos genes chuA e yjaA e do fragmento de DNA TspE4.C2, com base nesta metodologia cepas podem ser classificadas como pertencentes aos filogrupos A, B1, B2 ou D. Este estudo teve como objetivo realizar a determinação filogenética através do método de PCR triplex de cepas de E. coli multirresistentes provenientes de amostras ambientais, animais e humanas. As cepas de origem animal e humana foram associados a perfis de multirresistencia mais amplos (7 a 13 antimicrobianos) e à produção de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL). A determinação filogenética demonstrou que os filogrupos B1 (49%) e A (34%) foram os mais prevalentes e os filogrupos D (11%) e B2 (6%), os menos representativos. Os filogrupos A e B1, também foram os mais relacionados a ampla multiresistencia. Os resultados indicaram que todos isolados deste estudo, inclusive os de origem ambiental, são associados a microbiota comensal de humanos e animais e não cepas responsáveis por infecções extraintestinais e que as populações de E. coli analisadas sofreram prévia exposição a antimicrobianos de amplo espectro.
publishDate 2016
dc.date.issued.fl_str_mv 2016
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2018-06-15T02:48:38Z
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/other
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/179389
dc.identifier.issn.pt_BR.fl_str_mv 1679-2343
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001064440
identifier_str_mv 1679-2343
001064440
url http://hdl.handle.net/10183/179389
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.ispartof.pt_BR.fl_str_mv Revista Brasileira de Biociências : Brazilian Journal of Biosciences. Porto Alegre. Vol. 14, n. 3 (jul./set. 2016), p. 167-174
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Repositório Institucional da UFRGS
collection Repositório Institucional da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/179389/2/001064440.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/179389/1/001064440.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 9f8fc804380edfa77a1f67aff51467c7
ee873219aed9c5972d9c676a468b6f3c
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1815447663055732736